から細胞のサブセットの遺伝子発現プロファイリングへの応用レーザーマイクロダイセクションショウジョウバエウィングディスク
Summary
レーザーマイクロダイセクションは、ローカライズされたRNAi実験に供ショウジョウバエの翅のディスクの特定のコンパートメントでの遺伝子発現プロファイリングの解析に適用した<em> in vivoで</em>。沈黙とunsilencedコンパートメントのと同等の領域から抽出したRNAは、ネイティブ組織のミクロ生態学のコンテキスト内での比較遺伝子発現プロファイルを決定する定量的RT – PCRにより解析した。
Abstract
組織の均質性は、ダウンストリームの解析を犠牲にすること、生体試料から生成することができる情報量の制限要因であることが証明されている。多くの組織内に存在する複雑で動的な細胞の関連を考えると、 生体の相互作用における徹底的な分子分析を再現するために、ひとつは、ネイティブのコンテキスト内で特定の細胞集団を分析することができなければなりません。レーザーを介したマイクロダイセクションでは、分子整合性を維持しながら、直接顕微鏡可視化の下で目的の細胞が明確に識別し、成功した収穫を可能にする、この目標を達成することができます。規模の大小、成長制御、細胞分化や器官形成を研究するために有利なモデルシステムを表す開発ショウジョウバエの翅のディスク、の定義の領域内の遺伝子発現を分析するためにこの技術を適用している。幼虫成虫ディスクは、早期に系統限定の境界によって前部と後部、背側と腹側の区画に分割されています。誘導GAL4 – UASバイナリ発現系を利用して、これらの区画の各々が特異的トランスジェニックで標識することができる構築GAL4 -ドライバ適切なの制御下にUAS – GFP遺伝子を発現するハエ。トランスジェニックディスクでは、細胞の離散部分集合の遺伝子発現プロファイリングは正確にレーザーカットを導くために蛍光GFPのシグナルを使用して、レーザーを介したマイクロダイセクションの後に決定することができます。
下流の様々なアプリケーションの中で、我々は、ローカライズされたRNA干渉（RNAi）の後にRNA転写物プロファイリングに焦点を当てた。 RNAi技術の出現により、GFP標識は、特定の遺伝子サイレンシングに離散的細胞集団の転写応答を決めるかもできるように、与えられた遺伝子のローカライズされたノックダウンと組み合わせて使用することができます。このアプローチを検証するために、我々は（GFPの発現で標識された）後からディスクに相当する領域を解剖し、それ以外の場合は遍在的に発現する遺伝子のP区画の地域サイレンシング時に前方（非標識）コンパートメント。 RNAは、マイクロダイセクション沈黙とunsilencedエリアと定量的リアルタイムRT – PCRによって決定される比較の遺伝子発現プロファイリングから抽出した。我々はこの方法が効果的にショウジョウバエ成虫のディスク内の細胞のサブセットの正確なトランスクリプトームに適用できることを示している。 RNAの源として巨大なディスクの準備が一般に細胞の均質性を前提としながら、実際、、それが転写発現は、位置情報の結果では、これらの構造の中で大きく変化することはよく知られています。レーザーカットを導くためにローカライズされた蛍光GFPのシグナルを使用して、より正確な転写解析を実施し、収益性の高い、ネイティブのコンテキスト内の異なる細胞系譜の転写産物プロファイリングなど、複数の異なるアプリケーションに適用することができる。
Protocol
Discussion
unsilenced翼ディスクの前部/後部コンパートメントで達成されたそれらの基底レベルの発現量を基準にして、選択された遺伝子のXの活動は、サイレンシング時に40％に減少が見出された。対照的に、その推定ターゲット（遺伝子Y）のいずれかで、私たちはそれが否定的に遺伝子Xによって規制されているという仮説を検証するためにつながる、（7倍 – 増）が大幅にアップレギュレートを発見さ?…
Acknowledgements
著者は、profを感謝。キアラカンパネッラとコンピテンスのアムラセンター、レーザーmicrodissectorの使用とそれらを提供するためのナポリフェデリコIIの大学、ナポリ、イタリア、、と3Dアニメーションの寛大な助けのためのMRヴィンチェンツォVicidomini。
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| DEPC water | Sigma | W4502 | ||
| RNase Zap | Sigma | R2020 | ||
| TRI Reagent | Sigma | T9424 | ||
| SuperScript III | Invitrogen | 18080093 | ||
| Master Mix | Invitrogen | 11761100 | ||
| Agarose | Sigma | A9539 | ||
| Isopropyl alcohol | Sigma | I9516 | ||
| Chloroform | Sigma | C7559 | ||
| Dream taq | Fermentas | EP0701 |
Fly strains
Drosophila UAS-silencing lines can be obtained from VDRC RNAi collection 2. A collection of GAL4-driver lines is available at the Bloomington Drosophila Stock Center (Indiana, USA).
Equipment
Required equipment includes Laser microdissector (Leica LMD6000), Coulter Microfuge 22R (Beckman), PCR (BIO-RAD My Cycler), Real Time PCR (BIO-RAD iQ5).
Tools
Required tools include: glass wells, brush, microdissection forceps, hanging drop slides, insect pins mounted on syringe needles, metal frames with PET membrane, plastic tubes (50 ml, 05 ml, 0.25 ml).
References
- Elliott, D. A., Brand, A. H., Dahmann, C. The GAL4 System A Versatile System for the Expression of Gene. , (2008).
- Klein, T. Wing disc development in the fly: the early stages. . Current Opinion in Genetics & Development. 11, 470-475 (2001).
- Dietzl, G. A genome-wide transgenic RNAi library for conditional gene inactivation in Drosophila. Nature. 448, 151-U1-151-U1 (2007).
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- Tabata, T. Genetics of morphogen gradients. Nature Reviews Genetics. 2, 620-630 (2001).
- Moreno, E. &. a. m. p. ;. a. m. p., Basler, K. dMyc transforms cells into super-competitors. Cell. 117, 117-129 (2004).
