Summary

Содействие Анализ иммунологических данных с визуальными Аналитические методы

Published: January 02, 2011
doi:

Summary

Визуальный аналитики (VA) представляет собой новый подход анализа данных в интерактивном режиме. В этом видео, мы обсуждаем проблемы перегрузки данных вызванные высокой пропускной биологические эксперименты, и предложить В.А. в качестве решения такой проблемы. Видео показывает анализ внутри и между наборами данных иммунологических использованием В. А. инструмент под названием таблицы.

Abstract

Визуальный аналитики (VA) появился как новый способ анализа больших наборов данных с помощью интерактивного визуального отображения. Мы показали полезность и гибкость В. А. подход в анализе биологических данных. Примерами таких данных в иммунологии включают проточной цитометрии, Luminex данных и генотипирование (например, одиночных нуклеотидных полиморфизма) данных. В отличие от традиционного подхода визуализации информации, В. А. восстанавливает анализ власти в руках аналитика, позволяя аналитикам заниматься в режиме реального времени процесс исследования данных. Мы выбрали программное обеспечение под названием В. А. Таблицы после оценки нескольких В. А. инструментов. Два вида анализа задач анализа внутри и между наборами данных были продемонстрированы в видео-презентации с использованием подхода, называемого парного анализа. Парный анализ, как это определено в В.А., является анализ подход, при котором В. А. эксперта инструмент работает бок о бок с эксперт предметной области во время анализа. Эксперт предметной области является тот, кто понимает значение данных и задает вопросы, что собранные данные могли бы решить. Инструмент Эксперт затем создает визуализацию, чтобы помочь найти закономерности в данных, которые могли бы ответить на эти вопросы. Короткий промежуток времени между поколения гипотезы и быстрого визуального отображения данных является основным преимуществом В. А. подход.

Protocol

1. Исследование основе анализа на Tableau У вас есть набор данных, и вы хотите, чтобы изучить различные отношения между столбцами в данных. (Рис. 1) Импорт данных, нажав на "Подключение к данным". Выберите тип источника данных и следуйте инструкциям, чтобы импортировать набор д?…

Discussion

Появление высокопроизводительных технологий в современных биомедицинских исследований привели к взрыву данные исследования, которое требует более эффективный способ анализа. Визуальный аналитики (VA) это наука о аналитического мышления способствует интерактивных визуальных интерф…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Мы хотели бы поблагодарить членов Ванкувере Институт визуальных Analytics (VIVA) для предоставления замечаний и советов для проекта. В частности, мы хотели бы поблагодарить Джона Укроп, Брайан Фишер, и Дэвид Дарвилл. Мы также хотели бы поблагодарить членов Кольман лаборатории за поддержку и полезные обсуждения. Эта работа была выполнена при частичной поддержке Национального института аллергии и инфекционных заболеваний, Национальный институт здравоохранения грант N01 AI50023; аллергена NCE гранты 07-A1A и 07-B2B, а также Майкл Смит фонда исследований в области здравоохранения. ТРК поддерживается частично Карьера премии в области биомедицинских наук в объявлении Burroughs Wellcome Фонда канадских институтов охраны здоровья подготовки научных кадров Грант в канадском детского здоровья Клиницист Ученый программы в партнерстве с больничных Детский фонд, семьи и ребенка-исследовательского института ( Британская Колумбия), Женщины и здоровье детей Научно-исследовательского института (Альберта), и Манитоба Института детского здоровья.

References

  1. Thomas, J., Cook, K. Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics. , (2005).
  2. Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates. IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).
  3. Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).
  4. Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults. J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).

Play Video

Cite This Article
Shih, D. C., Ho, K. C., Melnick, K. M., Rensink, R. A., Kollmann, T. R., Fortuno III, E. S. Facilitating the Analysis of Immunological Data with Visual Analytic Techniques. J. Vis. Exp. (47), e2397, doi:10.3791/2397 (2011).

View Video