Facilitar el análisis de los datos inmunológicos con Visual técnicas analíticas
Summary
La analítica visual (AV) es un nuevo enfoque de análisis de datos de forma interactiva. En este video, se discute el problema de la sobrecarga de datos causada por experimentos de alto rendimiento biológico y proponer VA como una solución a tal problema. El video muestra el análisis dentro y entre los conjuntos de datos inmunológicos utilizando una herramienta llamada Tableau VA.
Abstract
La analítica visual (VA) ha surgido como una nueva forma de analizar la gran base de datos a través de pantallas de visualización interactiva. Hemos demostrado la utilidad y la flexibilidad de un enfoque de VA en el análisis de conjuntos de datos biológicos. Ejemplos de estos conjuntos de datos en inmunología incluyen la citometría de flujo, los datos de Luminex, y el genotipo (por ejemplo, el polimorfismo de nucleótido único) de datos. A diferencia del enfoque tradicional de visualización de información, VA restaura el poder de análisis en las manos del analista, al permitir que el analista de participar en tiempo real proceso de exploración de datos. Hemos seleccionado el software VA llamado Tableau después de evaluar varias herramientas de VA. Hay dos tipos de tareas de análisis de análisis dentro y entre los conjuntos de datos se demuestra en el video de presentación usando un método llamado análisis de pares. El análisis de pares, tal como se define en el VA, es un método de análisis en el que un experto en la herramienta VA trabaja codo a codo con un experto en el campo durante el análisis. El experto en el campo es el que entiende la importancia de los datos, y hace las preguntas que los datos recogidos podrían abordar. El experto herramienta crea visualizaciones para ayudar a encontrar patrones en los datos que puedan responder a estas preguntas. El corto tiempo de retardo entre la generación de hipótesis y la visualización rápida visual de los datos es la principal ventaja de un enfoque de VA.
Protocol
Discussion
El advenimiento de la tecnología de alto rendimiento en la investigación biomédica moderna llevó a una explosión de datos de investigación que requiere de una forma más eficiente de los análisis. La analítica visual (AV) es la ciencia del razonamiento analítico facilitada por interfaces interactivas visuales (1). El enfoque VA restaura el poder analítico en las manos del analista humano, a diferencia del enfoque tradicional para detectar patrones por ordenador. La analítica visual se ha aplicado a la investi…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Nos gustaría agradecer a los miembros de Vancouver Instituto de Visual Analytics (VIVA) para ofrecer comentarios y consejos para el proyecto. En particular, nos gustaría agradecer a John Dill, Brian Fisher, y Darvill David. También nos gustaría agradecer a los miembros del laboratorio de Kollmann por su apoyo y sus útiles comentarios. Este trabajo fue apoyado en parte por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Salud Grant N01 AI50023; Becas alérgenos NCE 07-A1A y 07 B2B-, y la Michael Smith Fundación para la Investigación en Salud. TRK es apoyado en parte por una concesión de carrera en la ciencia biomédica del anuncio Fondo Burroughs Wellcome por Institutos Canadienses de Salud de subvención en el Programa de Capacitación en Investigación Canadiense de Salud Infantil Científico Médica, en colaboración con la Fundación Niños Enfermos, Niño y la Familia del Instituto de Investigación ( Columbia Británica), la Mujer y la Infancia del Instituto de Investigación de la Salud (Alberta), Manitoba y el Instituto de Salud Infantil.
References
- Thomas, J., Cook, K. Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics. , (2005).
- Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates. IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , 19-26 (2009).
- Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K. An Insight-Based Longitudinal Study of Visual Analytics. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 12, 1511-1522 (2006).
- Kollmann, T. R., Crabtree, J., Rein-Weston, A., Blimkie, D., Thommai, F., Wang, X. Y., Lavoie, P. M., Furlong, J., Fortuno, E. S., Hajjar, A. M., Hawkins, N. R., Self, S. G., Wilson, C. B. Neonatal innate TLR-mediated responses are distinct from those of adults. J. Immunol. 183, 7150-7160 (2009).
