Summary

זיהוי של שינויים היסטון בעלים הצמח

Published: September 23, 2011
doi:

Summary

גישה אמין ושימושי כדי לזהות שינויים היסטון על גנים ספציפיים צמח מתואר. הגישה משלבת הכרומטין immunoprecipitation (שבב) בזמן אמת PCR כמותי. היא מאפשרת זיהוי של שינויים היסטון על גנים ספציפיים עם תפקיד בתהליכים פיזיולוגיים שונים.

Abstract

מבנה הכרומטין חשוב בוויסות של ביטוי גנים אאוקריוטים. בתהליך זה, שיפוץ הכרומטין, מתילציה DNA, שינויים קוולנטיים על אמינו מסוף הזנבות של ההיסטונים H3 ו-H4 ממלאים תפקידים חיוניים 1-2. H3 ו-H4 שינויים היסטון כוללים מתילציה של ליזין ארגינין, acetylation של ליזין, ו זרחון של שיירי סרין 1-2. שינויים אלו קשורים גם עם הפעלת הגן, דיכוי, או מדינה ערוכה של הגן התומכת הפעלה מהירה יותר וחזקה הביטוי אחרי תפיסה של אותות המתאים (חיידק הקשורים דפוסי מולקולרית, אור, הורמונים וכו '), 3-7.

כאן, אנו מציגים שיטה לגילוי אמין ורגיש של שינויים הכרומטין גנים ספציפיים על הצמח הנבחר. הטכניקה מבוססת על crosslinking של (שינה) היסטונים ו-DNA עם 8,9 פורמלדהיד, מיצוי sonication של הכרומטין, הכרומטין immunoprecipitation (שבב) עם נוגדנים ספציפיים שינוי 9,10, דה crosslinking-DNA של היסטון קומפלקסים, ו גנים ספציפיים בזמן אמת PCR כמותי. הגישה הוכיחה שימושי לאיתור שינויים היסטון ספציפיות הקשורות הפוטוסינתזה C 4 ב 5,11 תירס חסינות מערכתי 3 ארבידופסיס.

Protocol

1. Crosslinking של חומר צמחי קציר 1-2G עלים ארבידופסיס (6 לקוטר שושנת 10 ס"מ) בתוך שפופרת 50 מ"ל פלסטיק למלא עד 40mL עם חיץ crosslinking. ודא עלים להישאר שקוע, למשל על ידי מלית זכות המותאמים ספוג לסנן מעל פני השטח חיץ. אז במקום צינורות ייבוש. אבק לחדור עבור 10min. כדי להוסיף צינור כל 2.5mL של גליצין 2M להפסיק crosslinking, וכן להפוך צינורות כדי להצדיק פיזור שווה של גליצין. אבק לחדור עבור 5min נוסף וזורקים נוזל תוך קצירת העלים על מסננת. שטפו פעמיים עם העלים 1 ליטר של מים בכוס זכוכית, אז העלים היבשים ביסודיות בעזרת מגבות נייר. איסוף העלים בצינור פלסטיק טריים להקפיא בחנקן נוזלי. חנות יוצאת בשעה -80 ° C עד הבידוד הכרומטין. 2. בידוד של הכרומטין עלים היו הקרקע עם מרגמה פיסטיל כי הוחזקו חנקן נוזלי עד לשימוש. העברת אבקת שפופרת 50 מ"ל פלסטיק להשעות במאגר מיצוי 30 מ"ל # 1. דגירה עבור 15min ב 4 ° C על שייקר תקורה. תסנין ההשעיה דרך ארבע שכבות של miracloth לתוך צינור 50 מ"ל טרי פלסטיק. ספין עבור 20min XG ב 2800 ב 4 ° C. הסר supernatant ו להשעות גלולה עם מברשת צבע במאגר מיצוי 1mL # 2. ראשית להוסיף נפח קטן של חיץ # 2, אז להשעות גלולה עם מברשת צבע, ולאחר מכן להוסיף את שאר חיץ. העברת ההשעיה לצינור microfuge ספין 1.5mL עבור 10min ב XG 12,000 ב 4 ° C. בינתיים, להכין 2ml-microfuge צינורות המכיל מאגר מיצוי 1.5mL # 3. הסר supernatant מהצינור סובב (שלב 2.7) ו להשעות גלולה ב 300μL של חיץ מיצוי # 3. ראשית להוסיף נפח קטן של חיץ # 3, להשעות גלולה עם מברשת צבע, ולאחר מכן להוסיף את המאגר הנותרים. בזהירות pipet מושעה גלולה (שלב 2.9) על גבי החיץ 1.5 מ"ל מיצוי # 3 מוכן בשלב 2.8. ודא כי שני השלבים לא לערבב. ספין עבור 1h ב XG 16,000 ב 4 ° C. הסר supernatant ו להשעות הכרומטין גלולה עם מברשת צבע 300μL של חיץ sonication. Sonicate הכרומטין עם sonotrode, או באמבטיה קולי, לגודל ה-DNA של 400bp כ. כאשר sonicating, לעשות הכרומטין בטוח לא יהיה מחומם מעל כ -30 ° C כדי להגן רגישים לחום crosslinks. משך sonication צריך להיקבע באופן ניסיוני, כי זה משתנה באופן משמעותי בין התקנים sonication שונים. לקבלת הדרכה, ההגדרות עבור שני מכשירים שונים ניתנים: עבור sonication עם sonotrode המותג Bandelin לחשוף הכרומטין בצינור microfuge 0.6mL חמש פעמים עד 20 התפרצויות עם הגדרות 25%, מחזור כוח = 50. תוך כדי כך, מדגם מגניב אחרי כל 20 התפרצויות ה באמבט קרח. עבור sonication עם אמבטיה Diagenode Bioruptor קולי, למלא אמבטיה עם מים וקרח sonicate עשר פעמים במשך 30 שניות בתוך צינורות microfuge 1.5mL עם ההגדרה "גבוה". אחרי כל 30 שניות, דגימות מגניב עוד 30 שניות. ספין sonicated מדגם עבור 5min ב g 16,000 ב 4 ° C כדי לזרז חומר שלא נמס. Supernatant יכול ישירות לשמש immunoprecipitation. לחלופין, ניתן דגימות הלם קפוא בחנקן נוזלי המאוחסן ב -80 ° C עד לשימוש נוסף. 3. Immunoprecipitation הכן 2-mL צינורות microfuge המכיל חלבון 40μL agarose ו 1.8mL של חיץ נוגדן מחייב. הוסף 200μL של הכנת הכרומטין (שלב 2.13). דגירה צינורות עבור 1h על שייקר תקורה. בטל חלבון חרוזים agarose ולהשתמש supernatant עבור immunoprecipitation. הסרת 40μL-aliquot כדי לקבוע ריכוז הכרומטין ("קלט"). הוסף 30μL חלבון agarose ואת כמות הנוגדנים שינוי ספציפי זה המצוין בטבלה שלהלן של ריאגנטים ספציפיים וציוד ההשעיה 400μL הכרומטין sonicated. דגירה עבור 2.5h או לילה על שייקר תקורה ב 4 ° C. ספין למטה חרוזים עבור 2min ב 440 x ז לשטוף עם חרוז גלולה 900μL של חיץ כל לשטוף (ראה רשימה להלן). במשך כל חיץ, חרוזים דגירה במאגר עבור 10min על שייקר ממעל על 4 מעלות צלזיוס, אז בשביל ספין 2min ב XG 440, להשליך supernatant, ולהוסיף את המאגר הבא. מלח נמוכה לשטוף חיץ מלח גבוהה לשטוף חיץ LiCl לשטוף חיץ TE לשטוף חיץ לאחר לשטוף הסופי, להסיר לחלוטין כל חיץ הנותרים. 4. De-crosslinking של היסטונים ו-DNA, וטיהור של ה-DNA זירז הוסף 100μL של חיץ דה crosslinking של גלולה agarose מדגם "קלט" את 40μl משלב 3.4, תערובת של 5min על מערבל מערבולת, דגימות ספין, incuבייט ב 65 ° C במשך הלילה. לטהר DNA עם DNA מסחרי או ערכת טיהור PCR. בדרך כלל 5μl של דילול של 1:05 eluate הטור הסופי מספיקים כדי לבצע קונבנציונאלי מוקד ספציפי בזמן אמת כמותי RT-PCR (RT-qPCR). 5. טבלה של מאגרים Crosslinking חיץ סודיום בוטיראט 10mm סוכרוז 400mm טריס-HCl, pH 8.0 10mm β-Mercaptoethanol 5mm פורמלדהיד 3% (V / V) הפקת המאגר # 1 סודיום בוטיראט 10mm סוכרוז 400mm טריס-HCl, pH 8.0 10mm β-Mercaptoethanol 5mm מעכבי פרוטאז השלם 1x הפקת המאגר # 2 סודיום בוטיראט 10mm סוכרוז 250mm טריס-HCl, pH 8.0 10mm β-Mercaptoethanol 5mm MgCl 2 10mm טריטון X-100 1% (w / v) מעכבי פרוטאז השלם 1x הפקת המאגר # 3 סודיום בוטיראט 10mm סוכרוז 1.7M טריס-HCl, pH 8.0 10mm β-Mercaptoethanol 5mm MgCl 2 2mm טריטון X-100 0.15% (w / v) מעכבי פרוטאז השלם 1x Sonication חיץ טריס-HCl, pH 8.0 25mm EDTA-NaOH, ה-pH 8.0 5mm SDS 0.5% (w / v) מעכבי פרוטאז השלם 1x נוגדן מחייב חיץ טריס-HCl, pH 8.0 50mm EDTA-NaOH, ה-pH 8.0 1mm NaCl 150mm טריטון X-100 0.1% (w / v) מלח נמוכה לשטוף חיץ NaCl 150mm SDS 0.1% (w / v) טריטון X-100 1% (w / v) EDTA-NaOH, ה-pH 8.0 2mm טריס-HCl, pH 8.0 20mm מלח גבוהה לשטוף חיץ NaCl 500mm SDS 0.1% (w / v) טריטון X-100 1% (w / v) EDTA-NaOH, ה-pH 8.0 2mm טריס-HCl, pH 8.0 20mm LiCl לשטוף חיץ ליתיום כלוריד 250mm Nonidet-P40 1% (V / V) נתרן desoxycholate 1% (w / v) EDTA-NaOH, ה-pH 8.0 1mm טריס-HCl, pH 8.0 20mm TE לשטוף חיץ EDTA-NaOH, ה-pH 8.0 10mm טריס-HCl, pH 8.0 1mm Decrosslinking חיץ טריס-HCl, pH 6.8 62.5mM NaCl 200mm SDS 2% (w / v) DTT 10mm 6. נציג התוצאות: הביטוי של הגן ארבידופסיס thaliana PR2 הגנה קידוד β-1,3-glucanase עם פעילות מיקרוביאלית 12, הנגרמת על ידי benzothiadiazole (BTH), אנלוגי סינתטי של חומצה סליצילית הורמון צמח 3. איור 1 מראה כי הפעלת הביטוי PR2 קשורה לעלייה acetylation של שאריות ליזין על היסטון H3 ו-H4 על האמרגן PR2. מאז צפיפות הנוקלאוזום פוחתת במהלך הפעלת הגנים 13, ערכים acetylation היסטון היו מנורמל עבור האות המתקבל עם נוגדן לאזור משתנה של היסטון 3. איור 1 BTH גורם acetylation היסטון על האמרגן PR2 ב ארבידופסיס. צמחים שטופלו 100μM BTH או פקד אבקת wettable. לאחר 72h, העלים נאספו הכרומטין היה מבודד. האות המתקבל לאחר משקעים עם נוגדנים ספציפיים acetylation (כמצוין באיור) היה מנורמל לאות מתקבל על ידי משקעים עם נוגדן ל תחום משתנה של היסטון H3. הכרומטין זירז היה לכמת על ידי RT-qPCR. הנתונים סטנדרטי עבור רמות שינוי היסטון בהעדר טיפול BTH.

Discussion

השלבים הקריטיים ביותר בפרוטוקול הם crosslinking של דנ"א ההיסטונים, סוג וכמות החומר עלה, שחיקה של החומר, ואת sonication של הכרומטין. לדיון מפורט יותר של סוגיות אלה, ראה השופטים. 9 ו -10.

Sonication ו crosslinking:

חשוב לשבש הכרומטין במהלך sonication כדי שברי על 400bp. Sonication ממצה יהרוס הכרומטין ע"י שיבוש דנ"א ההיסטונים, ואילו sonication מספיק יותיר שברים הכרומטין ארוך. אלו משפיעים על סגוליות של השיטה, כי שינויים היסטון דיסטלי של מוקד שנבדקו לא ניתן להפלות בין שינויים מקומיים. יעילות Sonication נבדק הטובה ביותר על ידי איסוף דגימות הכרומטין 20μL לפני ואחרי ה-DNA, דה crosslinking sonication ו ההיסטונים, בידוד דנ"א בקביעת אורכו של ה-DNA טעון על ידי ג'ל אלקטרופורזה agarose. RNAse יש להוסיף את דגימות לפני אלקטרופורזה, משום הכנה הכרומטין עדיין מכיל כמויות גדולות של RNA בשלב הזה של טיהור שעשוי להפריע להדמיה של ה-DNA מקוטעת. הדגימות שימושיים immunoprecipitation הכרומטין אם דנ"א הכרומטין אי טעון ארוך יותר 10kbp, בעוד ה-DNA של הכרומטין טעון צורות כתם עם עוצמת אות מקסימלית סביב 400bp של ה-DNA.

אנו משתמשים באופן שגרתי 3% (v / v) פורמלדהיד עבור crosslinking הכרומטין בעלים שלמים, אבל 1% (v / v) פורמלדהיד עשוי להיות מספיק ברוב המקרים. בידיים שלנו, פורמלדהיד בריכוזים נמוכים מאפשרים פעמים sonication קצר אותות רקע עקב התגובות PCR. עם זאת, כמויות מספיקות של פורמלדהיד לעיתים לגרום reproducibility נמוך של האות PCR בין ניסויים עצמאיים. זה יכול להיות בגלל חדירה מספקת של עלים עם פורמלדהיד בריכוזים נמוכים. הקפד בורסה פורמלדהיד שלך בתדירות גבוהה ככל במתחם נוטה לפלמר עם הזמן. פורמלדהיד פתרונות יציבים רק למשך חודש אחד בערך, וגם זה בקושי תקופה ממושכת על ידי ייצוב מתנול. מומלץ לבדוק את ריכוזי פורמלדהיד שונים בעת הגדרת תנאי הניסוי.

כמות של חומר צמחי וטחינה:

חשוב לחדור כמויות נמוכות של החומר עלה בנפח גדול של חיץ כדי למנוע עלים דבוקים זה לזה. ליף דבק לעתים קרובות תוצאות חדירה מספקת של פורמלדהיד. יתר על כן, חומר צמחי רב מדי יחסום נקבוביות של הרקמה miracloth. יעילות שחיקה ניכרת תלוי בעזרת מכתש ועלי עם התאמה מושלמת. אנו שגרתי לטחון עם העלי חנקן נוזלי מקורר ו מרגמה בהעדר חנקן נוזלי נוספות שלוש פעמים במשך 50 שניות עד החומר הקרקע לאבקה דקה.

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

עבודה זו מומנה על ידי קרן המדע הגרמנית (DFG) ויוזמת מצוינות של ממשלות פדרליות ואת המדינה הגרמנית.

Materials

Name of the reagent Company Catalogue number Comments
Protein-A-Agarose Roche 11 134 515 001 depends on the antibody class
Protein-G-Agarose Roche 11 243 233 001 depends on the antibody class
Anti-hyperacetyl-H4 Millipore 06-946 we used 5μL
Anti-acetyl-H4K5 Millipore 07-327 we used 5μL
Anti-acetyl-H4K8 Millipore 07-328 we used 5μL
Anti-acetyl-H4K12 Millipore 07-595 we used 5μL
Anti-acetyl-H4K16 Millipore 07-329 we used 5μL
Anti-acetyl-H4K18 Millipore 07-354 we used 1μL
Anti-acetyl-H3K9 Millipore 07-352 we used 5μL
Anti-acetyl-H3K14 Millipore 07-353 we used 1μL
Anti-trimethyl-H3K4 Diagenode pAB-003-50 we used 5μL
Anti-dimethyl-H3K4 Millipore 07-030 we used 5μL
Anti-monomethyl-H3K4 Abcam ab8895 2,5 -10μL
Anti-H3 Abcam ab1791 we used 1μL to check histone density
Bioruptor Diagenode UCD-200 TO  
Sonotrode MS72 Bandelin    
Miracloth Calbiochem 475855  
Complete Protease Inhibitor Roche 11836145001  

References

  1. Eberharter, A., Becker, P. B. Histone acetylation: a switch between repressive and permissive chromatin. EMBO rep. 3, 224-229 (2002).
  2. Ruthenburg, A. J. Methylation of lysine 4 on histone H3: intricacy of writing and reading a single epigenetic. 25, 15-30 (2007).
  3. Jaskiewicz, M. Chromatin modification acts as a memory for systemic acquired resistance in the plant stress response. EMBO rep. 12, 50-55 (2011).
  4. Ng, D. W. Ordered histone modifications are associated with transcriptional poising and activation of the phaseolin promoter. Plant Cell. 18, 119-132 (2006).
  5. Offermann, S. Illumination is necessary and sufficient to induce histone acetylation independent of transcriptional activity at the C4-specific phosphoenolpyruvate carboxylase promoter in maize. Plant Physiol. 141, 1078-1088 (2006).
  6. Deng, W. Involvement of the histone acetyltransferase AtHAC1 in the regulation of flowering time via repression of FLOWERING LOCUS C in Arabidopsis. Plant Physiol. 143, 1660-1668 (2007).
  7. Benhamed, M. Arabidopsis GCN5, HD1, and TAF1/HAF2 interact to regulate histone acetylation required for light-responsive gene expression. Plant Cell. 18, 2893-2903 (2006).
  8. Bowler, C. Chromatin techniques for plant cells. Plant Journal. 39, 776-789 (2004).
  9. Orlando, V. Mapping chromosomal proteins in vivo by formaldehyde decrosslinked-chromatin immunoprecipitation. Trends Biochem. Sci. 25, 99-104 (2000).
  10. Haring, M. Chromatin immunoprecipitation: optimization, quantitative analysis and data normalization. Plant Meth. 3, 11-11 (2007).
  11. Danker, T. Developmental information but not promoter activity controls the methylation state of histone H3 lysine 4 on two photosynthetic genes in maize. Plant J. 53, 465-474 (2008).
  12. Uknes, S. Acquired resistance in Arabidopsis. Plant Cell. 4, 645-656 (1992).
  13. Workman, J. L. Nucleosome displacement in transcription. Genes Develop. 20, 2009-2017 (2006).

Play Video

Cite This Article
Jaskiewicz, M., Peterhansel, C., Conrath, U. Detection of Histone Modifications in Plant Leaves. J. Vis. Exp. (55), e3096, doi:10.3791/3096 (2011).

View Video