Summary

Air-abgetastete Filteranalyse für Endotoxine und DNA-Gehalt

Published: March 07, 2016
doi:

Summary

Two complementary analyses of atmospheric biological particles from air sampled filters are described herein: the extraction and detection of endotoxin, and of DNA.

Abstract

Außenaerosolforschung verwendet allgemein Partikel auf Filter abgetastet. Dieses Verfahren ermöglicht es, verschiedene Charakterisierungen der gesammelten Partikel in parallel durchgeführt werden. Der Zweck der hier vorgestellten Verfahren ist es, eine hochgenaue und zuverlässige Analyse des Endotoxin und DNA-Gehalt von Bio-Aerosole aus den Filtern extrahiert zu erhalten. Die Gewinnung von hochmolekularen organischen Moleküle, wie Lipopolysacchariden, aus abgetasteten Filter beinhaltet Schütteln der Probe in einer pyrogenfreien Medium auf Wasserbasis. Die nachfolgende Analyse basiert auf einer Enzymreaktion basiert, die unter Verwendung einer turbidimetrischen Messung erfasst werden können. Als Ergebnis des hohen organischen Anteils auf den abgetasteten Filter wird die Extraktion der DNA aus den Proben durchgeführt, eine kommerzielle DNA-Extraktions-Kits verwenden, die ursprünglich für Böden entworfen und modifiziert, um die DNA-Ausbeute verbessern. Der Nachweis und die Quantifizierung von spezifischen mikrobiellen Spezies unter Verwendung quantitative polymerase chain Reactiauf (q-PCR) Analyse mit anderen verfügbaren Methoden beschrieben und verglichen.

Introduction

Air Probenahme auf Filter ist ein grundlegendes Instrument in atmosphärischen Aerosolen Forschung. 1 Die abgetasteten Filter der Ausgangspunkt für verschiedene chemische, physikalische und biologische Charakterisierungen der gesammelten Umgebungspartikel sind. 11.02 Der Vorteil dieses Ansatzes besteht darin , dass verschiedene Analysen sein kann off-line auf der gleichen Probe durchgeführt. Kompilieren der Daten aus den verschiedenen Analysen der Forscher ermöglicht bei der Lösung komplexer Fragestellungen in den atmosphärischen Wissenschaften ein gutes Verständnis für die Eigenschaften der gesammelten Partikel und Hilfsmittel zu erhalten. 12,13 Zum Beispiel Meeres- und Binnenluftproben , die während der gleichen genommen Zeitraum kann in Bezug auf das abgetastete Partikel Toxizität und biologische Zusammensetzung verglichen. 14 Für diese Studie Lipopolysaccharide (LPS), Komponenten auf gram-negativen Bakterienzellwände, auch als Endotoxine bekannt sind , wurden von den Filtern on-shore abgetastete extrahiert und ein Binnenstelle und wurden unter Verwendung bewertet dieLimulusamöbocytenlysat (LAL-Test). Verwendung der quantitative Polymerase-Kettenreaktion (q-PCR) parallel wird eine genomische Auswertung des Bakteriengehalt (total Bakterien, gramnegative und Cyanobakterien) wurde an derselben Probe durchgeführt. Der LAL – Test basiert auf der Messung der Trübung nach der Zugabe eines wässrigen Extrakts aus Amöbozyten von dem Pfeilschwanzkrebs Limulus polyphemus gebildet, zu einer wässrigen Lösung , die Endotoxine enthält. Je höher die Endotoxin – Konzentration in der Probe entwickelt die schneller Trübung. 15 die q-PCR – Analyse auf einem Fluoreszenzsignal basiert , als ein spezifisches DNA – Fragment emittiert wird verstärkt. 16 durch Echtzeit – Überwachung des Signals während der exponentiellen Phase der PCR Reaktion und Kalibrierung mit einer Standardkurve, die anfängliche DNA-Menge quantifiziert werden kann. Die Kombination dieser beiden Analysen zusammen mit anderen, wie anderswo detailliert, 14 eine gute Schätzung des Gehalts an Endotoxin liefern kann und dasMenge der Quell Bakterien in den Proben.

Der Zweck der hier vorgestellten Verfahren ist es, eine hochgenaue und zuverlässige Analyse des Endotoxin und DNA-Gehalt von Bio-Aerosole aus den Filtern extrahiert zu erhalten. Während Verfahren die physikalischen und anorganischen chemischen Eigenschaften von Aerosolen zur Abtastung bekannt sind und in jüngster Zeit sind Verfahren entwickelt worden , dessen organischer Substanz Komponente zu untersuchen, 17 dort hat auf die biologische Komponente von Aerosolen wenig Forschung. 18 Der Grund für die aktuelle Methode ist , diese Lücke zu schließen, indem zum Extrahieren im Detail ein robustes Verfahren präsentiert, die Analyse und die biologische Fraktion in der Luft Aerosole zu identifizieren. 14

Die Methode , die hier detailliert wird erwartet , dass weit verbreitete Verwendung in der biologischen Innen- und Außenaerosolforschungsprojekte mit Filteranalyse zu finden. 20-24

Protocol

Hinweis: Eine detaillierte Liste aller Materialien und in diesem Protokoll verwendeten Instrumente ist im Abschnitt Materialien gezeigt. 1. Luftfilterprobenahme Herstellung von Filter Für hohe Volumen Probenahme, 20,3 x 25,4 cm 2 Filter verwenden. Wählen Sie die spezifische Art von Filter, der die Forschung Anforderungen am besten entspricht, sowie die Filtergrenzgröße, falls zutreffend. 1 Hier Verwendung Quarz – Mikrofaserfilter. Pre-B…

Representative Results

Es ist üblich , atmosphärischer Aerosole zu studieren "off-line" , analysiert der abgetasteten Filter verwenden (siehe Abbildung 2). 32 Chemische Analysen des abgetasteten Materie umfassen organische (zB Protein, Kohlenwasserstoffmoleküle, Saccharide) und anorganischen (zB Metalle, Salze) Gehalt . Biologische Analysen umfassen lebensfähigen und nicht lebensfähige Mikroorganismen Gehalt, Artbestimmung einer DNA-Ansatz oder Mikro…

Discussion

Diese Arbeit beschreibt Extraktion und Nachweismethoden für beide Endotoxinen und DNA, die in Aerosolproben auf Filtern gesammelt zu quantifizieren. Die Methoden erfordern eine genaue Routinen und kann leicht so lange durchgeführt werden, wie der Experimentator auf wenige wesentliche und wichtige Punkte hält sich hier diskutiert.

Für die Endotoxin-Nachweisschritt zu beachten, dass das Lysat Lösung ziemlich viskos und neigt dazu, Blasen beim Pipettieren zu erzeugen. Es ist schwierig, dic…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

The authors thank Dr. Yoav Barak from the Chemistry Faculty, Weizmann Institute, for support and advice. This study was supported by the Israel Science Foundation (grant # 913/12), and by the Minerva Foundation with funding from the Federal German Ministry for Education and Research.

Materials

Filter sampling
HiVol 3000 – High Air Volume Sampler Ecotech
Quartz Microfiber Filters Whatman 1851-865 203mm X 254mm
ELF – Laboratory Chamber Furnaces Carbolite ELF 11series
Aluminum foil Opal
Name Company Catalog Number Comments
Endotoxin
Ethanol Sigma Aldrich 16368  Laboratory Reagent, 96%
Airstream Class II Biological Safety Cabinet AC-4E1 ESCO 10011712
Pyrotell -T Associates of Cape Cod, Inc. T0051
Control Standard Endotoxin Associates of Cape Cod, Inc. E0005-1 Escherichia coli O113:H10, 0.5 µg/vial 1 Pack
LAL Reagent Water Associates of Cape Cod, Inc. W0051
10 mL sterile syringe with Luer-Lok Tip Becton-Dickinson & Co. 309605
BD Precisionglide syringe needle Becton-Dickinson & Co. 305129 Sterile 
Parafilm-M sealing tape Parafilm P7543 Sigma catalog number
Microtubes Axigen MCT-200-C 2ml, pyrogen free
1.12 cm diameter Cork Borer Boekel Scientific 1601 BD Series – Steel Part of a cork borer set containing borers with various diameters. 
50 mm Petri Dish Miniplast Ein-Shemer 72050-01 Aseptic
Vortex Genie 2  Scientific Industries, inc. SI-0297
Microcentrifuge 5415 D Eppendorf 22621408
TC MicroWell 96 F SI w/lid Nunc 167008 Flat bottom wells (with lid (individually wrapped)), sterile, pyrogen free
Synergy HT Multi-Detection Microplate Reader Biotek 7091000
Name Company Catalog Number Comments
DNA
DNA away Sigma Aldrich 7010
Standard DNA of the microbial species of interest ATCC or other culture collection Either the appropriate microbial strain for DNA extraction or the extracted DNA
Neubauer-improved Marienfeld 640030 hemocytometer
TE buffer, Low EDTA Life Technologies 12090-015 10 mM Tris-HCl (pH 8.0) 0.1 mM EDTA 
Nuclease-free PCR-grade water  Sigma Aldrich 3315959001
PCR primers Sigma Aldrich Targets the microbial species of interest
Dual-Labeled Probes Sigma Aldrich Targets the microbial species of interest
Screw cap tubes Axigen ST-200-SS 2 mL 
PowerSoil DNA extraction kit  Mo Bio Laboratories 12888-100
Glass beads, acid-washed 425-600 Microns Sigma Aldrich G8772-100G
Glass beads, acid-washed <106 microns Sigma Aldrich G4649-100G
PowerSoil Solution C1 Mo Bio Laboratories 12888-100-1 Cell lysis buffer , Power soil Kit
Magic Touch ice bucket Bel-Art 18848-4001
Mini-Beadbeater-16 BioSpec 607EUR
StepOnePlus Real-Time PCR System Applied Biosystems 4376600
Fast SYBR Green Master Mix Applied Biosystems 4385612
TaqMan Gene Expression Master Mix Applied Biosystems 4370048
MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate with Barcode, 0.1 mL Applied Biosystems 4346906
MicroAmp Splash-Free 96-Well Base Applied Biosystems 4312063
MicroAmp Optical Adhesive Film Applied Biosystems 4311971
Centrifuge 5810 R Eppendorf 5811 000.010 Rotor A-4-62 with MTP buckets 

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Cite This Article
Lang-Yona, N., Mazar, Y., Pardo, M., Rudich, Y. Air-sampled Filter Analysis for Endotoxins and DNA Content. J. Vis. Exp. (109), e53444, doi:10.3791/53444 (2016).

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