Summary

Isolatie van specifieke genomische regio en identificatie van geassocieerde moleculen door enChIP

Published: January 20, 2016
doi:

Summary

The identification of molecules associated with specific genomic regions of interest is required to understand the mechanisms of regulation of the functions of these regions. This protocol describes procedures to perform engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin imunoprecipitation (enChIP) for identification of proteins and RNAs associated with a specific genomic region.

Abstract

The identification of molecules associated with specific genomic regions of interest is required to understand the mechanisms of regulation of the functions of these regions. To enable the non-biased identification of molecules interacting with a specific genomic region of interest, we recently developed the engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) technique. Here, we describe how to use enChIP to isolate specific genomic regions and identify the associated proteins and RNAs. First, a genomic region of interest is tagged with a transcription activator-like (TAL) protein or a clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) complex consisting of a catalytically inactive form of Cas9 and a guide RNA. Subsequently, the chromatin is crosslinked and fragmented by sonication. The tagged locus is then immunoprecipitated and the crosslinking is reversed. Finally, the proteins or RNAs that are associated with the isolated chromatin are subjected to mass spectrometric or RNA sequencing analyses, respectively. This approach allows the successful identification of proteins and RNAs associated with a genomic region of interest.

Introduction

De identificatie van moleculen geassocieerd met specifieke genomische gebieden van belang is vereist om de regulatiemechanismen van genomische functies zoals transcriptie en epigenetische regulering begrijpen. Hoewel verschillende technieken ontwikkeld voor biochemische analyse van specifieke genomische gebieden 1-7, zijn deze niet op grote schaal gebruikt in dit stadium vanwege hun intrinsieke problemen zoals beperkte toepassing (bijvoorbeeld alleen bij hoge kopieaantal loci of loci met herhalingen) en te veel tijd en inspanningen nodig.

Om de biochemische analyse van specifieke genomische gebieden gemakkelijk uit te voeren, hebben we twee locus-specifieke chromatine immunoprecipitatie (ChIP) technologieën, namelijk insertionele chip (ichip) 8-13 en gemanipuleerde DNA-bindende-molecuul bemiddelde chip (enChIP) ontwikkeld 14-17 . In ichip, wordt een meetkundige plaats gelabeld door het inbrengen herkenningssequenties van een exogeen DNA-bindend eiwit zoals LexA. De locus wordt vervolgens geïsoleerd door affiniteitszuivering met de gelabeld DNA-bindend eiwit. In enChIP, gemanipuleerde DNA-bindende moleculen, zoals zinkvinger eiwitten, transcriptie-activator-achtige (TAL) proteïnen, en geclusterde regelmatig interspaced korte palindroom repeats (CRISPR) complexen worden gebruikt om een meetkundige plaats taggen (figuur 1). Vervolgens wordt het genomische regio geïsoleerd door affiniteitszuivering van het gelabelde DNA-bindende moleculen.

Een van de voordelen van enChIP dan ichip is dat insertie van herkenningssequenties van een exogeen DNA-bindende eiwit niet noodzakelijk. Targeting loci met CRISPR complexen bestaande uit een katalytisch inactieve vorm van Cas9 (dCas9) en een gids RNA (gRNA) is veel gemakkelijker dan de gerichtheid van deze regio's door ichip of enChIP met TAL en zink-vinger eiwitten. Hier beschrijven we een stap-voor-stap protocol voor enChIP gecombineerd met massaspectrometrie en RNA-sequencing (RNA-Seq) naar locus-vereniging te identificerented eiwitten en RNAs, respectievelijk.

Protocol

1. Ontwerp van Engineered DNA-bindende moleculen bewust van de Target Locus Voor enChIP gebruik CRISPR complexen, gebruik dan de CRISPRdirect webtool (http://crispr.dbcls.jp) voor kandidaat gRNA doelwit sequenties in de genomische regio van belang beschreven, zoals eerder 18 identificeren. Deze webtool keert 23 bp genomische plaatsen van de vorm 5'-N 20 NGG-3 'binnen het doelgebied. Synthetiseren een gBlock inclusief U6 promotersequentie en de sequentie van 5'-N 20 in 5'-N 20 NGG-3 'met andere voorzieningen (zie figuur 2) 19,20. Voor subklonering doeleinden, onder meer geschikte restrictie-enzym plaatsen buiten de gBlock. Plaats de gBlock in een geschikte vector zoals eerder beschreven 16. Verscheidene retrovirale vectoren voor gBlocks zijn beschikbaar (zie Materials). Voor enChIP gebruik TAL eiwitten, ontwerpen TAL eiwitten herkennen van de target loci. Genereren van plasmiden die coderen TAL eiwitten met behulp van commerciële diensten. Genereer expressievectoren die de TAL eiwitten gefuseerd met één of meer tags zoals 3 x FLAG zoals eerder beschreven 15. 2. Vaststelling van Cellen voor de enChIP Analyse Versneld 3 × FLAG-dCas9 en de gRNA (CRISPR-gebaseerde procedure) of 3 × FLAG-TAL (TAL basis van eiwitten procedure) in de cellen worden geanalyseerd zoals eerder beschreven 14-17. Gebruik transiënte transfectie wanneer de transfectie efficiency hoog. Een expressievector die 3 × FLAG-dCas9 en de CMV-promotor is beschikbaar (zie Materials). Overwegen om stabiele transformanten met gebruikelijke werkwijzen wanneer de transiënte transfectie-efficiëntie is laag. Naast de eerder genoemde retrovirale vectoren voor gBlock, retrovirale vectoren van 3 x FLAG-dCas9 beschikbaar (zie Materialen). <li> Bevestig de expressie van de 3xFLAG-dCas9 of 3xFLAG TAL-eiwit in de getransfecteerde cellen door immunoblot analyse met een anti-FLAG-antilichaam (Ab) zoals eerder 14-17 beschreven. Opmerking: Expressie van deze gemerkte eiwitten kunnen ook worden bevestigd door intracellulaire kleuring met anti-FLAG-FITC en een daaropvolgende FACS-analyse. Een protocol voor intracellulaire kleuring kan worden gedownload van onze homepage (http://www.biken.osaka-u.ac.jp/lab/microimm/fujii/iChIP_protocols/english.html). Bevestigt expressie van het gRNA van standaard RT-PCR-techniek. Voor kwantitatieve identificatie van eiwitten interactie met de genomische regio van belang, overweeg dan het gebruik van een stabiele isotoop labeling van aminozuren in celcultuur (SILAC) analyse gecombineerd met enChIP (enChIP-SILAC). Opmerking: middelen voor het SILAC analyse kan worden gekocht bij commerciële leveranciers. SILAC is krachtig in het opsporen van specifieke interacties. Cultuur cellen in SILAC zwaar medium. Bereid cellen Culturood in SILAC licht medium als een negatieve controle. Gebruik minimaal 5 x 10 7 cellen per SILAC medium (zwaar of licht). Voor een efficiënte labeling, voeg zowel L-lysine-2HCl, 13 C 6 en L-arginine-HCl, 13 C 6, 15 N 4 in de SILAC Heavy media. Opmerking: Minstens vijf celdelingen noodzakelijk label eiwitten. Zo cultuur menselijke fibrosarcoom HT1080 cellen die stabiel tot expressie 3xFLAG-dCas9 en gRNA bij 37 ° C en 5% CO2 in DMEM media SILAC en gedialyseerd foetaal runderserum met Lysine-2HCl plus L-Arginine-HCl (Light gemiddeld) of 13 C 6 L-lysine-2HCl plus 13 C 6 15 N 4 L-Arginine-HCl (Heavy gemiddeld) (zie Materials) 16. Voeg 50 mg lichte of zware L-Lysine en L-2HCl-Arginine-HCl in 500 ml medium. Trypsinize en replate cellen voordat ze confluent, zodat de cellen te behouden exponentiële growth. 3. verknoping van cellen met Formaldehyde Voor cellen in suspensie cultuur, overdracht 2 x 10 7 cellen die 3xFLAG-TAL eiwitten of 3xFLAG-dCas9 plus gRNA en schorten in 30 ml van de reguliere kweekmedium in een 50 ml centrifugebuis. Wanneer er meer cellen worden gebruikt, stijgen de volumes en hoeveelheden reagentia proportioneel. Voor SILAC experimenten, meng de cellen gekweekt in zware medium of licht middel (5 x 10 7 cellen elk) en verdeel de in totaal 1 x 10 8 cellen in 5 buisjes die 2 x 10 7 cellen. Voeg 810 ul van 37% formaldehyde aan 30 ml van de celsuspensie (eindconcentratie 1%) en incubeer bij 37 ° C gedurende 5 min. Voor hechtende cellen rechtstreeks cellen in kweekschalen lossen door het toevoegen van 810 pi 37% formaldehyde aan 30 ml kweekmedium. Stop de verknoping door toevoeging van 3,1 ml van 1,25 M glycine-oplossing (eindconcentratie 127 mM), enincuberen bij kamertemperatuur gedurende 10 min. Verzamel cellen door centrifugatie (300 x g gedurende 5 min bij 4 ° C). Gooi voorzichtig de bovenstaande vloeistof, waaronder formaldehyde en bewaar het op een passende fles afval. Voor hechtende cellen los cellen met een cel schraper en oogst in een 50 ml buis en verzamel cellen zoals beschreven in deze stap. Voor SILAC experimenten, meng de losgemaakte cellen gekweekt in zwaar medium of licht middel (5 x 10 7 cellen elk), verdeel het totaal van 1 x 10 8 cellen in 5 buisjes die 2 x 10 7 cellen en verzamel cellen zoals beschreven in dit stap. Was de celpellet met 30 ml PBS twee keer per buis. Gooi voorzichtig de bovenstaande vloeistof, waaronder formaldehyde en bewaar het op een geschikte afval bottle.Handle de formaldehyde afval volgens chemische veiligheidsrichtlijnen. De gefixeerde cellen kunnen worden ingevroren en opgeslagen bij -80 ° C. 4. Voorbereiding van chromatine (per 2 x 107 cellen) Suspendeer de cellen gefixeerd in 10 ml cellysis buffer (10 mM Tris (pH 8,0), 1 mM EDTA, 0,5% IGEPAL CA-630 en 1 x proteaseremmers) en incubeer op ijs gedurende 10 min. Centrifugeer het monster (830 x g bij 4 ° C gedurende 8 minuten) en de bovenstaande vloeistof voorzichtig. Suspendeer de pellet in 10 ml van nucleaire lysis buffer (10 mM Tris (pH 8,0), 1 mM EDTA, 0,5 M NaCl, 1% Triton X-100, 0,5% natriumdeoxycholaat, 0,5% lauroylsarcosine en 1x proteaseremmers). Incubeer op ijs gedurende 10 min en vortex elke 2-3 min. Centrifugeer het monster (830 × g bij 4 ° C gedurende 8 minuten) en de bovenstaande vloeistof voorzichtig. Was de pellet in 10 ml PBS. De pellet (chromatine fractie) kunnen worden opgeslagen bij -80 ° C onmiddellijk na invriezen in vloeibare stikstof. 5. Sonicatie van chromatine (per 2 x 10 7 cellen) Hang de chromatine fractie in 800 plgemodificeerde lysis buffer 3 (10 mM Tris (pH 8,0), 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, 0,1% natriumdeoxycholaat, 0,1% SDS en 1x proteaseremmers) en overbrengen in een 1,5 ml buis. Ultrasone trillingen het chromatine met een sonicator (zie Materials) en de volgende voorwaarden: output: 3; duty: 100% (permanent); en tijd: gratis. Voer 10-18 cycli van sonicatie gedurende 10 seconden en koelen op ijs gedurende 20 sec. Om oververhitting te voorkomen, incubeer de monsters op ijs gedurende 2 minuten elke 5-6 cycli. Om schuimvorming te voorkomen, houdt de positie van de tip van de sonde ultrasoonapparaat 0,5 cm boven de bodem van de buis. Centrifugeer het monster (16.000 xg bij 4 ° C gedurende 10 min) en de supernatant over in een 1,5 ml buis. De gesoniceerd chromatine kan worden opgeslagen bij -80 ° C na onmiddellijke bevriezing in vloeibare stikstof. 6. Evaluatie van chromatine fragmentatie Meng 10 ul van de gefragmenteerde chromatine met 85 pl gedestilleerd water. Voeg 4 pivan 5 M NaCl en incubeer bij 65 ° CO / N. Voeg 1 pl van 10 mg / ml RNase A en incubeer bij 37 ° C gedurende 45 min. Voeg 2 pl 0,5 M EDTA (pH 8,0), 4 pi 1 M Tris (pH 6,8) en 1 pi 20 mg / ml Proteinase K, en incubeer bij 45 ° C gedurende 1,5 uur. Afzonderlijke 10 gl van het monster door elektroforese in een 1% agarose gel die kleuring kleurstoffen zoals SYBR Green bevat. Vlekken op de gel om de verdeling van de lengtes van de gefragmenteerde chromatine evalueren. Omstandigheden die een gemiddelde lengte van 0,5-2 kbp (bereik van 0,2-4 kbp) genereren aanbevolen. Zuiver DNA van de overige monsters met fenol-chloroform extractie of door een DNA-extractie kit (zie Materialen). Het gezuiverde DNA kan worden gebruikt als input DNA schatting van de opbrengsten aan enChIP analyses (zie 8,11). 7. Bereiding van Dynabeads met geconjugeerde antilichamen (per 2 x 10 7 cellen) Prepare twee 1,5 ml buizen, één voor pre-maaien met normale muis IgG en de andere voor incubatie met het anti-FLAG Ab. Voeg 150 ul Proteïne G geconjugeerde magnetische korrels (zie Materials) aan elke buis. Plaats de buizen op een magneet stand en wacht 3 min. Verwijder het supernatant door pipetteren. Suspendeer de kralen in 1 ml PBS met 0,01% Tween-20 (PBS-T). Plaats de buizen op een magnetische standaard en wacht 2 min. Verwijder het supernatant door pipetteren, en herhaal de stap. Suspendeer de kralen in 1 ml van PBS-T met 0,1% BSA. Voeg 15 ug normale muis IgG of anti-FLAG Ab en roteren bij 4 ° CO / N. Spin down kort en plaats de buizen op een magneet staan ​​en wacht 3 min. Verwijder het supernatant door pipetteren. Suspendeer de kralen in 1 ml PBS-T. Omkeren het monster meerdere malen en spin down kort. Plaats de buizen op een magneet staan ​​en wacht 3 minuten, dan is de bovenstaande vloeistof door pipetteren. Herhaal het wassentwee keer met PBS-T (totaal drie wasstappen). 8. Chromatine Immunoprecipitatie (per 2 x 10 7 cellen) Meng de gefragmenteerde chromatine bereid in 5,3) (ongeveer 800 ui) met een-vijfde van het volume (ongeveer 200 pl) van gemodificeerde lysisbuffer 3 met 5% Triton X-100 (eindconcentratie van 1% Triton X-100). Voeg de chromatine oplossing voor de buis waarin Proteïne G geconjugeerde magnetische korrels geconjugeerd met normale muis IgG werden bereid. Roteren bij 4 ° C gedurende 1 uur. Plaats de buis op een magneet staan ​​en wacht 3 min. Breng de bovenstaande vloeistof in de buis waarin Proteïne G geconjugeerde magnetische korrels geconjugeerd met anti-FLAG Ab bereid. Draai bij 4 ° CO / N. Plaats de buis op een magneet staan ​​en wacht 3 min. Verwijder het supernatant door pipetteren. Suspendeer de korrels in 1 ml buffer met laag zoutgehalte (20 mM Tris (pH 8,0), 2 mM EDTA, 150 mM NaCl, 1% Triton X-100, 0,1% SDS en 1x proteaseremmers) en roteren bij 4 ° C gedurende 5 min. Plaats de buis op een magneet staan ​​en wacht 3 min. Verwijder het supernatant door pipetteren en herhaal het wassen stap. Was de kralen met hoge zout buffer (20 mM Tris (pH 8,0), 2 mM EDTA, 500 mM NaCl, 1% Triton X-100, 0,1% SDS en 1x proteaseremmers) tweemaal. Was de kralen met LiCl buffer (10 mM Tris (pH 8,0), 1 mM EDTA, 250 mM LiCl, 0,5% IGEPAL CA-630, 0,5% natriumdeoxycholaat en 1x proteaseremmers) tweemaal. Was de kralen met TBS-IGEPAL CA-630 (50 mM Tris (pH 7,5), 150 mM NaCl, 0,1% IGEPAL CA-630 en 1x proteaseremmers) eenmaal. Suspendeer de kralen in 200 ui elutiebuffer (50 mM Tris (pH 7,5), 150 mM NaCl, 0,1% IGEPAL CA-630, 1x proteaseremmers, en 500 ug / ml 3 x FLAG peptide) en incubeer bij 37 ° C 20 min. Plaats de buis op een magneet staan ​​en wacht 3 min. Breng de bovenstaande in een nieuwe 1,5 ml buis en herhaal de elutkolomion stap. Zuiver DNA van klein gedeelte (bijvoorbeeld 5%) van het eluaat door middel van fenol-chloroform extractie of door een DNA-extractie kit (zie Materialen). Het gezuiverde DNA kan worden gebruikt voor PCR met specifieke primer sets voor het schatten van de opbrengst aan enChIP analyses door vergelijking met input-DNA bereid in Stap 6,7 zoals eerder beschreven 14,16. 9. SDS-PAGE, kleuring en massaspectrometrische analyse Meng het eluaat (400 pl) met 1 ml 2-propanol, 50 pl 3 M natriumacetaat (pH 5,2) en 5 ui 20 mg / ml glycogeen. Neerslaan van de chromatine bij -20 ° CO / N. Centrifugeer het monster (16.000 xg bij 4 ° C gedurende 30 minuten) en de bovenstaande vloeistof. Spoel het pellet met 1 ml 70% ethanol en opnieuw centrifugeren (16.000 x g bij 4 ° C gedurende 10 min). Verwijder het supernatant volledig door pipetteren. Suspendeer de pellet in 40 ul 2x monsterbuffer (125 mM Tris (pH 6,8), 10% 2-mercaptoethanol, 4% SDS, 10% sucrose, en 0,004% broomfenolblauw). Vortex gedurende 5 min op de korrel volledig op te lossen, en incubeer bij 100 ° C gedurende 30 min om de eiwitten te denatureren en omgekeerde verknoping. Voor SDS-PAGE, run 40 ul van het monster op de gel totdat de kleurstof bereikt 1 cm onder de put. Opmerking: We gebruiken meestal 4-20% gradiënt gelen, maar andere% gels worden gebruikt. Vlekken op de gel met Coomassie Brilliant Blue of zilver vlek. Snijd de gel in vijf stukken (2 mm hoogte). Voeren in gel spijsvertering en massaspectrometrische analyse zoals eerder 13-16 beschreven. Voor SILAC experimenten met 5 x 10 7 cellen elk (totaal 1 x 10 8 cellen), schorsen pellet van de eerste vijf buizen 40 ui 2x monsterbuffer (het is niet nodig op te schalen). 10. Zuivering van RNA en RNA-Seq Analysis Om het RNA na enChIP zuiveren, voeg 5 U / ml RNase Inhibitor (see Materials) om alle bufferoplossingen, behalve gemodificeerde lysisbuffer 3 en elutiebuffer, waaraan 40 U / ml RNase Inhibitor voegen. Meng het eluaat (400 pl) met 16 pl 5 M NaCl en incubeer bij 65 ° C gedurende 2 uur. Voeg 1 ml zuur guanidinium-fenol gebaseerde reagens (zie Materials) aan het monster. Vortex gedurende 15 seconden en vervolgens incuberen bij kamertemperatuur 5-15 min. Centrifugeer het monster gedurende 15 minuten bij 12.000 x g en kamertemperatuur. Breng het supernatant naar een nieuwe 1,5 ml buis en voeg 5 ul p-broomanisool. Vortex gedurende 15 seconden en vervolgens incuberen bij kamertemperatuur 3-5 min. Centrifugeer het monster gedurende 10 min bij 12.000 xg en RT. Breng de bovenstaande vloeistof (ongeveer 1 ml) in een nieuwe 2 ml buis en voeg 1 ml 2-propanol. Keer de buis en incubeer bij kamertemperatuur gedurende 10 min. Laad het mengsel op een kolom in een RNA-zuivering kit (zie Materials). Centrifugeer de kolom gedurende 1 min bij 12.000 x g en RT. Wassende kolom met 400 ui wasbuffer RNA in een RNA zuiveringskit (zie Materialen). Voeg 80 ul DNase I cocktail (mengsel van 5 gl DNase I (1 U / pl), 8 pi 10 x DNase I Reaction Buffer, 3 gl DNase / RNase-vrij water en 64 ui RNA Wash Buffer in een RNA zuiveringskit (zie Materialen)) naar de kolom. Incubeer het monster bij 37 ° C gedurende 15 minuten en centrifugeer gedurende 30 seconden bij 12.000 x g en kamertemperatuur. Was de kolom met 400 ul van RNA voorwas buffer in een RNA-zuivering kit (zie Materials) tweemaal. Elueer het RNA met 50 ui DNase / RNase-free water. De geëlueerde RNA kan worden gebruikt voor RNA-sequencing.

Representative Results

Kortom, kan 1-30% van het doel genoomgebieden worden gezuiverd met enChIP. Figuur 3 omvat representatieve data die de opbrengst van enChIP analyses richten telomeren en de promotor van de interferon (IFN) regulerende factor-1 (IRF-1) gen. Als voorbeelden van de typische resultaten, tabel 1 staan ​​de eiwitten in verband met de IRF-1 promotor in een IFNy-specifieke wijze geïdentificeerd door enChIP-SILAC, Tabel 2 geeft de telomeer bindende eiwitten geïdentificeerd door enChIP gecombineerd met massaspectrometrie (enChIP-MS) en Tabel 3 vermeldt de RNA's geassocieerd met telomeren geïdentificeerd door enChIP-RNA-Seq. Figuur 1. Overzicht van enChIP. enChIP met CRISPR (A, B) en TAL (C, D, E </strong>) wordt weergegeven. Een locus van belang wordt gelabeld met gemanipuleerde DNA-bindende moleculen zoals TAL eiwit of CRISPR bestaande uit een katalytisch inactieve vorm van Cas9 (dCas) en geleiden RNA (gRNA). De moleculaire interacties worden gefixeerd met formaldehyde of andere verknopingsmiddelen, indien nodig. Vervolgens wordt vastgesteld chromatine gefragmenteerd door sonificatie of enzymatische digestie. De tag genomische gebieden worden gezuiverd door affiniteitszuivering. Tenslotte wordt verknoping omgekeerd, en interactie moleculen (genomische regio's, RNA en eiwitten) worden geïdentificeerd met behulp van next generation sequencing en massaspectrometrie. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken. Figuur 2. Volgorde van gBlock. De U6 promotor (in het zwart), de G nucleotide before de gids sequentie (in het blauw), de gids sequentie (gRNA spacer) (in het rood), het schavot volgorde (in het groen), en de terminatorsequentie (oranje) getoond. Figuur 3. Opbrengsten van representatieve enChIP analyses. (A) Percentage ingangen voor het doel IRF-1 locus en de niet-target Sox2 locus. (B) Percentage ingangen voor het doel telomeren en non-target γ-satellieten. De cijfers zijn aangepast en gewijzigd ten opzichte van eerdere publicaties 15,16. Categorieën Eiwitten Transcriptie DDX1, PARP1, CKAP4, Pescadillo homoloog, PURβ, geactiveerde RNA polymerase II transcriptie-activator p15, BTF3, Myb bindendeiwit 1A Histondeacetylering, corepressor componenten RBBP4, PA2G4, TBL3 Acetyltransferase Protein arginine N-methyltransferase 1 DNA topoisomerase DNA topoisomerase 2α Histonen Histon H2A.Z, histon H3.2 Tabel 1:. Voorbeelden van eiwitten geassocieerd met het humane IRF-1 promotorgebied in een IFNy-specifieke wijze geïdentificeerd door enChIP-SILAC is de tabel aangepast van een voorgaande publicatie 16. Categorieën Eiwitten Zoogdieren telomeren bindende eiwitten PML, RPA, CDK1, PARP1, PCBP1 Telomeer-binding eiwitten in gist of andere organismen IMAP4 Eiwitten interactie met telomeren bindend eiwitten [geassocieerd-telomeer bindend eiwit] DNA polymerase α (POLA1) [Cdc13p], ARMC6 [TRF2], CTBP1 [FoxP2-POT1] exportin-5 [TERT] GNL3L [TRF1], exportin-1 [TERT], 14-3-3 [TERT] Eiwitten te lokaliseren heterochromatine BEND3 Eiwitten die epigenetische merken KDM5C Eiwitten waarvan mutaties invloed telomeer functie DNA polymerase α (POLA1), hat1, Nup133, Cdk7, DPOE1, PRDX1, TYSY, glutamaat-cysteïne ligase, glutaredoxin, SMRC1 Tabel 2:. Voorbeelden van eiwitten in verband met de muis telomeren geïdentificeerd door enChIP-MS De tafel heeft adapte geweestd uit een eerdere publicatie 15. Categorieën RNA's Telomerase componenten TERC, Rmrp Telomerische RNA's Terras scaRNAs Scarna6, Scarna10, Scarna13, Scarna2 H / ACA snoRNAs Snora23, Snora74a, Snora73b, Snora73a C / D snoRNAs Snord17, Snord15a, Snord118 lncRNA Neat1 Tabel 3: Voorbeelden van RNA geassocieerd met muis telomeren geïdentificeerd door enChIP-RNA-Seq tabel werd aangepast van een voorgaande publicatie 17..

Discussion

Here, we describe the purification of specific genomic regions using engineered DNA-binding molecules such as the CRISPR system and TAL proteins, and the identification of proteins and RNAs bound to these genomic regions. Binding of engineered DNA-binding molecules to the genome may affect chromatin structure, including nucleosome positioning, and may abrogate genomic functions, as described in CRISPR interference experiments21. To avoid these potential aberrant effects, we propose specific guidelines for choosing target genomic regions. First, to avoid potential inhibition of the recruitment of RNA polymerases and transcription factors, as well as disruption of nucleosome positioning around the transcription start site, the target regions for analyses of promoter regions should be several hundred base pairs upstream of (5′ to) the transcription start site. By contrast, when analyzing genomic regions with distinct boundaries, such as enhancers and silencers, genomic regions that are directly juxtaposed to these regions can be targeted because it is less likely that the binding of engineered DNA-binding molecules will affect their functions. Furthermore, it is best to avoid using target regions that are conserved among different species, because important DNA-binding molecules often bind to evolutionarily conserved regions and inhibition of their binding might disrupt the functions of the target genomic regions. In this regard, it is always necessary to check that the function of the target genomic region is maintained in the established cells used for enChIP analyses. Because multiple gRNAs can be tested easily and it is tedious and expensive to generate multiple versions of TAL or zinc-finger proteins recognizing different target genomic regions, enChIP using CRISPR is more advantageous than enChIP using other proteins.

It has been shown that dCas9 binds to off-target sites although affinity to those sites might be weaker than that to the target sites22-25. There are several ways to manage contamination of molecules bound to those off-target sites. First, the use of several, at least two, different gRNAs would be recommended. Those molecules commonly observed in enChIP using distinct gRNAs would be true positives. Second, comparison of different conditions for enChIP would be effective in cancelling contamination of non-specific molecules and molecules bound to off-target sites. Examples of those comparison sets would be (i) stimulation (-) and (+), or (ii) different cell types such as T cells vs. B cells. Finally, quantitative analysis of binding of candidate molecules should be performed to confirm their specific binding to the target sites. It is preferable to prepare cells expressing only dCas9 but not gRNA as a negative control.

Using enChIP analyses, we were able to successfully identify a number of known and novel molecules interacting with specific genomic regions (Tables 1-3)14-17. However, this technique failed to detect some other known proteins interacting with these regions. For example, STAT1 reportedly associates with the IRF-1 promoter upon IFNγ stimulation8, but our enChIP-SILAC analysis did not detect STAT1 as a protein induced to interact with this genomic region16. In addition, in the enChIP-MS analysis of telomeres, we did not detect shelterin proteins consisting of TRF-1 and TRF-215, which have been shown to interact with telomeres26. There are a few potential reasons for these discrepancies. First, the stoichiometry of binding of Stat1 to the IRF-1 promoter might be very low. It is reasonable that enChIP-MS, including enChIP-SILAC, detects proteins that are more abundantly associated with target genomic regions; hence, the analysis of more cells might be necessary to detect these proteins. Increases in the sensitivities of MS instruments would also contribute to the efficient detection of proteins with low stoichiometric binding. Second, some proteins, possibly including Stat1 and shelterins, might be difficult targets for MS analyses. Third, in our analysis of telomere-binding proteins15, the 3×FLAG-TAL proteins recognizing telomeres (3×FN-Tel-TAL) might have blocked the binding of shelterins to telomeres in a competitive fashion.

In contrast to the relative difficulty of detecting transcription factors binding to specific genomic regions using enChIP, we successfully identified epigenetic regulators such as histone modification enzymes using enChIP analyses. The success of this technique may be due to the fact that epigenetic regulators bind to a broad range of genomic regions; hence, more proteins per genomic region are available for MS. Because epigenetic regulators are increasingly recognized as important targets for drugs against intractable diseases such as cancer, enChIP would be a useful tool for the identification of epigenetic drug targets.

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Dit werk werd ondersteund door Takeda Science Foundation (TF); de Asahi Glass Foundation; de Uehara Memorial Foundation (HF); de Kurata Memorial Hitachi Science and Technology Foundation (TF en HF); Grant-in-Aid for Young Scientists (B) (# 25.830.131), Grant-in-Steun voor Wetenschappelijk Onderzoek (C) (# 15K06895) (TF); en een Grant-in-Steun voor Wetenschappelijk Onderzoek inzake innovatieve Areas 'transcriptie Cycle' (# 25.118.512 & # 15H01354), Grant-in-Steun voor Wetenschappelijk Onderzoek (B) (# 15H04329), Grant-in-Steun voor Verkennend onderzoek ( # 26650059) en 'Genome Support' (# 221S0002) (HF) van het Ministerie van Onderwijs, Cultuur, Sport, Wetenschap en Technologie van Japan.

Materials

gBlock synthesis service Life Technologies Gene Synthesis by GeneArt
gBlock synthesis service IDT (Integrated DNA Technologies) gBlocks Gene Fragments
pSIR-neo Addgene 51128
pSIR-GFP Addgene 51134
pSIR-DsRed-Express2 Addgene 51135
pSIR-hCD2 Addgene 51143
TAL synthesis service Life Technologies GeneArt Precision TALs
3xFLAG-dCas9/pCMV-7.1 Addgene 47948
3×FLAG-dCas9/pMXs-puro Addgene 51240
3×FLAG-dCas9/pMXs-IG Addgene 51258
3×FLAG-dCas9/pMXs-I2 Addgene 51259
3×FLAG-dCas9/pMXs-neo Addgene 51260
anti-FLAG M2 Ab Sigma-Aldrich F1804
FITC-conjugated anti-FLAG M2 Sigma-Aldrich F4049
DMEM medium for SILAC Life Technologies 89985 Other medium can be purchased from Life Technologies
Dialyzed FBS for SILAC Life Technologies 89986
L-Lysine-2HCl for SILAC Life Technologies 89987 for Light medium
L-Arginine-HCl for SILAC Life Technologies 89989 for Light medium
L-Lysine-2HCl, 13C6 for SILAC Life Technologies 89988 For Heavy medium
L-Arginine-HCl, 13C6, 15N4 for SILAC Life Technologies 89990 For Heavy medium
Complete, mini, EDTA-free Roche Diagnostics 4693159
Ultrasonic Disruptor UD-201 Tomy Seiko
ChIP DNA Clean & Concentrator Zymo Research D5205
Dynabeads-Protein G Life Technologies DB10004
RNasin Plus RNase Inhibitor Promega N2611
Isogen II Nippon Gene 311-07361
Direct-zol RNA Miniprep kit Zymo Research R2050
LTQ Orbitrap Velos Thermo Fisher Scientific a component of a nanoLC-MS/MS system for MS analysis
nanoLC Advance, Michrom Bioresources a component of a nanoLC-MS/MS system for MS analysis
HTC-PAL autosampler CTC Analytics a component of a nanoLC-MS/MS system for MS analysis

References

  1. Zhang, X. Y., Horz, W. Analysis of highly purified satellite DNA containing chromatin from the mouse. Nucleic Acids Res. 10, 1481-1494 (1982).
  2. Workman, J. L., Langmore, J. P. Nucleoprotein hybridization: a method for isolating specific genes as high molecular weight chromatin. Biochemstry. 24, 7486-7497 (1985).
  3. Boffa, L. C., Carpaneto, E. M., Allfrey, V. G. Isolation of active genes containing CAG repeats by DNA strand invasion by a peptide nucleic acid. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 92, 1901-1905 (1995).
  4. Jaskinskas, A., Hamkalo, B. A. Purification and initial characterization of primate satellite chromatin. Chromosome Res. 7, 341-354 (1999).
  5. Griesenbeck, J., Boeger, H., Strattan, J. S., Kornberg, R. D. Affinity purification of specific chromatin segments from chromosomal loci in yeast. Mol. Cell Biol. 23, 9275-9282 (2003).
  6. Ghirlando, R., Felsenfeld, G. Hydrodynamic studies on defined heterochromatin fragments support a 30-µm fiber having six nucleosomes per turn. J. Mol. Biol. 376, 1417-1425 (2008).
  7. Déjardin, J., Kingston, R. E. Purification of proteins associated with specific genomic loci. Cell. 136, 175-186 (2009).
  8. Hoshino, A., Fujii, H. Insertional chromatin immunoprecipitation: a method for isolating specific genomic regions. J. Biosci. Bioeng. 108, 446-449 (2009).
  9. Fujita, T., Fujii, H. Direct idenification of insulator components by insertional chromatin immunoprecipitation. PLoS One. 6, e26109 (2011).
  10. Fujita, T., Fujii, H. Efficient isolation of specific genomic regions by insertional chromatin immunoprecipitation (iChIP) with a second-generation tagged LexA DNA-binding domain. Adv. Biosci. Biotechnol. 3, 626-629 (2012).
  11. Fujita, T., Fujii, H. Locus-specific biochemical epigenetics / chromatin biochemistry by insertional chromatin immunoprecipitation. ISRN Biochem. 2013, 913273 (2013).
  12. Fujita, T., Fujii, H. Efficient isolation of specific genomic regions retaining molecular interactions by the iChIP system using recombinant exogenous DNA-binding proteins. BMC Mol. Biol. 15, 26 (2014).
  13. Fujita, T., Kitaura, F., Fujii, H. A critical role of the Thy28-MYH9 axis in B cell-specific expression of the Pax5 gene in chicken B cells. PLoS One. 10, (2015).
  14. Fujita, T., Fujii, H. Efficient isolation of specific genomic regions and identification of associated proteins by engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) using CRISPR. Biochem. Biophys. Res. Commun. 439, 132-136 (2013).
  15. Fujita, T., et al. Identification of telomere-associated molecules by engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP). Sci. Rep. 3, 3171 (2013).
  16. Fujita, T., Fujii, H. Identification of proteins associated with an IFNγ-responsive promoter by a retroviral expression system for enChIP using CRISPR. PLoS One. 9, e103084 (2014).
  17. Fujita, T., Yuno, M., Okuzaki, D., Ohki, R., Fujii, H. Identification of non-coding RNAs associated with telomeres using a combination of enChIP and RNA sequencing. PLoS One. 10, e0123387 (2015).
  18. Naito, Y., Hino, K., Bono, H., Ui-Tei, K. CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites. Bioinformatics. , (2014).
  19. Mali, P., et al. RNA-guided human genome engineering via Cas9. Science. 339, 823-826 (2013).
  20. Esvelt, K. M., et al. Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing. Nat. Methods. 10, 1116-1121 (2013).
  21. Qi, L. S., et al. Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression. Cell. 152, 1173-1183 (2013).
  22. Wu, X., et al. Genome-wide binding of the CRISPR endonuclease Cas9 in mammalian cells. Nat. Biotechnol. 32, 670-676 (2014).
  23. Kuscu, C., Arslan, S., Singh, R., Thorpe, J., Adli, M. Genome-wide analysis reveals characteristics of off-target sites bound by the Cas9 endonuclease. Nat Biotechnol. 32, 677-683 (2014).
  24. Cencic, R., et al. Protospacer adjacent motif (PAM)-distal sequences engage CRISPR Cas9 DNA target cleavage. PLoS One. 9, 109213 (2014).
  25. O’Green, H., Henry, I. M., Bhakta, M. S., Meckler, J. F., Segal, D. J. A genome-wide analysis of Cas9 binding specificity using ChIP-seq and targeted sequence capture. Nucleic Acids Res. 43, 3389-3404 (2015).
  26. de Lange, T. Shelterin: the protein complex that shapes and safeguards human telomeres. Genes Dev. 19, 2100-2110 (2005).
check_url/kr/53478?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Fujita, T., Fujii, H. Isolation of Specific Genomic Regions and Identification of Associated Molecules by enChIP. J. Vis. Exp. (107), e53478, doi:10.3791/53478 (2016).

View Video