سرعة الكشف الجزيئي والتمايز من فيروسات الأنفلونزا A و B
Summary
نحن تصف فحص سريع، استنادا الجزيئي الأنفلونزا A و B. الأنفلونزا فحص يكشف كل هدف خلال 15 دقيقة من خلال توظيف التضخيم متساوي مع الاشعال مخصصة للانفلونزا تليها الكشف عن الهدف مع تحقيقات منارة الجزيئية. الأنفلونزا A و B الفحص هو سهل الاستعمال ويتطلب الحد الأدنى من التدريب العملي على الوقت لتنفيذ.
Abstract
الانفلونزا هي مرض تنفسي معدي يسببه فيروس الإنفلونزا A و B في البشر ويسبب قدرا كبيرا من معدلات الاعتلال والوفيات كل عام. الأنفلونزا A و B فحص كان أول اختبار انفلونزا السريع الجزيئي التنازل CLIA المتاحة. الأنفلونزا A و B اختبار يعمل من خلال توظيف التضخيم متساوي مع الاشعال مخصصة للانفلونزا تليها الكشف عن الهدف مع تحقيقات منارة الجزيئية. هنا، أداء الأنفلونزا A و B فحص على المجمدة، أرشفة مسحة البلعوم (NPS) العينات المخزنة في المتوسط النقل الفيروسي (VTM) وبالمقارنة مع فحص لوحة في الجهاز التنفسي.
تم تقييم أداء الأنفلونزا A و B فحص عن طريق مقارنة النتائج إلى طريقة لوحة إشارة الجهاز التنفسي. وكانت حساسية لمجموع فيروس الأنفلونزا A 67.5٪ (95٪ CI (CI)، 56،6-78،5) وكانت خصوصية 86.9٪ (CI، 71،0-100). لفيروس أنفلونزا اختبار B، وكانت حساسية وخصوصية 90.2٪ (CI، 68،5-100) و98،8٪ (CI، 68،5-100)، على التوالي.
هذا النظام لديه ميزة من وقت الاختبار أقصر بكثير من أي فحص الجزيئي المتاحة حاليا الآخرين وإجراء بسيط، خالية من ماصة يعمل على مغلقة، ونظام متكامل صغيرة البصمة. وعموما، فإن الإنفلونزا A و B فحص تقييمها في هذه الدراسة لديه القدرة ليكون بمثابة نقطة من الرعاية أنفلونزا السريع الاختبار التشخيصي.
Introduction
عدوى فيروس الانفلونزا تؤدي إلى قدر كبير من معدلات الاعتلال والوفيات كل عام 1، 2، 3. يتميز الانفلونزا غير معقدة أعراض الدستورية والجهاز التنفسي مثل الحمى، وألم عضلي، صداع، وسعال غير منتج 4 و 5. الأفراد الأكبر سنا، والأطفال الصغار، والمرضى الذين يعانون من نقص المناعة، والمرضى الذين يعانون من أمراض المصاحبة الأساسية هي في خطر أعلى للمضاعفات خطيرة مثل الالتهاب الرئوي، والتهاب عضلة القلب، وأمراض الجهاز العصبي المركزي، أو وفاة 6 و 7.
عدوى الإنفلونزا هي فريدة من نوعها من الفيروسات التنفسية الأخرى في أن الإدارة سريعة من العلاج المضاد للفيروسات خلال 48 ساعة من ظهور الأعراض يمكن أن تقلل من شدة المرض وطول 8. وقد تم التعرف السريع على الانفلونزا أيضاتبين للحد من استخدام المضادات الحيوية غير الضرورية 9 و 10. وعلاوة على ذلك، والمرضى في المستشفى مع عدوى الإنفلونزا يجب أن توضع في غرف معزولة مع الاحتياطات المناسبة لمكافحة العدوى. ومع ذلك، أمراض الجهاز التنفسي التي تسببها الفيروسات غير الأنفلونزا يمكن أن يكون من الصعب التمييز سريريا من الأنفلونزا. لهذا السبب، اختبار سريع ودقيق التشخيص للأنفلونزا مهم جدا لإدارة المريض السريرية.
تتوفر للكشف وتحديد فيروسات الأنفلونزا عدة فحوصات. وتستخدم السريع مستضد أنفلونزا اختبارات الكشف (RIDTs) على نطاق واسع في الممارسة السريرية كنقطة من الرعاية الاختبارات لأنها سهلة الاستخدام وتوفير النتائج في غضون 15 إلى 30 دقيقة 11، 12؛ ومع ذلك، حساسيتهم تختلف على نطاق واسع (10-80٪) اعتمادا على الشركة المصنعة والسكان التي يجري اختبارها، ونوع الإنفلونزا، وsubtyبي 13 و 14 و 15. المقايسات مضان المباشرة (DFAS) توفر الحساسيات متفوقة على RIDTs، ولكن في وقت المعالجة هو أكبر (~ 3 ساعة)، ويجب أن تستكمل من قبل التقنيين المهرة 16، 17. وكانت ثقافة الفيروسية المعيار الذهبي لتشخيص الإنفلونزا، وتحسنت حساسية على كل RIDTs وDFAS 18. ومع ذلك، يمكن أنفلونزا ثقافة الفيروسية تتخذ في أي مكان 2-14 د لاستكمال، وتناقص فائدتها في مساعدة إدارة المريض 19. وأخيرا، النووية اختبارات حمض التضخيم (NAAT) قد حلت محل تقنيات الثقافة باعتبارها المعيار الذهبي الجديد في تشخيص الأنفلونزا. تعتبر NAAT ليكون لها أكبر حساسية للكشف عن انفلونزا في غضون ساعات قليلة. ومع ذلك، NAAT هي فحوصات أغلى وتتطلب معدات متخصصة وخبراء التكنولوجيا لأداء 5 <sتصل>، 20، 21، 22، 23، 24، 25.
الأنفلونزا A و B فحص الموصوفة هنا هو أول الجزيئي اختبار انفلونزا السريع-التنازل عن CLIA ما هو متاح بسهولة. هذا الاختبار يعمل من خلال توظيف رد الفعل الخدش نوكلياز داخلية التضخيم (قرب) الذي يستخدم التضخيم متساوي مع الاشعال مخصصة للانفلونزا تليها الكشف عن الهدف مع تحقيقات منارة الجزيئية. هذا الاختبار يميز الأنفلونزا A من B، يتطلب 2 دقيقة لإعداد وتجهيز عينة واحدة، ويتطلب ما مجموعه 15 دقيقة لإكمال.
هنا، نقدم بروتوكول لفحص الأنفلونزا A & B. وبالإضافة إلى ذلك، فإننا نقدم بيانات العينة وضع مقارنة أداء الأنفلونزا A و B فحص على مسحة البلعوم المحفوظة (NPS) الأصناف المدرجة المخزنة في المتوسط النقل الفيروسي (VTM) إلى الجهاز التنفسي فحص لوحة آخر الممرض.
Protocol
Representative Results
Discussion
فيروسات الأنفلونزا هي أسباب عالمية كبيرة من معدلات الاعتلال والوفيات. التشخيص السريع والدقيق للأنفلونزا هو واحد من مفاتيح رئيسية لإدارة تفشي انفلونزا خلال موسم التنفسي. الاختبارات الأخرى التي تعتمد على مستضد هي سريعة وسهلة لأداء. ومع ذلك، لديهم حساسية منخفضة <sup…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
We thank the Clinical Microbiology Service staff of the Memorial Sloan-Kettering Cancer Center for help in collecting clinical specimens. This study was supported in part by a research agreement between MSKCC and Alere Scarborough (SK2013-0262).
Materials
| Alere i Instrument | Alere | NAT-000 (Global), NAT-024 (US) | |
| Alere i Influenza A & B 24 Test Kit | Alere | 425-000 (Global), 425-024 (US) | |
| Alere i Barcode Scanner | Alere | EQ001001 | |
| Alere Universal Printer | Alere | 55115 (Global), alereiprinter (US) | |
| 200 µL precision pipette | |||
| 200 µL disposable pipette tips | |||
| Viral transport medium | Remel | M4-RT |
References
- . . Prevention control of seasonal influenza with vaccines. Recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices–United States, 2013-2014. , 1-43 (2013).
- Poehling, K. A., et al. The Underrecognized Burden of Influenza in Young Children. New England Journal of Medicine. 355 (1), 31-40 (2006).
- . Estimates of Deaths Associated with Seasonal Influenza — United States, 1976-2007. MMWR. 59 (33), 1057-1089 (2010).
- Agrawal, A. S., et al. Comparative evaluation of real-time PCR and conventional RT-PCR during a 2 year surveillance for influenza and respiratory syncytial virus among children with acute respiratory infections in Kolkata, India, reveals a distinct seasonality of infection. Journal of Medical Microbiology. 58 (12), 1616-1622 (2009).
- Ginocchio, C. C. Strengths and Weaknesses of FDA-Approved/Cleared Diagnostic Devices for the Molecular Detection of Respiratory Pathogens. Clinical Infectious Diseases. 52, 312-325 (2011).
- Grohskopf, L. A., et al. Prevention and control of seasonal influenza with vaccines: recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices-United States, 2013-2014. MMWR Recomm Rep. 62 (07), 1-43 (2013).
- Molinari, N. -. A. M., et al. The annual impact of seasonal influenza in the US: measuring disease burden and costs. Vaccine. 25 (27), 5086-5096 (2007).
- Aoki, F. Y., et al. Early administration of oral oseltamivir increases the benefits of influenza treatment. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 51 (1), 123-129 (2003).
- Noyola, D. E., Demmler, G. J. Effect of rapid diagnosis on management of influenza A infections. The Pediatric infectious disease journal. 19 (4), 303-307 (2000).
- Sharma, V., Dowd, M., Slaughter, A. J., Simon, S. D. EFfect of rapid diagnosis of influenza virus type a on the emergency department management of febrile infants and toddlers. Archives of Pediatrics & Adolescent Medicine. 156 (1), 41-43 (2002).
- Dale, S. E., Mayer, C., Mayer, M. C., Menegus, M. A. Analytical and clinical sensitivity of the 3M rapid detection influenza A+B assay. J Clin Microbiol. 46 (11), 3804-3807 (2008).
- van Doorn, H. R., et al. Clinical validation of a point-of-care multiplexed in vitro immunoassay using monoclonal antibodies (the MSD influenza test) in four hospitals in Vietnam. J Clin Microbiol. 50 (5), 1621-1625 (2012).
- Hurt, A. C., Alexander, R., Hibbert, J., Deed, N., Barr, I. G. Performance of six influenza rapid tests in detecting human influenza in clinical specimens. Journal of Clinical Virology. 39 (2), 132-135 (2007).
- Fiore, A. E., et al. Antiviral agents for the treatment and chemoprophylaxis of influenza — recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices (ACIP). MMWR Recomm Rep. 60 (1), 1-24 (2011).
- Harper, S. A., et al. Seasonal influenza in adults and children–diagnosis, treatment, chemoprophylaxis, and institutional outbreak management: clinical practice guidelines of the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis. 48 (8), 1003-1032 (2009).
- Hannoun, C., Tumova, B. Survey on influenza laboratory diagnostic and surveillance methods in Europe. European Journal of Epidemiology. 16 (3), 217-222 (2000).
- Leonardi, G. P. Rapid identification of 2009 H1N1 influenza A virus using fluorescent antibody methods. Am J Clin Pathol. 134 (6), 910-914 (2010).
- Chartrand, C., Leeflang, M. M. G., Minion, J., Brewer, T., Pai, M. Accuracy of Rapid Influenza Diagnostic TestsA Meta-analysis. Annals of Internal Medicine. 156 (7), 500-511 (2012).
- Lee, G. C., et al. Evaluation of a rapid diagnostic test, NanoSign(R) Influenza A/B Antigen, for detection of the 2009 pandemic influenza A/H1N1 viruses. Virol J. 7, 244 (2010).
- Tang, Y. W., et al. Clinical accuracy of a PLEX-ID flu device for simultaneous detection and identification of influenza viruses A and B. J Clin Microbiol. 51 (1), 40-45 (2013).
- Bandt, D., et al. Economic high-throughput-identification of influenza A subtypes from clinical specimens with a DNA-oligonucleotide microarray in an outbreak situation. Molecular and Cellular Probes. 26 (1), 6-10 (2012).
- Pierce, V. M., Elkan, M., Leet, M., McGowan, K. L., Hodinka, R. L. Comparison of the Idaho Technology FilmArray system to real-time PCR for detection of respiratory pathogens in children. J Clin Microbiol. 50 (2), 364-371 (2012).
- Teo, J., et al. VereFlu™: an integrated multiplex RT-PCR and microarray assay for rapid detection and identification of human influenza A and B viruses using lab-on-chip technology. Archives of Virology. 156 (8), 1371-1378 (2011).
- Babady, N. E., et al. Comparison of the Luminex xTAG RVP Fast assay and the Idaho Technology FilmArray RP assay for detection of respiratory viruses in pediatric patients at a cancer hospital. J Clin Microbiol. 50 (7), 2282-2288 (2012).
- Chidlow, G., et al. Duplex real-time reverse transcriptase PCR assays for rapid detection and identification of pandemic (H1N1) 2009 and seasonal influenza A/H1, A/H3, and B viruses. J Clin Microbiol. 48 (3), 862-866 (2010).
- Bell, J. J., Selvarangan, R. Evaluation of the Alere I influenza A&B nucleic acid amplification test by use of respiratory specimens collected in viral transport medium. J Clin Microbiol. 52 (11), 3992-3995 (2014).
- Nie, S., et al. Evaluation of Alere i Influenza A&B for Rapid Detection of Influenza Viruses A and B. Journal of Clinical Microbiology. 52 (9), 3339-3344 (2014).
- Chapin, K. C., Flores-Cortez, E. J. Performance of the Molecular Alere i Influenza A&B Test Compared to That of the Xpert Flu A/B Assay. Journal of Clinical Microbiology. 53 (2), 706-709 (2015).
