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방법 논문

유전자 교란 mutans 연쇄 상 구 균 긴장 없이 유전자 복제의 생성

7.6K 조회수

⸱

DOI:

10.3791/56319

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2017년 10월 23일

 ,  ,  , 

이 논문에서

요약

우리 유전자 교란 구 mutans 의 생성에 대 한 손쉬운, 신속한, 그리고 상대적으로 저렴 한 방법 설명 변종; 이 기술은 다양 한 종의 유전자 교란 종자의 생성에 대 한 적용할 수 있습니다.

초록

특정 유전자의 기능 설명에 대 한 일반적인 방법을 야생-타입 스트레인 및 관심사의 유전자 교란 되었습니다 했다 긴장의 비교 phenotypic 분석을 포함 한다. 유전자 장애 DNA 구조 적당 한 항생제 내성 표시 유전자를 포함 하는 박테리아의 변종 유전자 교란의 세대에 대 한 유용 합니다. 그러나, 전통적인 건축 방법, 유전자 복제 단계를 필요로 하는 복잡 하 고 시간이 걸리는 프로토콜을 포함 한다. 여기, 타겟된 유전자 장애 mutans 연쇄 상 구 균에 에서 대 한 상대적으로 손쉬운, 빠르고 비용 효율적인 방법을 설명 합니다. 메서드는 2 단계 융합 연쇄 반응 (PCR) 중단 구조 및 유전자 변환 위한 electroporation 생성 하 이용 한다. 이 메서드는 효소 반응, PCR, 이외의 필요 하지 않습니다 그리고 또한 중단 구성의 디자인 측면에서 더 큰 유연성을 제공 합니다. 고용 electroporation의 유능한 세포 준비를 용이 하 게 하 고 변환 효율을 향상 시킵니다. 현재 메서드는 다양 한 종의 유전자 교란 종자의 생성에 대 한 적응 수 있습니다.

서론

유전자 기능 분석은 일반적으로 야생-타입 긴장과 긴장에 관심사의 특정 유전자 중단 되었습니다 phenotypic 비교를 포함 한다. 이 유전자-중단 기술은 다양 한 포유 동물에 박테리아에서 taxa에에서 유전자 기능 분석에 대 한 활용 되었습니다. 유전자 장애 개념은 유전자 교란 스트레인;의 생성에 필요한 이 deoxyribonucleic 산 (DNA) 구문 업스트림 및 다운스트림 영역 대상 유전자의 측면에 융합 항생제 내성 표시 유전자의 구성 되어 있으며 동종 재결합을 통해 게놈으로 통합 됩니다. 유전자 교란 스트레인 항생제를 포함 하는 선택적 미디어를 사용 하 여 격리 될 수 있습니다. 유전자 교란 스트레인의 건설에 사용 되는 기존의 방법 중 합 효소 연쇄 반응 (PCR), 적당 한 플라스 미드, 제한 된 소화에 유전자의 결 찰에 의해 대상 유전자의 증폭 등의 복잡 한 단계 필요 효소, 그리고 항생제-저항 마커 유전자 삽입을 religation. 이 과정은 시간이 많이 걸리는, 각 단계의 성공에 따라 몇 주 몇 일 복용. 또한, 장애 구문 디자인 대상 유전자의 금지 효소 사이트에 따라 달라 집니다. 이러한 문제를 해결 하려면 DNA PCR 기반 접합 방법1,2 Dictyoste....

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프로토콜

1. 뇌관 디자인

  1. 뇌관 2 단계 융합 PCR 및 유전자 장애의 확인에 대 한 준비.
    주: 표 1이 프로토콜에 사용 되는 뇌관 시퀀스를 보여 줍니다. 그림 1 S. mutans Δ gtfC를 생성 하는 데 사용 하는 2 단계 융합 PCR 방법의 개요 그림을 보여준다.
  2. 디자인 뇌관 spectinomycin 저항 유전자 (spc r) 7 게놈에 대상 영역의 교체에 대 한
      . 이 프로토콜 spc r gtfC 유전자의 코딩 지역 전체 바꿉니다.
    1. 5에서 15 기지 spc r의 위쪽과 아래쪽 끝에 보완을 포함 ' 최대 역의 지역 및 다운-앞으로 뇌관, 각각. 마찬가지로, 5에서 15 베이스 gtfC의 업스트림 측면에 서 영역의 아래쪽 끝 및 gtfC의 다운스트림 측면에 서 영역의 위쪽 끝에 보완을 포함 ' spc r의 지역-앞으로 및 sp....

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결과

그림 2 는 그 1세인트 PCR, 각 제품의 크기, 1 %agarose 젤에 관찰 했다 약 1 kb의 예상된 크기와 좋은 계약에. 그림 3 의 2차 PCR 제품의 젤 전기 이동 법 분석을 보여준다. 그림 4 는 S. mutans 식민지 붕괴 구조와 식민지 PCR 제품의 젤 전기 이동 법 분석 변환. 모든 식민지에서 amplicons 예측된 크기의 이었다. 그림 5 는 gtfC 중단 및 젤 전기 이동 법의 PCR 제품의 확인에 대 한 입문서-바인딩 사이트. GtfC-특정 뇌관 세트를 사용 하 여 증폭 하 여 얻은 PCR 제품 확인 되었다

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토론

현재 프로토콜 1세인트 PCR 뇌관 상류와 하류 측면 게놈에서 대상 영역의 영역 약 1kb를 증폭 설계 되어야 합니다. 이러한 긴 측면에 서 시퀀스는 동종 재결합의 효율성을 개선 하는 데 필요한.

뇌관의 시퀀스 (최대 반전, 아래-앞으로, spcr-앞으로, 및 spcr-리버스)이이 프로토콜에서 자동으로 결정 되었다 중단 구성의 사이트에 따라. 각 뇌관 15 기초 5' 영역에서 2차 PCR 서식 파일의 끝에 보완을 포함 되어 있습니다. 더 이상 바인딩 사이트 중단 건설의 보다 효율적인 생산을 수 있습니다. 각 뇌관의 5' 영역에서 적어도 10 보완 기지의 포함9것이 좋습니다.

중첩 된 뇌관 (N_up-앞으로 및 N_up 역) 바깥쪽 뇌관 (최대-앞으로 및 다운 역) 보다는 2

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공개 사항

저자는 공개 없다.

감사의 글

이 작품은 과학의 승진 [부여 번호 16 K 15860 T.M. 15 K 15777 햄프셔를]에 대 한 일본 사회에 의해 지원 되었다.

....

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재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
실험실의 Streptococus mutansStock 균주.야생형 균주(균주 UA159)
게놈 DNA 추출 키트자이모 리서치D6005
비드 박동 파괴 장치타이텍GM-01
합성 유전자유로핀 유전체학맞춤형주문 스펙티노마이신 및 에리트로마이신 내성 유전자
열 순환기AstecPC-708
PCR 프라이머Eurofins Genomics맞춤 주문35개 염기 길이
DNA 중합효소TakaraR045A고충실도 DNA 중합효소
겔 추출 키트Nippon GeneticsFG-91202아가로스 겔에서 DNA 추출
겔 밴드 커터Nippon GeneticsFG-830
분광 광도계Beckman CoulterDU 800
ElectroporatorBio-rad1652100
Electroporation 큐벳Bio-rad16520860.2cm 갭
AnaeropackMitsubishi Gas ChemicalA-03혐기성 배양 시스템
뇌 심장 주입 국물Becton, Dickinson237500박테리아 배양 매체
SpectinomycinWako195-11531항생제
에리스로마이신Wako057-07151항생제
설탕Wako196-00015생물막 현상용
CBB R-250Wako031-17922생물막 염색용

참고문헌

  1. Horton, R. M., Hunt, H. D., Ho, S. N., Pullen, J. K., Pease, L. R. Engineering hybrid genes without the use of restriction enzymes: gene splicing by overlap extension. Gene. 77 (1), 61-68 (1989).
  2. Horton, R. M., Cai, Z., Ho, S. M., Pease, L. R.

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재인쇄 및 허가

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