Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early <em>Drosophila</em> Embryos

Clemens B. Hug; Juan M. Vaquerizas

doi:10.3791/57001

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Generazione di Genome-wide cromatina conformazione cattura librerie da strettamente in fasi precoce embrioni della drosofila

JoVE 신문
유전학

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Generation of Genome-wide Chromatin Conformation Capture Libraries from Tightly Staged Early Drosophila Embryos

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Generazione di Genome-wide cromatina conformazione cattura librerie da strettamente in fasi precoce embrioni della drosofila

DOI:

10.3791/57001-v

•

10:35 min

•

October 03, 2018

•

Clemens B. Hug, Juan M. Vaquerizas

¹Max Planck Institute for Molecular Biomedicine

Chapters

00:04Title
00:37Embryo Fixation
01:48Embryo Sorting
03:07In Situ Hi-C – Lysis
04:57In Situ Hi-C – Digestion, Overhang Fill-in, and Ligation
06:58DNA Extraction
09:11Results: Analysis of Chromatin Conformation Capture Libraries from Drosophila Embryos
09:58Conclusion

Summary

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Questo lavoro descrive un protocollo per la generazione di alta risoluzione in situ Hi-C librerie da strettamente in scena pre-gastrulazione Drosophila melanogaster embrioni.

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Determinazione genoma a livello di timing di replicazione del DNA dei mammiferi da contenuti di misura

Generazione di immunoprecipitazione della cromatina nativo sequenziamento librerie per analisi di densità del nucleosoma

Mappatura del genoma della cromatina accessibile in linfociti T umani primari da ATAC-Seq

Promotore cattura Ciao-c: Ad alta risoluzione, Genome-wide profilatura delle interazioni del promotore

CRISPR-mediata di riorganizzazione della struttura della cromatina Loop

Sorveglianza di genoma di errori di trascrizione in organismi eucarioti

Identificazione di High-throughput di sequenze regolatorie del Gene mediante sequenziamento di nuova generazione di cromosoma circolare conformazione catturare (4C-seq)

Identificazione dei contatti Enhancer-Promoter nei corpi embrionali mediante Quantitative Chromosoma Conformation Capture (4C)

Analisi a livello di genoma della distribuzione delle modificazioni isoniche utilizzando il metodo di sequenziamento dell'immunoprecipitazione della cromatina in Magnaporthe oryzae