रक्त से परिचालित ribonucleic एसिड (cRNA) का पता लगाने नैदानिक निदान में एक unmet की जरूरत है । यहां हम तरीकों का वर्णन है कि गैर से cRNA विशेषताएं छोटे सेल फेफड़ों के कैंसर के रोगियों संवेदनशील और विशिष्ट डिजिटल पोलीमरेज़ श्रृंखला प्रतिक्रिया का उपयोग कर । परीक्षण 72 घंटे के भीतर संलयन वेरिएंट का पता लगाने के लिए डिजाइन आवश्यकताओं को पूरा ।
हम अलगाव और ट्यूमर के लक्षण वर्णन के लिए उपंयास तरीके विकसित किया है-संचारी ribonucleic एसिड (रक्त आधारित तरल बायोप्सी के लिए cRNA) व्युत्पंन । रक्त से बरामद cRNA का मजबूत पता नैदानिक निदान में एक महत्वपूर्ण unmet की जरूरत के लिए एक समाधान का प्रतिनिधित्व करता है । परीक्षण रक्त संग्रह है कि cRNA स्थिर परिरक्षकों युक्त ट्यूबों में पूरे रक्त के संग्रह के साथ शुरू होता है । सेल मुक्त, exosomal, और प्लेटलेट जुड़े आरएनए इस परीक्षण प्रणाली में प्लाज्मा से अलग है । cRNA पूरक डीएनए (सीडीएनए) को लिखित रिवर्स है और डिजिटल पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन (dPCR) का उपयोग कर परिवर्धित । नमूनों दोनों लक्ष्य के लिए मूल्यांकन किया जाता है और साथ ही एक नियंत्रण जीन निशान । परीक्षण मांयता का पता लगाने की सीमा, सटीकता, और विश्लेषणात्मक नमूनों के साथ मजबूत अध्ययन शामिल थे । इन अध्ययनों का एक परिणाम के रूप में विकसित विधि ROS1 के लिए एकाधिक संलयन वेरिएंट का पता लगाने reproducibly (सी-Ros आद्य-oncogene 1; 8 वेरिएंट) और रेत (अभिकर्मक आद्य-oncogene के दौरान पुनर्व्यवस्थित; 8 वेरिएंट) । नमूना संसाधन वर्कफ़्लो ऑप्टिमाइज़ किया गया है ताकि परीक्षण परिणाम लगातार नमूना प्राप्ति के 72 घंटे के भीतर उत्पन्न किया जा सकता है ।
अप करने के लिए 25% गैर छोटे सेल फेफड़ों के कैंसर (NSCLC) रोगियों के निदान के समय में परीक्षण के लिए पर्याप्त ऊतक उपलब्ध नहीं हो सकता है । यहां तक कि मामलों में जहां ऊतक उपलब्ध है, यह पर्याप्त मात्रा या गुणवत्ता की नहीं हो सकता है की सिफारिश की आणविक परीक्षणों1,2प्रदर्शन करने के लिए । मामलों में जहां आणविक रूपरेखा के लिए एक बायोप्सी से पर्याप्त ऊतक है, रोगियों को कई सप्ताह या परिणाम के लिए अब इंतजार करना पड़ सकता है, या आणविक परिणाम3,4बिना उपचार शुरू. हालांकि, यह महत्वपूर्ण है कि जानकारीपूर्ण आणविक निदान NSCLC के साथ का निदान रोगियों के लिए कई लक्षित उपचार के विकल्प के आगमन दिया उपलब्ध हो । परिसंचारी सेल के परीक्षण-तरल बायोप्सी से मुक्त डीएनए (cfDNA) पारंपरिक ऊतक परीक्षण की चुनौतियों के लिए एक समाधान है4,5,6। cfDNA और एक समान dPCR-रैपिड परिणाम पीढ़ी के लिए कार्यप्रवाह आधारित का उपयोग NSCLC में कार्रवाई उत्परिवर्तनों के लिए वर्तमान परीक्षण विकल्प, एपिडर्मल वृद्धि कारक रिसेप्टर (EGFR) उत्परिवर्तनों ΔE746-A750 और L858R, EGFR प्रतिरोध उत्परिवर्तन T790M शामिल , KRAS आद्य-Oncogene (KRAS) वेरिएंट, और बी-आरएएफ आद्य-Oncogene (BRAF) संस्करण V600E । हालांकि क्षेत्र के रूप में मोटे तौर पर नहीं अपनाया, ट्यूमर-व्युत्पंन दूत आरएनए (mRNA) तरल बायोप्सी से अलग परिचालित भी महत्वपूर्ण नैदानिक जानकारी प्रदान कर सकते हैं7,8,9. हम पहले विकसित किया है और 4-Anaplastic लिंफोमा रिसेप्टर Tyrosine कळेनासे (EML4-ALK) रक्त प्लाज्मा10से फ्यूजन वेरिएंट की तरह Echinoderm Microtubule जुड़े प्रोटीन के मल्टीप्लेक्स का पता लगाने के तरीकों पर सूचना दी । इस अध्ययन में, हम ROS1 और रेत के लिए उच्च क्रम मल्टीप्लेक्सीय आरएनए लक्ष्यों को शामिल करने के लिए इन तरीकों को विस्तारित, प्रत्येक परख के भीतर आठ संलयन वेरिएंट को कवर । उद्देश्य पहले NSCLC के साथ का निदान रोगियों के प्लाज्मा से इन संलयन वेरिएंट का पता लगाने के लिए एक तेजी से, संवेदनशील, विशिष्ट, और reproducible तकनीक विकसित करने के लिए किया गया था ।
परीक्षण प्रक्रिया एक चिकित्सक के कार्यालय में आरएनए स्थिर रक्त संग्रह ट्यूब11का उपयोग कर शुरू की है । इन ट्यूबों के साथ ही RNase अवरोधकों एक सेल परिरक्षक होते हैं । नमूने सक्षम कर्मियों द्वारा प्रसंस्करण के लिए प्रमाणित प्रयोगशाला (नैदानिक प्रयोगशाला)-मान्यता प्राप्त अमेरिकी पैथोलॉजिस्ट (कैप) के केंद्रीकृत कॉलेज के लिए रातोंरात प्राथमिकता भेज रहे हैं-नैदानिक प्रयोगशाला सुधार संशोधन (CLIA) । एक बार नैदानिक प्रयोगशाला द्वारा प्राप्त, प्रसंस्करण के प्रत्येक कदम को मंजूरी दे दी मानक संचालन प्रक्रियाओं (शराबी) के तहत आयोजित किया जाता है । पूरे रक्त प्लाज्मा को ठीक करने के लिए, जो कि या तो रक्त में या exosomes और प्लेटलेट्स7,8,9के रूप में encapsulating moieties, के भीतर मुक्त है कि विसंचारी आरएनए को अलग करने के लिए इस्तेमाल किया जाता है । इन डिब्बों से आरएनए को अलग करने के लिए, हमने कई निष्कर्षण विधियों की तुलना के आधार पर आरएनए वसूली के लिए प्रणाली का चयन किया । पृथक आरएनए केंद्रित और रिवर्स सीडीएनए करने के लिए लिखित है । कई रिवर्स transcriptase एंजाइमों और जीन विशिष्ट प्राइमरों सीडीएनए संश्लेषण विधि के अनुकूलन के दौरान मूल्यांकन के लिए ROS1 और रेत लक्ष्य प्रतिलिपि रूपांतरण को अधिकतम10। इस तरह के ट्यूमर व्युत्पंन संलयन वेरिएंट के रूप में, कम बहुतायत परिचालित टेप के लिए महत्वपूर्ण है । अंत में, हम dPCR प्राइमर और जांच सांद्रता अनुकूलित करने के लिए रेत या ROS1 संलयन वेरिएंट और नियंत्रण जीन, glucuronidase-β (GUSB) के मल्टीप्लेक्स का पता लगाने के लिए अनुमति देते हैं । हम तो अनुकूलन अध्ययन में से प्रत्येक से सबसे अच्छी स्थिति एक अंतिम बंद प्रोटोकॉल में विश्लेषणात्मक मांयता अध्ययन इस रिपोर्ट में वर्णित प्रदर्शन से पहले संयुक्त । इस प्रोटोकॉल और इन परिणामों के संचलन में दुर्लभ संलयन वेरिएंट की दिनचर्या का पता लगाने के लिए एक तेजी से और संवेदनशील कार्यप्रवाह के लिए आधार प्रदान करते हैं ।
रेत और ROS1 पुनर्व्यवस्था एक साथ अप ~ NSCLC जनसंख्या18के भीतर चालक उत्परिवर्तनों के 3% बनाने के लिए । हालांकि दुर्लभ, इन आनुवंशिक परिवर्तन का पता लगाने के महत्वपूर्ण है । इन परिवर्तन के साथ NSCLC रोगियों लक्षित चिकित्सकीय कि विशेष रूप से ंयायपालिका कळेनासे गतिविधि है कि onco-प्रोटीन से परिणाम को बाधित से लाभ हो सकता है13। कुछ ऐसे उपचारों पहले से ही ROS1 सकारात्मक NSCLC में उपयोग के लिए एफडीए द्वारा अनुमोदित कर रहे हैं, जबकि दूसरों के लिए क्लिनिकल परीक्षण में रेत के खिलाफ प्रभावोत्पादक हो प्रदर्शन किया गया है19।
डिजिटल पीसीआर प्रौद्योगिकी संवेदनशीलता है कि तरल बायोप्सी आवेदन20के लिए आदर्श है प्रदान करता है । NSCLC4,6,21,22,23 के साथ रोगियों में ट्यूमर उत्परिवर्तनों की माप के लिए प्रचालित सेल-मुक्त डीएनए के साथ प्रयोग के लिए इस तकनीक का महत्वपूर्ण अपनाने गया है . cfDNA के अलावा, हम एक NSCLC ट्यूमर शाही सेना (चित्रा 1)10से परिचालित से रोगियों में सबसे प्रचलित फ्यूजन वेरिएंट के मजबूत माप के लिए डिजाइन किए गए प्रोटोकॉल विकसित की है ।
हमारे स्थापित प्रोटोकॉल 0.2% (चित्रा 2) के लिए नीचे का पता लगाने की विश्लेषणात्मक सीमा के लिए अनुमति देता है । जबकि आरटी-dPCR असाधारण विशिष्ट और संवेदनशील है, परख ज्ञात संलयन वेरिएंट है कि चुना और पीसीआर परख में पता लगाने के लिए मल्टीप्लेक्स के पैनल तक ही सीमित हैं । इस प्रकार, NSCLC के साथ रोगियों की जनसंख्या के भीतर उचित कवरेज सुनिश्चित करने के लिए चयनित किया जाना चाहिए । हम सफलतापूर्वक रेत के लिए परख डिजाइन किए है और ROS1 कि एक साथ आठ फ्यूजन वेरिएंट या ROS1 loci की पुनर्व्यवस्थाओं से परिणामी का पता लगाने और 99% और रेत और ROS1 सकारात्मक आबादी का 88% कवर, क्रमशः (चित्रा 1बी सी )17.
इस अध्ययन में वर्णित के रूप में अंतिम परीक्षण कार्यप्रवाह परिणामों की निरंतरता सुनिश्चित करने के लिए बैच नियंत्रण भी शामिल है । इन नियंत्रणों दोनों एक सकारात्मक विश्लेषणात्मक मानक के रूप में के रूप में अच्छी तरह से दो नकारात्मक नियंत्रण है, जो एक साथ यह सुनिश्चित करने में कोई संदूषण या पीसीआर बाधा बैच के भीतर होने वाली है (चित्रा 3) शामिल हैं । परख की मजबूती सुनिश्चित करने के लिए, एक अध्ययन एक 21 दिन की अवधि (चित्रा 3डी, एच) पर बैच नियंत्रण का उपयोग किया गया था । इन आंकड़ों के रूप में इस प्रोटोकॉल के भीतर स्थापित आरएनए प्रक्रिया की निरंतरता प्रदर्शित करता है ।
अच्छा प्रयोगशाला प्रथाओं और उचित आरएनए हैंडलिंग मजबूत और सटीक परिणाम सुनिश्चित करने के प्रमुख घटक हैं । प्रयोगशाला अंतरिक्ष और सेना के साथ प्रयोग करने के लिए समर्पित उपकरण, प्रत्येक उपयोग के बाद उपकरणों की सफाई, RNase मुक्त reagents और उपभोग्य सामग्रियों का उपयोग, और काम अंतरिक्ष के लिए एक RNase निष्क्रियता स्प्रे लागू सभी दूषित RNases को कम करने में मदद । तकनीशियनों द्वारा एक समर्पित प्रयोगशाला कोट, अक्सर दस्ताने परिवर्तन, आरएनए निष्कर्षण प्रक्रिया के माध्यम से जल्दी से काम करने सहित, और बर्फ पर नमूने रखने नमूना अखंडता को बनाए रखने के लिए अत्यंत महत्व के है के साथ आरएनए नमूने के ईमानदार हैंडलिंग । एक बार आरएनए सीडीएनए करने के लिए प्रतिलिखित रिवर्स किया गया है, नमूना एक अधिक स्थिर रूप है कि कम गिरावट की संभावना है में है । आरएनए अखंडता का समर्थन करने वाले प्रथाओं के अलावा, पीसीआर घटकों और नमूनों को अलग क्षेत्रों में बनाए रखा जाना चाहिए जो पार-दूषण को रोकने के लिए गलत सकारात्मक परिणाम ले सकता है । शेयर पीसीआर रिएजेंट और पीसीआर मास्टर घोला जा सकता है की तैयारी पीसीआर टेम्पलेट्स से अलग रखा जाना चाहिए और महान देखभाल के सभी पूर्व-प्रवर्धित टेम्पलेट (पोस्ट-पीसीआर) से प्रवर्धित टेम्प्लेट (रिएजेंट, आरएनए, और सीडीएनए नमूनों सहित) को पृथक् करने के लिए लिया जाना चाहिए. अंत में, उचित पीढ़ी और emulsified पीसीआर के हैंडलिंग से पहले प्रवर्धन के लिए छोटी बूंद अखंडता और इष्टतम dPCR शर्तों को बनाए रखने के लिए केंद्रीय है घोला जा सकता है इस प्रोटोकॉल को सुसंगत और सटीक परिणाम प्राप्त करने के लिए निष्पादन के दौरान महत्वपूर्ण है जैसे सावधानियों । सभी आंकड़ों की जांच की जानी चाहिए प्रशिक्षित कर्मियों द्वारा परिणाम जारी करने से पहले सुनिश्चित करें कि सभी QC मैट्रिक्स को पूरा किया गया है । इष्टतम परिणाम (चित्रा 4) के मामले में, बैच तकनीकी कर्मचारियों और प्रयोगशाला निदेशक द्वारा समीक्षा की जानी चाहिए और फिर से प्रसंस्करण की आवश्यकता हो सकती है ।
RT-dPCR परिणाम के रूप में नमूना रसीद से 24 घंटे के रूप में जल्दी उत्पादन किया जा सकता है और इस अध्ययन (n = ९८४) में इस्तेमाल किया परीक्षण सेट के भीतर नमूना परिणामों के 95% रसीद के समय से कम 72 घंटे में आदेश चिकित्सक को सूचित किया गया (चित्रा 5). इस बारी के आसपास समय बहुत आवश्यक आणविक जानकारी के साथ एक समय सीमा है कि उचित चिकित्सा की दीक्षा की अनुमति देता में चिकित्सकों प्रदान करता है । इन परिणामों को आम तौर पर एक पारंपरिक ऊतक बायोप्सी का उपयोग कर प्राप्त की तुलना में पहले से उपलब्ध हैं । NSCLC और अंय कैंसर के लिए अतिरिक्त के लिए मार्क्स समान परिचालित आरएनए-आधारित दृष्टिकोण का उपयोग कर विकसित किया जा सकता है, और एक ही तेजी से समय के परिणाम से लाभ होगा । उदाहरण के लिए, क्रमादेशित मृत्यु Ligand 1 का मापन (पीडी-L1) mRNA प्रतिलिपि RT-dPCR का उपयोग immunotherapy विकल्पों के बारे में चिकित्सकों को सूचित कर सकता है. चिकित्सीय प्रभावकारिता के लिए निगरानी में तरल बायोप्सी और dPCR की उपयोगिता में भी रुचि बढ़ रही है । विशिष्ट वेरिएंट के लिए जीनोमिक परीक्षण का उपयोग कर ट्यूमर के पुनरुत्थान के पहले के संकेत चिकित्सकों उपचार परहेजों को समायोजित करने के लिए अनुमति दे सकता है इससे पहले कि इमेजिंग24के रूप में देखभाल उपायों के मानक द्वारा रोगसूचक हैं । प्रोटोकॉल जैसे एक इस अध्ययन में रिपोर्ट के रूप में उनकी गैर इनवेसिव, संवेदनशीलता, तेजी से समय के आसपास बारी, और लागत प्रभावशीलता की वजह से निगरानी के लिए आदर्श होते हैं । परख वर्णित इस के साथ साथ नमूना रसीद से 72 घंटे के भीतर परिणाम प्रदान करता है, ंयूनतम झूठी सकारात्मक जांच दर है, जो तेजी से उपचार के फैसलों की सुविधा और कुछ के साथ कुछ सीमाएं दरकिनार ऊतक आधारित परीक्षण के साथ अनुभव4।
हमारे प्रोटोकॉल और डेटा कम बहुतायत आरएनए वेरिएंट की पहचान के लिए एक मजबूत परीक्षण प्रणाली के रूप में के रूप में अच्छी तरह से नैदानिक अभ्यास में रक्त आधारित उत्परिवर्तन परीक्षण के लिए क्षमता प्रदर्शित करता है । उन रोगियों के लिए जो एक कार्रवाई चालक इस तरह एक तेजी से लक्षित तरल बायोप्सी दृष्टिकोण द्वारा की पहचान उत्परिवर्तन नहीं है के लिए, और अधिक व्यापक जीनोम और दोनों ऊतक और रक्त से proteome परीक्षण के अलावा भी व्यापक नैदानिक जानकारी प्रदान कर सकते है उपचार योजना का समर्थन करने के लिए ।
The authors have nothing to disclose.
हम अपने सहयोगियों को धंयवाद, स्टीफन जोंस, Nia द्, dr. Dianna Maar, और डॉ सामंथा कूपर डिजिटल जीवविज्ञान केंद्र (जैव रेड इंक सीए) से उनके परख डिजाइन समर्थन के लिए; Nezar Rghei और डॉ॰ Moemen Abdalla (Norgen बायोटेक, कनाडा) आरएनए निष्कर्षण प्रोटोकॉल का अनुकूलन करते समय महत्वपूर्ण सलाह के लिए; और शैनन कैंपबेल, स्कॉट Thurston, जेफ Fensterer, शैनन Martello और Joellyn एनोस की परीक्षण आवश्यकताओं और वाणिज्यिक निगरानी के साथ सहायता के लिए ।
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1604071 |
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1809353 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1604071 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1606077 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile | Amresco | K812-500mL | 1446C189 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile – 500 mL | Invitrogen | 10010023 | 1916C092 |
RNase Zap (Life Tech) (250 mL) | Ambion | AM9780 | 353952 |
Beta-Mercaptoethanol (BME) (250 mL) | CalbioChem | 6050 | W105B |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56054611 |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56238638 |
Isopropyl Alcohol | VWR | 0918-4L | 2116C416 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 403648 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 288461 |
DNase I | Thermo | K0441 | 371299 |
QIAzol Lysis Reagent | Qiagen | 79306 | 54809699 |
20x TE buffer pH 8.0 | Alfa Aesar | J62388 | R13C548 |
UltraPure Agarose | Invitrogen | 16500-100 | 552730 |
10x TBE buffer | Invitrogen | AM9863 | 353065 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 60110327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61900327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61480327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 62320327 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 585849 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 588308 |
Lysis Buffer | Norgen | 21205 | A5F61E |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 585848 |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 588309 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC186976 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188077 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188413 |
Collection Tubes 500 pack | Zymo | C1001-500 | N/A |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 391657 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 392504 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 448001 |
SuperScript IV Reverse Transcriptase | Life Technologies | 18090200 | 451702 |
Qubit HS RNA Assay Kit (500) | Life Technologies | Q32854 | 1745264 |
Qubit assay tubes (500) | Life Technologies | Q32856 | 13416Q311 |
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ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065741 |
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ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64052358 |
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RET exon 11 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
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RET exon 12 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
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ROS1 exon 34 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
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ALK Gene Specific Primer | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
5’-CAGTAGTTGGGGTTGTAGTCG-3’ | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
EML4-ALK Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
SLC34A2-ROS1 Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
CCDC6-RET Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
Human Brain Total RNA | Ambion | AM7962 | 1703548 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K15:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K16:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K22:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K23:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R11 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R8 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C1:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T14:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: E10:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T8:R35 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
(version 2) | Bio-Rad | 12003909 | 213939881 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 13-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 20170112v3.2 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851151 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 207383915 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 195995635 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851152 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 213949301 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 20160914 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 211383227 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 1065C220 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052953 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052358 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 1065C320 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64052952 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64064127 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000065883 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084276 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000079928 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084395 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084634 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20160627 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161107 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161206 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161216 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20170125 |
Pipet Tips for Automated Droplet Generator | Bio-Rad | 1864120 | PR125340 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206894 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206893 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 1409850 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 100402 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 145851 |
Microseal 'B' seals | Bio-Rad | MSB1001 | BR00428490 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64039089 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049253 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049255 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64081870 |
DNA Lo Bind Tube 0.5 mL | Eppendorf | 22431005 | E1629620 |
DNA Lo Bind Tube 1.5 mL | Eppendorf | 22431021 | F16698K |
DNA Lo Bind Tube 2 mL | Eppendorf | 22431048 | E160610I |
50 mL Conicals, Polypropylene (25) | Thermo | 339652 | G5ZF5W8118 |
TempAssure PCR 8-Strips, Optical Caps, Natural, polypropylene (120) | USA Scientific | 1402-4700 | 16202 |
For Rainin LTS Pipettors 0.5-20 µL tips | Pipette.com | LF-20 | 40155-642C4-642C |
For Rainin LTS Pipettors 5-200 µL tips | Pipette.com | LF-250 | 40154-642C4-642B |
Tips LTS 200 ul Filter 960/10 RT-L200F (10 boxes) | Rainin | 17002927 | 1635 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F1175551-1108 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F118054L-1720 |
Pipet Tips, 100 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1180-1740 | 0014961Q-2501 |
Pipet Tips, 200 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1180-8710 | E116684P-1540 |
Pipet Tips, 1000 ul XL TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1182-1730 | F118815P |
5 mL Standard Racked Gilson-fit Reference Tips | Scientific Specialties | 4411-00 | 14312 |
Combitips advanced, 0.1 mL Biopur | Eppendorf | 003 008 9618 | F165414H |
Combitips advanced, 0.2 mL Biopur | Eppendorf | 0030 089.626 | F166689J |
Combitips advanced, 5 mL Biopur | Eppendorf | 0030.089 669 | F166054J |
Combitips advanced, 50 mL Biopur | Eppendorf | 003.008.9693 | F166055I |
Reagent Reservoir | VWR | 89094-680 | 141500 |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165029I |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165028G |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Green | Eppendorf | 951020346 | F166183K |
Equipment Type | Equipment ID | ||
Analytical Balance | EQP0125 | ||
Cryogenic Freezer 1, -80oC | EQP0095 | ||
Refrigerator 6.1 cu ft GP06W1AREF | EQP0139 | ||
-20oC Freezer | EQP0140 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0025 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0124 | ||
Thermo Scientific Hereaus Megafuge 8 | EQP0104 | ||
Mini Centrifuge | EQP0131 | ||
Mini Centrifuge | EQP0136 | ||
Mini Centrifuge | EQP0134 | ||
Mini Centrifuge | EQP0235 | ||
Mini Centrifuge | EQP0216 | ||
Thermo Scientific HeraTherm Incubator | EQP0105 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0182 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0072 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0070 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0218 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0075 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0169 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0074 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0147 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0128 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0160 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0018 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0146 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0079 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0181 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0085 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0077 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0088 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0087 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0231 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0050 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0158 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0217 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0082 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0183 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0083 | ||
Pipette 5 mL | EQP0153 | ||
Timer | S/N 140623950 | ||
Hamilton SafeAire VAV Fume Hood | EQP0206 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0205 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0204 | ||
Qubit 3.0 | EQP0102 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0108 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0231 | ||
Polaroid Z2300 Instant Print Digital Gel Camera with WiFi and 16GB SDHC memory card | EQP0111 | ||
Electrophoresis Power Unit | EQP0113 | ||
Electrophoresis Small Gel Box | EQP0116 | ||
Maestro Transilluminator | EQP0118 | ||
Microwave | EQP0215 | ||
Multichannel 8-well Pipette 2 - 20 μL | EQP0207 | ||
Multichannel 8-well Pipette 10 – 100 μL | EQP0090 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0094 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0161 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0162 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0163 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0052 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0007 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0132 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0137 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0135 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0203 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0096 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0148 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0097 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0202 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0121 | ||
Automated Droplet Generator | EQP0179 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0123 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0186 | ||
C1000 Touch Cycler w/96W FS RM | EQP0120 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0174 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0173 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0180 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0175 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0194 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0122 |