Протокол представляет Escherichia coli-на основе селективного давления включения низина антимикробного пептида lactococcal неканонических аминокислот (ncAAs). Его свойства могут быть изменены во время рекомбинантных выражение через замену с желаемой ncAAs в определенных питательных сред. Обусловленные этим изменения в биологическую сопоставляются анализов ингибирование роста и микроскопии флуоресцирования.
Природа имеет множество возможностей для создания новых функций белков, изменяя последовательность отдельных аминокислот строительных блоков. Однако все варианты основаны на 20 канонические аминокислоты (cAAs). Как способ привнести дополнительные физико-химическим свойствам полипептидов включение неканонических аминокислот (ncAAs) все шире используется в машиностроении белка. Из-за их сравнительно короткой длины модификация ribosomally синтезированных и post-translationally модифицированных пептиды, ncAAs особенно привлекательным. Новые функциональные возможности и химические ручки может быть порождена конкретные изменения отдельных остатков. Селективного давления включения (SPI) метод использует ауксотрофных хост штаммов, которые лишены аминокислотой в химически определенных питательных сред. Несколько структурно и химически аналогичные аминокислот аналогов затем может быть активировано путем соответствующего аминоацил тРНК-синтетазы и предоставляют специфичные для остатков cAA(s) → ncAA(s) замен в последовательности целевого объекта пептид или белок. Хотя, в контексте метода SPI, ncAAs также включены в принимающей протеома во время фазы экспрессии рекомбинантных генов, большинство клеток ресурсов присваиваются экспрессии гена целевого объекта. Это позволяет эффективное включение остатков конкретных ncAAs часто сопровождается с высоким количеством изменение целевого. Представленная работа описывает в естественных условиях включения шести пролина аналогов в низина антимикробного пептида, lantibiotic, естественным образом вырабатывается Lactococcus lactis. Антимикробные свойства низина могут быть изменены и расширены в ходе ферментации и выражение в ауксотрофных Escherichia coli штаммов в определенных питательных сред. Таким образом последствия остатков конкретных замена Суга с ncAAs может доставить изменения в активности антимикробной и специфичность. Антимикробная активность анализов и микроскопии флуоресцирования используются для тестирования новых вариантов низина для ингибирования роста штамма индикатор грамположительных Lactococcus lactis . Масс-спектроскопии используется для подтверждения включения ncAA в вариантах биоактивные низина.
Открытие антибиотиков в двадцатом веке и параллельной разработки новых антимикробных соединений против патогенных микроорганизмов включен целевых лечения бактериальных инфекций. Однако из-за появления лекарственно устойчивой патогенов, таких как метициллин резистентный Staphylococcusaureus (MRSA), к ванкомицину энтерококков (VRE), MDR (с множественной лекарственной устойчивостью) Salmonella typhimurium Фаговые типа 10 (DT10 ), и Klebsiella pneumoniae, это срочно необходимо для создания новых противомикробных препаратов1. Антимикробных пептидов (AMPs) являются универсальным, часто весьма конкретных соединений, которые являются перспективными кандидатами для разработки новых лекарств благодаря их физико-химических свойств, гибкость, размер, гидрофобность и режим действий2. Усилители являются малые пептиды, обычно состоящая из 7-100 аминокислот. Часто они имеют структуру Катионный богаты положительно заряженных остатков аргинина и лизин, которые взаимодействуют с целевой микробной клеточной мембраны, которое противоположно взимается3. Определенной подгруппе AMPs, ribosomally синтезированных и posttranslationally модифицированных пептидов (RiPPs)4. Они производятся многие организмы от царства грибов и домен бактерий. Один из наиболее известных и широко используемым RiPPs это низина, естественным образом вырабатывается молочнокислые бактерии Lactococcus lactis (lactis л). Активен в отношении грамположительных бактерий группы, Низина был использован как Биоконсервант в пищевой промышленности для более чем 50 лет из-за его антимикробные свойства и отсутствие развивались сопротивления в целевых микробных штаммов5. Исследования показали, что низина дестабилизирует и генерирует поры в бактериальных клеточных мембран, ведущих к антимикробной активностью в отношении как грамположительных и грамотрицательных патогенов6. Связываясь с липидов II, синтез клеточной стенки бактерий является тормозится7. Низина кодируется nisA как линейной прекурсоров пептид, который состоит из лидера и ядро пептид региона (рис. 1). После рибосомных синтеза prenisin сначала изменяется путем дегидратазы НИСМ. Здесь серина и треонина остатков в регионе prepeptide ядро обезвожены dehydroalanine (ДГВ) и dehydrobutyrine (Dhb)8. Впоследствии, обезвоженный остатков соединены с цистеина в форме lanthionine кольца (отсюда название «lantibiotic» для lanthionine кольцо содержащих антибиотики) добавлением фермента катализированное Майкл. Этот Посттрансляционная модификация (ПТМ) катализируемой циклазы помощь. В л lactisмодифицированных prenisin затем транспортируется из клетки транспортер NisT, а лидер пептид расщепляется, протеиназы НИСП выпустить зрелой и активных низина форма9. Ответственный лидер пептидаза НИСП имеет высокий субстратная специфичность, поскольку он только процессы изменения низина эффективно10.
В общем активные RiPPs результатом действий PTM ферментов (например, NisBC), которые резко увеличить пространство химических короткие пептиды, например, через ацетилирования, гликозилирования, метилирование или фосфорилирования. Этот уровень сложности далее может быть расширена путем прямого включения ncAAs. Хотя часто возможно, химический синтез усилителей является проблемой для крупномасштабного производства вследствие их структурной сложности. Например общая химического синтеза lantibiotic lactosin S в 71 реакция шагов была достигнута с окончательный выход 10% и что низина с сырой доходность только 0,003%11,12. Таким образом биологического производства предлагает жизнеспособную альтернативу, благодаря генерации правильного stereocenters и продукции с высокой концентрации.
До сегодня более чем 150 ncAAs, например, имея функциональные группы, содержащие фтор или азиды, были включены в рекомбинантных белков, и несколько примеров ncAA модифицированные усилителей были сообщалось13,14, 15,16. С введением ncAAs Роман физико-химических свойств могут быть созданы по сравнению с обычными мутагенеза. Разнообразие существующих пептидов может быть увеличено, возможно, приведет к Роман антибиотики.
Один метод для включения ncAAs рекомбинантные пептиды — селективного давления включения (SPI) на основе использования ауксотрофных бактериальных штаммов17. Эти штаммы не способны синтезировать соответствующий УГА аналог ncAA. Методология использует часто наблюдаемых расслабленной субстратная специфичность, особенностью многих природных аминоацил тРНК-синтетаз (aaRSs)18. Помимо их природных субстратов УГА эти ферменты способны часто признавать и активировать нужный ncAA и поручить его на их родственных tRNA(s). Это приводит к рибосомальной включение ncAA в целевой продукт гена остатков конкретным образом (то есть, cAA → ncAA замещение). Это, конечно возможно только когда желаемый ncAA структурно и химически похож на канонической аминокислоты и попустительстве физиологии клетки, перевод машин и пептид или белок последовательности целевого объекта. В частности экспериментальной установки клетки ауксотрофных хозяина культивируемых в определенной среде, поставляется с предельной концентрации родной аминокислоты быть замещенным. Клеточного роста или обмен cAA свободной среде приводит к внутриклеточное истощение УГА. На следующем шаге добавляется ncAA и целевое выражение гена индуцируется. Неизбежно ncAAs теперь также включены в многих других белков в клетки-хозяина во время этой фазы целевого выражения гена. Тем не менее, токсичность SPI установки хранится на низком уровне, поскольку штамм Escherichia coli (E. coli) преобразуется с плазмида, перевозящих целевого гена под контролем промотора сильного (обычно очень конкурентоспособным промоутер T7 / Система РНК полимеразы)19. Сразу же после индукции (обычно когда исчерпаны УГА), принимающей клетки перестают расти и их цитоплазматических ферментативные механизмов используются главным образом для экспрессии гена на основе плазмида целевой. Сайт Направленный мутагенез может использоваться для определения сайта установки специфичные для остатков ncAA в целевого гена20.
Как пептид модель для включения ncAAs была выбрана низина AMP пентациклических A. Это 34 аминокислот длиной и имеет только один пролина остатков в ядро пептид последовательности (рис. 1). Как и Субтилизин, ericin A и S и epidermin также, как и низина Z и низина Q сохраняемой proline, по-видимому, существенно важное значение для деятельности9,21. УГА proline играет особенно важную роль в peptidyl проли Амида вращения и вторичная структура стабилизации. Ее боковой цепи кольцо конформации (exo / заправка Эндо) отвечают за термодинамических стабилизации амидных связей. Целевые химические модификации (например, hydroxylations, fluorinations, methylations) нитей проли часто критически влиять на складной стабильности, леска жесткостью и функций многих биологических структур22. Таким образом вполне вероятно, ожидать, что Pro→ пролина аналоговый замены будет наделять кольцо B, второе кольцо низина, Роман и необычными свойствами.
Здесь, пролина ауксотрофных штамм E. coli был использован для производства рекомбинантного низина. Это требует выражение prepeptide гена nisA , а также модификация ферментов генов nisBC. Генетически закодированный пептид продукта несет N-неизлечимо его меткой лидером для очистки через аффинной хроматографии. Для определения активности, L. lactis выражения и секреции NisPT используется для активации рекомбинантных низина варианты от lysates клетки Escherichia coli или образцов очищенной пептида (рис. 1). Зрелые AMP освобождается после расщепления лидера организован НИСП. В этом методе диффузии агар AMP образец диффундирует в твердого роста среднего и может подавлять рост грамположительных микроорганизмов. После инкубации это можно наблюдать визуально, ореолы ингибирование роста. В дополнение к л lactis как индикатор изменение низина вариантов показал Антимикробная активность против Enterococcus faecalis, Bacillus cereus, золотистый стафилококк и Lactobacillus johnsonii 21,23.
Альтернативных и экспериментально другой метод для включения ncAAs в RiPPs-стоп кодон подавления (SCS)24. Для этого, ортогональные tRNA / аминоацил тРНК синтетазы (Орсе) пара требуется для соответствующего ncAA. В идеале все эти три компонента являются bioorthogonal, т.е. они не взаимодействуют с эндогенного tRNAs и aaRSs. NcAA конкретных Орсе может быть порождена модификации фермента активного узла и скрининга генетической библиотек мутант синтетаз25. Кроме того введение ncAA требует кодоном который переназначается и которая не кодируются для УГА. Обычно Янтарный стоп-кодон — используется24,26.
Недавно SPI была создана для включения α-chloroacetamide содержащих и клик химия совместимые ncAAs в NisA27. К примеру Nε– alloc-лизин была включена в captistruin пептид Лассо с сайта (СКС) и остатка (SPI) включение методов и впоследствии в пробирке рутений катализированное метатеза28 . По сравнению с SPI метод SCS является более сложным с ортогональными tRNA / Орсе пары должен быть совместно выразили. На сегодняшний день, o пар для включения пролина были развитые29, но в меру наших знаний, поступили не пример пролина аналоговый инкорпорации.
Следует отметить, что не все ncAAs могут быть включены с помощью методологии SPI. Во-первых поглощение ncAAs в цитоплазму регулируется целым рядом транспортных белков, которые внедряются в цитоплазматической мембраны, которая является внутренней мембраны для грамотрицательных бактерий, таких как кишечная палочка. Как правило E. coli , способен перевозить широкий спектр аналогов аминокислот в клетку с боковых цепей структурно и химически похожие на канонической аминокислоты. Во-вторых, многие химически реактивным или нестабильной ncAAs может выступать в качестве ингибитора направлении клеточного роста, как они являются токсичными для метаболизма и физиологии принимающей ячейки30. Таким образом поглощение и токсичность ncAA для принимающей страны производства должны быть проверены заранее. Чтобы избежать инактивации PTM механизма в качестве побочного эффекта, установку строго контролируемых выражение генов, ответственных может использоваться для включения природных аминокислот в модификация ферментов (например, nisBC) и ncAA в целевых генов ( Например, Ниса). Это может быть достигнуто с использованием двух разных промоутеров и индукции целевых экспрессии генов, как показано в специально SPI протоколы31. Как указывалось выше, метод SPI опирается на расслабленной субстратная специфичность Орсе, который позволяет для активации ncAA и родственных tRNA зарядки. Впоследствии tRNA доставляется на рибосомы следуют Амида Бонд формирования и складывающиеся пептида целевой (поли). В этом процессе корректуры и редактирования механизмы могут стать соответствующим32. По этим причинам, это большое значение для целевой ncAA которая структурно и химически похож на УГА. Другие важные вопросы являются достаточной стабильности (оба в средствах массовой информации роста и подвергается клеточный метаболизм) и растворимости ncAA. Кроме того оно должно быть коммерчески доступных или легко химически синтезированных.
Здесь мы описываем протокол для SPI, позволяя остатков конкретного включения ncAAs в рекомбинантной RiPPs. Особенно, различными пролина аналогов включены в антимикробного пептида низина A с помощью кишечной палочки как организм хозяина. Масс-спектрометрия используется для проверки аминокислоты замены и пептидных продуктов анализируются на биологическую, используя анализы ингибирование роста и микроскопии флуоресцирования, с использованием штаммов микроорганизмов индикатор.
Основное требование для успешной рекомбинантной низина выражение с определенными ncAAs требует подходящей пролина ауксотрофных штамм E. coli . Для этого auxotrophy, proA должен быть неблагополучных, например достигнут геномной нокаутом. Клетки полностью лишен биосинтеза внутриклеточных Pro (т.е. удаление proABC) без возможности возврата стабильной auxotrophs. Широко используется ген нокаут методы являются Фаговые трансдукция или одного гена нокаут согласно Даценко и Ваннер33. Кроме того proA нокаут штаммы могут быть получены общественного репозиториях, таких как Addgene, CGSC или коллекции Кэйо. Поскольку выражение рекомбинантных nisABC , показанный здесь основывается на использовании T7 промоутеров, штамм узла выражение должен нести индуцибельной гена для T7 РНК-полимеразы. Это может быть достигнуто путем введения λDE3 Профаг в принимающей генома, например, с помощью коммерческих комплект. Кроме того штаммы такие BL21(DE3) можно выполнить ауксотрофных, как описано выше.
С помощью SPI для вставки пролина аналогов, целевых низина структуры может быть существенно изменен, создавая Роман пептид варианты с уникальную последовательность комбинации и химические свойства. Таким образом можно обойти основные предел классической генной технологии, который ограничивается боковой цепи химия из 20 угас. В естественных условиях химические диверсификации низина, как свидетельствуют приведенные выше примеры демонстрирует общий подход для дополнения природных PTMs и резко повысить химического пространства RiPPs. Мы считаем, что расширение репертуара природных аминокислот имеет большие надежды, особенно для усилителей. В белках огромный спектр функций может быть реализована посредством определенного механизма 20 угас в трехмерных структур. С только 7-100 aa в длину3способы достижения таких структурных особенностей только через Суга будет ограничено для усилителей. Это, таким образом, не удивительно, что природные усилители в виде RiPPs обычно широко post-translationally изменение4. Таким же образом ncAAs как альтернативных строительных блоков держать большие перспективы для улучшения их фармакодинамические и фармакокинетические параметры (см. Baumann et al. 201735 и ссылки на них).
SPI методология, используемая в этой работе выгоды от относительно простой экспериментальной установки, простой исполнения и высокая воспроизводимость. Благодаря глобальной замены возможна также мультисайтовой ncAA включение в цели пептиды. С другой стороны этот метод не может быть достаточным для замены аминокислот, часто встречающихся в целевой продукт гена. В принципе нежелательные позиции может быть изменен сайт направленного мутагенеза, но эти дополнительные изменения могут также повлиять на несколько свойств AMP, включая структуру и биологическую. После того, как ауксотрофных штамм для производства доступен, несколько ncAAs может испытываться без обширные изменения на генетическом уровне. Кроме того, метод не ограничивается ауксотрофных E. coli штаммов, но также могут быть выполнены с использованием природных производства узла. К примеру, Чжоу et al. показал, что SPI для производства Роман RiPPs также работает естественно ГТО auxotroph L. lactis: с помощью определенных средств массовой информации, были включены три триптофан аналогов на четырех позициях в низина50.
Поскольку метод SPI приводит к глобальной замены выбранного УГА, ncAA, это правило применимо к широкий спектр целевых пептидов и белков. Диапазон ауксотрофных E. coli доступен штаммов (см. шаг 1), позволяя несколько угас каждый быть проверен ncAAs для замены. Встретил аналогов с помощью мета-дефицит штаммы (например, B834(DE3)) наиболее часто используются. Azidohomoalanine (Aha) и homopropargylglycine (Hpg), коммерчески доступных ncAAs, которые могут быть эффективно включены примеры isostructural встретил аналогов. Как ввести bioorthogonal ручки, которые позволяют прикрепления молекул, перевозящих совместимый алкины или азид функциональность, соответственно. К примеру, флуоресцентных красителей или постановление полиэтиленгликоля (PEG) могут быть прикреплены к меди (I)-катализированное азид алкины циклоприсоединения (CuAAC)51.
Хотя оба рекомбинантные методы включения ncAA (SPI и СКС) обычно достижения достаточного количества целевых, урожайность часто уменьшаются по сравнению с производством одичал тип соответствующего пептидов и белков. Как часто чистоты коррелируют с эффективностью производства, дополнительной очистки могут потребоваться действия, особенно для низкого обильные видов. В данном конкретном случае производство рекомбинантных низина последовательность его меткой лидера значительно упрощает Рипп очистки путем селективного обогащения от lysates клетки. Очистки, показано в этом протоколе улучшает чистоту и концентрация низина, но часто не дают достаточно для определения урожайности и удельной активности проб AMP. Помимо IMAC, часто используемые методы очистки AMP включают ВЭЖХ, ионообменной хроматографии (IEC) и осадков (например. с помощью ацетона или трихлоруксусной кислоты (TCA)) или их – комбинации, что приводит к схеме многоступенчатого очищения52 . Следует отметить, что их часто polycationic природа может облегчить IEC очистки. Паром для лиофильной сушки часто используется для хранения очищенной AMPs.
В идеале ncAAs для включения в AMPs должен быть коммерчески доступных по доступным ценам или легко подготовленных простых и воспроизводимые химического синтеза протоколов. Не менее важной предпосылкой для метода SPI является что ncAA признано, активируется и взимается на родственных tRNA эндогенного или совместно выразили Орсе. Это может быть протестированных в vitro аминокислоты активации или тРНК aminoacylation пробирного53. В качестве альтернативы легко SPI тест выражения модели белков, таких как Зеленый флуоресцентный белок (ГПУП) провела в присутствии и в отсутствие ncAA добавок могут быть выполнены. Кроме того растворимость в рост средних и клеток проницаемость, а также химическая стабильность являются важными факторами.
В этом примере антимикробной активности был показан с помощью штамм грамотрицательных индикатор. Как он выражает лидер пептидаза НИСП, последний шаг низина созревания катализировано. Удаление последовательности лидер (его тегами для целей очистки) также может быть выполненной в пробирке путем обращения с очищенной НИСП50 или трипсина54. Выходит за рамки данной работы патогенных организмов и множественной лекарственной устойчивостью штаммов может затем быть проверена для ингибирования бактериостатическое и бактерицидное ампер, с использованием аналогичной методологии. Клинически значимых видов включают в себя MRSA, МЛУ туберкулезом микобактерии, VRE, Acinetobacter baumannii, пневмококк, синегнойной палочки и Klebsiella pneumoniae. Помимо распространения плита агара пробирного представлены здесь, роста ингибирования также могут быть выполнены с использованием соответствующих жидких сред прививанным с бактериальными видами и дополнены AMP. С помощью методов разбавления отвара, минимальный тормозной концентрации (MIC) может быть определена с помощью Чистая пептидов55. Assay активности, представленные здесь может также использоваться для оценки биологическую и потенции AMP-содержащих решений относительно ведения соединений, например коммерчески доступных низина.
Рекомбинатные производство RiPPs часто является осуществимым39, который обычно включает в себя совместное экспрессии генов ПТМ. Как только штамм производство переносится в химически определяется или синтетических минимальный носитель, содержащий подходящие ncAA, замена остатков конкретных соответствующих Гага занимает место. Таким образом другие RiPPs могут быть изготовлены по той же методологии, условии, что их производство рекомбинантных осуществимым и условия могут быть найдены где ncAA включение и ПТМ дают достаточное количество целевого продукта. Обратите внимание, что помимо принимающей ячейки протеом, пептид PTM машины также может стать изменение ncAA во время SPI. Следовательно сроки целевого выражения индукции и длина следующих инкубационный период может требуют оптимизации. Так как ncAA включение в ферменты PTM может повлиять на их стабильность и деятельность, производство обработанных Рипп может в принципе быть затронуты. Достаточную эффективность фермента PTM обозначается формирования обработанные prepeptide, как определяется MS и отпорности анализов. Как выше, различные индуцибельной промоутеров могут быть использованы для того чтобы произвести PTM генов сначала (в отсутствии ncAA) следуют индукции гена пептид прекурсоров в присутствии ncAA. В целом производство cAA содержащих целевой пептид должны быть подавлены перед добавлением ncAA, именно поэтому жесткие репрессии гена прекурсоров не требуется. В рамках этого протокола это достигается путем катаболических репрессии путем добавления глюкозы до среднего роста. Тем более PTM ферментов, необходимых для prepeptide обработки возникают обычно от генетически далеких хоста, температуры и кодон использование выражений соответствующих генов может потребовать оптимизации если рекомбинантных производства до сих пор не создана. В принципе присутствие ncAAs в prepeptide может мешать распознавания и обработки PTM ферментов, в случае низина NisBC и НИСП. Для включения в ncAA в AMPs таким образом рекомендуется выполнять эксперименты мелких выражение сначала для выявления подходящего выражения условий и надежности деятельности пробирного AMP.
The authors have nothing to disclose.
J.H.N., т.б. и м.б. признать финансирование по программе ЕС FW7 (SYNPEPTIDE). F.-и.с. и т.ф. признают финансирование от федерального министерства образования и науки (BMBF программа «HSP 2020», ту-WIMIplus проекта SynTUBio) и Немецкий исследовательский фонд (кластер передового опыта «Unifying концепции катализ»).
sodium chloride | Carl Roth, Germany | P029 | |
guanidine hydrochloride | Carl Roth, Germany | 0035.2 | |
dipotassium hydrogen phosphate | Carl Roth, Germany | P749.3 | |
potassium dihydrogen phosphate | Carl Roth, Germany | 3904.3 | |
sodium dihydrogen phosphate monohydrate | Carl Roth, Germany | K300.2 | |
disodium hydrogen phosphate | Carl Roth, Germany | P030.2 | |
L-alanine | Carl Roth, Germany | 3076.2 | |
L-arginine | Carl Roth, Germany | 3144.3 | |
L-asparagine monohydrate | Carl Roth, Germany | HN23.1 | |
L-aspartic acid | Carl Roth, Germany | T202.1 | |
L-cysteine | Carl Roth, Germany | 3467.3 | |
L-glutamine | Carl Roth, Germany | 3772.1 | |
L-glutamic acid | Carl Roth, Germany | 3774.1 | |
L-glycine | Carl Roth, Germany | 3187.3 | |
L-histidine | Carl Roth, Germany | 3852.3 | |
L-isoleucine | Carl Roth, Germany | 3922.3 | |
L-leucine | Carl Roth, Germany | 3984.3 | |
L-lysine monohydrate | Carl Roth, Germany | 4207.2 | |
L-methionine | Carl Roth, Germany | 9359.4 | |
L-phenylalanine | Carl Roth, Germany | 4491.2 | |
L-proline | Carl Roth, Germany | T205.3 | |
L-serine | Carl Roth, Germany | 4682.4 | |
L-threonine | Carl Roth, Germany | T206.2 | |
L-tryptophan | Carl Roth, Germany | 4858.2 | |
L-tyrosine | Carl Roth, Germany | T207.2 | |
L-valine | Carl Roth, Germany | 4879.4 | |
ammonium sulfate | Carl Roth, Germany | 3746.3 | |
magnesium sulfate | Carl Roth, Germany | 0261.2 | |
D-glucose | Carl Roth, Germany | 6780 | prepare a 20% (w/v) solution for addition into molten agar |
calcium chloride | Carl Roth, Germany | PN93.2 | |
iron(II) chloride | Sigma-Aldrich, Germany | 372870 | |
thiamine hydrochloride | Sigma-Aldrich, Germany | T1270 | |
biotin | Carl Roth, Germany | 3822.2 | |
copper(II) sulfate | Merck, Germany | 102792 | |
manganese(II) chloride | Carl Roth, Germany | KK36.2 | |
zinc chloride | Merck, Germany | 108816 | |
immonium orthomolybdate | Sigma-Aldrich, Germany | 277908 | |
glycerol | Carl Roth, Germany | 7533.3 | |
isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside | Sigma-Aldrich, Germany | I6758 | |
ampicillin sodium salt | Carl Roth, Germany | K029.5 | working concentration 100 µg/mL for E. coli, prepare 100 mg/mL stock in ddH2O |
kanamycin sulfate | Carl Roth, Germany | T832.2 | working concentration 50 µg/mL for E. coli, prepare 50 mg/mL stock in ddH2O |
chloramphenicol | Carl Roth, Germany | 3886.1 | working concentration 5 µg/mL for L. lactis, prepare 37 mg/mL stock in ethanol |
(4S)-fluoroproline | Bachem, Switzerland | F-3970 | |
(4R)-fluoroproline | Bachem, Switzerland | F-3975 | |
(4S)-hydroxyproline | Bachem, Switzerland | F-1395 | |
(4R)-hydroxyproline | Bachem, Switzerland | F-2980 | |
(4S)-methanoproline | chemically synthesized | ||
(4R)-methanoproline | chemically synthesized | ||
hydrochloric acid (HCl) | Carl Roth, Germany | P074.4 | |
ethanol | VWR, Germany | 20825.324 | |
M17-broth | Sigmal-Aldrich, Germany | 56156 | commercial product, see Terzaghi BE & Sandine WE, Appl Microbiol., 1975, 29(6):807-13 for contents and preparation |
agar-agar | Carl Roth, Germany | 5210.5 | |
Nisin from Lactococcus lactis | Sigma-Aldrich, Germany | N5764 | commercial product, can be used as reference for bioactivity |
dimethyl sulfoxide (DMSO) | Carl Roth, Germany | A994.1 | |
imidazole | Carl Roth, Germany | 3899.3 | |
1.5 mL autosampler vial for LC-MS | Sigma-Aldrich, Germany | Supelco 854165 | |
acetonitrile | VWR, Germany | HiPerSolv CHROMANORM ULTRA for LC-MS, 83642 | LC-MS grade required |
formic acid | VWR, Germany | HiPerSolv CHROMANORM for LC-MS, 84865 | LC-MS grade required |
1 mL Ni-NTA IMAC column, e.g. HisTrap FF Crude | GE Healthcare, UK | 29-0486-31 | different manufacturers and resins available for IMAC |
0.45 µm bottle top filter unit | VWR, Germany | 10040-470 | sterile filtration of solutions using a vacuum pump |
0.45 µm syringe filter PVDF membrane | Carl Roth, Germany | CCY1.1 | sterile filtration of solutions using a syringe and to remove particles from cell lysates |
luer-lock syringe, PP, 50 ml | Carl Roth, Germany | T552.2 | sterile filtration of solutions |
1.5 mL Eppendorf tubes | Eppendorf, Germany | 30120086 | |
petri dishes (polystyrene, sterile) | Carl Roth, Germany | TA19 | |
Nile red | Sigma-Aldrich, Germany | 72485 | |
E. coli ΔproA strain | CGSC, Keio collection | JW0233-2 | proline-auxotrophic E. coli K-12 strain |
E. coli B834(DE3) | Novagen (Merck), Germany | 69041 | methionine-auxotrophic E. coli B strain |
λDE3 Lysogenization Kit | Novagen (Merck), Germany | 69734-3 | |
Lactococcus lactis NZ9000 pNG nisPT | bacterial indicator strain, see Khusainov R & Kuipers OP, PLoS One, 8 (9), e74890 | ||
benchtop centrifuge for 1.5 mL Eppendorf tubes | Eppendorf, Germany | 5427 R | |
peristaltic pump | GE Healthcare, UK | P1 | |
FPLC system | GE Healthcare, UK | Äkta Purifier 10 or the like | |
inverted microscope | Nikon | TI Eclipse wide-field fluorescence microscope with 100x (N.A. 1.4) objective and Mercury Lamp | example setup for fluorescence microscopy |
electron multiplying CCD (EMCCD) camera | Andor Technologies, UK | Andor Luca | example setup for fluorescence microscopy |
fluorescence excitation filter | Thorlabs, USA | Dichroic cube (TLV-U-MF2-TRITC) | example setup for fluorescence microscopy |
fluorescence emission filter | AHF Analysentechnik, Germany | T 560 LPXR | example setup for fluorescence microscopy |
cover slip 24 x 60 mm | Carl Roth, Germany | LH26.1 | example setup for fluorescence microscopy |
Immersion Oil | Carl Zeiss, Germany | Immersol 518 F | example setup for fluorescence microscopy |
probe sonicator | Bandelin, Germany | Sonopuls HD3200 with sonotrode MS-72 | 200 W maximum HF output |
C5 HPLC column (2.1×100 mm, 3 µm particle size) | Sigma-Aldrich, Germany | 567227-U | example setup for mass spectrometry |
ESI-TOF coupled to HPLC system | Agilent, USA | Agilent 6530 Accurate Mass QTOF with 1260 HPLC | example setup for mass spectrometry |