Beskrevet her er en nanosfære litografi metode til parallel fremstilling af nul mode waveguides, som er arrays af nanoapertures i en metal-klædt glas mikroskopi coverslip for enkelt molekyle billeddannelse på nano-til mikromolar koncentrationer af fluorophores. Metoden udnytter kolloid krystal selvmontering til at oprette en waveguide skabelon.
I enkeltmolekyle fluorescens enzymologi, baggrund fluorescens fra mærkede substrater i opløsning ofte begrænser fluorophore koncentration til pico- til nanomolar intervaller, flere størrelsesordener mindre end mange fysiologiske ligand koncentrationer. Optiske nanostrukturer kaldet zero mode waveguides (ZMWs), som er 100−200 nm i diameteråbninger fremstillet i et tyndt ledende metal som aluminium eller guld, tillader billeddannelse af individuelle molekyler ved mikromolarkoncentrationer af fluorophorer ved at begrænse synlig lysudledning til zeptoliter effektive mængder. Behovet for dyrt og specialiseret nanofabrikationsudstyr har imidlertid udelukket udbredt brug af Z BMW’er. Typisk opnås nanostrukturer som Z BMW’er ved direkte skrivning ved hjælp af elektronstråle litografi, som er sekventiel og langsom. Her, kolloid, eller nanosfære, litografi bruges som en alternativ strategi for at skabe nanometer-skala masker til waveguide fabrikation. Denne rapport beskriver tilgangen i detaljer med praktiske overvejelser for hver fase. Metoden gør det muligt at lave tusindvis af aluminiums- eller guld-Z BMW’er parallelt med endelige waveguide-diametre og dybder på 100−200 nm. Der kræves kun almindeligt laboratorieudstyr og en termisk fordamper til metalaflejring. Ved at gøre Z BMW’er mere tilgængelige for det biokemiske samfund kan denne metode lette studiet af molekylære processer ved cellulære koncentrationer og hastigheder.
Enkeltmolekyleteknikker såsom enkeltmolekyle fluorescensresonansenergioverførsel (smFRET) eller enkeltmolekyle fluorescenskorrelationsspektroskopi (FCS) er kraftfulde værktøjer til molekylær biofysik, der gør det muligt at studere dynamiske bevægelser, konformationer og interaktioner mellem individuelle biomolekyler i processer som transskription1,2,3, oversættelse4,5,6og mange andre7. For smFRET er total intern refleksions-fluorescens (TIRF) mikroskopi en almindelig metode, fordi mange tøjrede molekyler kan følges over tid, og den evanescentbølge, der genereres af TIR, er begrænset til en 100−200 nm region, der støder op til coverslip8. Men selv med denne begrænsning af excitationsvolumen skal fluorophorer af interesse stadig fortyndes til pM- eller nM-intervaller for at detektere enkeltmolekylesignaler over baggrundsfluorecens9. Da Michaelis-Menten konstanter af cellulære enzymer er typisk i μM til mM rækkevidde10, biokemiske reaktioner i enkelt molekyle undersøgelser er normalt meget langsommere end dem i cellen. For eksempel forekommer proteinsyntese ved 15−20 aminosyrer pr. Sekund i E. coli11,12, mens de fleste prokaryote ribosomer i smFRET-eksperimenter oversætter ved 0,1−1 aminosyre pr. Sekund13. I proteinsyntese viste krystalstrukturer og smFRET på fastlåste ribosomer, at overførsels-RNA’er (tRNA’er) svinger mellem ‘hybride’ og ‘klassiske’ tilstande før tRNA-mRNA-translokation trin14,15. Men når fysiologiske koncentrationer af translokation GTPase faktor, EF-G, var til stede, en anden kropsbygning, mellemliggende mellem hybrid og klassiske stater, blev observeret i smFRET6. Det er vigtigt at studere dynamiske molekylære processer med hastigheder og koncentrationer svarende til dem i cellen, men er fortsat en teknisk udfordring.
En strategi til at øge koncentrationen af fluorescerende substrater er brugen af metalbaserede, sub-synlige bølgelængdeåbninger, kaldet nultilstandsbølgeguider (ZMWs), til at generere begrænsede excitationsfelter, der selektivt ophidser biomolekyler lokaliseret i åbningerne16 (Figur 1). Åbningerne er typisk 100−200 nm i diameter og 100−150 nm i dybden17. Over en cutoff bølgelængde relateret til størrelsen og formen af brøndene (λc ≈ 2,3 gange diameteren for cirkulære waveguides med vand som dielektrisk medium18), ingen formering tilstande er tilladt i waveguide, og dermed udtrykket nul mode waveguides. Men en oscillerende elektromagnetisk felt, nævnte en evanescent bølge, eksponentielt henfalder i intensitet stadig tunneler en kort afstand ind i waveguide18,19. Selv ligner TIR evanescent bølger, ZMW evanescent bølger har en kortere henfald konstant, hvilket resulterer i 10−30 nm effektiv excitation region inden for waveguide. Ved mikromolarkoncentrationer af fluorescerende mærkede ligands er kun et eller nogle få molekyler samtidig til stede inden for excitationsregionen. Denne begrænsning af excitationsvolumen og deraf følgende reduktion af baggrundsfluorescens muliggør fluorescensbilleddannelse af enkelte molekyler i biologisk relevante koncentrationer. Dette er blevet anvendt på mange systemer20, herunder FCS-målinger af enkeltproteindiffusion21, enkeltmolekyle FRET-målinger af lav-affinitets ligand-protein22 og proteinproteininteraktioner23og spektroelektriske målinger af enkeltmolekyleomsætningshændelser24.
Z BMW’er er fremstillet ved direkte at mønstre et metallag ved hjælp af ionstrålefræsning25,26 eller elektronstråle litografi (EBL) efterfulgt af plasma-ætsning16,27. Disse maskeløse litografimetoder skaber bølgeledere i serier og kræver typisk adgang til specialiserede nanofabrikker, hvilket forhindrer udbredt anvendelse af ZMW-teknologi. En anden metode, ultraviolet nanoimprint litografi lift-off28, bruger en kvarts dias skimmel til at trykke en omvendt ZMW skabelon på en modstå film som et stempel. Mens denne metode er mere strømlinet, kræver den stadig EBL til fremstilling af kvartsformen. Denne artikel præsenterer protokollen for en enkel og billig skabelon fabrikation metode, der ikke kræver EBL eller ion-stråle fræsning og er baseret på tæt pakning af nanosfærer til at danne en litografisk maske.
Nanosfære eller “naturlig” litografi, som først blev foreslået i 1982 af Deckman og Dunsmuir29,30, bruger selvsamling af monodisperse kolloid partikler, der spænder fra snesevis af nanometer til snesevis af mikrometer31, til at skabe skabeloner til overflademønstre via ætsning og / eller deposition af materialer. De todimensionale (2D) eller tredimensionelle (3D) udvidede periodiske arrays af kolloide partikler, kaldet kolloide krystaller, er kendetegnet ved en lys iriscence fra spredning og diffraktion32. Selvom denne maskeringsmetode er mindre udbredt end elektronstråle eller fotolitografi, er den enkel, billig og let skaleret ned for at skabe funktionsstørrelser under 100 nm.
At lede selvsamlingen af kolloide partikler bestemmer succesen med at bruge kolloide krystaller som masker til overflademønstre. Hvis partiklernes størrelse og form er homogene, kan kolloide partikler let samles selv med sekskantet pakning, drevet af entropisk udtømning33. Vandfordampning efter dråbebelægning er en effektiv vej til sediment af kolloide partiklerne, selv om andre metoder omfatter dip-coating34, spin coating35, elektrophoretic deposition36og konsolidering ved en luft-vand interface37. Nedenstående protokol er baseret på fordampningssedimenteringsmetoden, som var den enkleste at implementere. De trekantede interstices mellem tætpakkede polystyrenperler danner åbninger, hvor man kan plade et offermetal, danne stillinger(figur 2 og supplerende figur 1). Kort udglødning af perlerne, før dette trin justerer formen og diameteren af disse stillinger. Perlerne fjernes, et sidste metallag deponeres omkring stolperne, og derefter fjernes stolperne. Efter de to metalaflejringstrin på kolloid nanomaske, fjernelse af de mellemliggende stillinger og overfladekemimodifikation til passivering og tøjring er ZMW-arrays klar til brug til enkeltmolekylebilleddannelse. Mere omfattende karakterisering af ZMW optiske egenskaber efter fabrikation kan findes i en ledsagende artikel38. Udover en termisk fordamper til dampaflejring af metallerne kræves der ingen specialiserede værktøjer.
Til kolloid selvmontering (protokol afsnit 2) fremskynder brugen af ethanol i stedet for vand, da ophængningsopløsningsmidlet fremskynder fordampningsprocessen, så skabeloner er klar i 2−3 minutter efter aflejring i stedet for 1−2 timer som i tidligere metoder48,49. Den fordampningssedisationsprotokol, der præsenteresher,er også enklere end tidligere sedimenteringsprotokoller, der kræver kontrol af overfladehældning, temperatur og luftvolume…
The authors have nothing to disclose.
Dette arbejde blev støttet af NIH tilskud R01GM080376, R35GM118139, og NSF Center for Engineering MechanoBiology CMMI: 15-48571 til Y.E.G., og af en NIAID præ-ph.d.-stipendiat NRSA stipendium F30AI114187 til R.M.J.
1. Glass Coverslip Cleaning | |||
Acetone | Sigma | 32201 | 1 L |
Coplin glass staining jar | Fisher Scientific | 08-817 | Staining jar with 8 grooves and molded glass cover |
Coverslips | VWR | 48404-467 | 24 mm x 30 mm (No.1½, Rectangular) |
Ethanol | Sigma | E7023 | 1 L |
KOH | Sigma | 30603 | Potassium hydroxide |
Petri dishes | Fisher Scientific | R80115TS | 100 mm diameter, 15 mm deep |
Sonicator | Branson | Z245143 | Tabletop ultrasonic cleaner, 5510 |
2. Evaporative Deposition of Polystyrene Beads | |||
Clear storage container | Fisher Scientific | 50-110-8222 | 26 x 18 x 15 in. |
Desk fan | O2Cool | FD05001A | Any small desk (~5 in.) fan will work |
Glass beaker | Fisher Scientific | 02-555-25B | 250 mL |
Humidity meter | Fisher Scientific | 11-661-19 | |
Microcentrifuge tubes | Fisher Scientific | 21-402-903 | 1.5 mL |
Polystyrene microspheres | Polysciences | 18602-15 | 1.00 µm diameter, non-functionalized |
Triton X-100 deturgent | Sigma | X100 | 100 mL |
3. Bead Annealing for Reducing Pore Size in the Colloidal Crystal Template | |||
Aluminum plate | Fisher Scientific | AA11062RY | Customized in-house to 14 cm x 14 cm |
Ceramic hotplate | Fisher Scientific | HP88857100 | 13 x 8.2 x 3.8 in. |
Temperature controller | McMaster-Carr | 38615K71 | Read temperature with thermocouple probe |
Thermocouple probe | McMaster-Carr | 9251T93 | Type K, surface probe |
4/5. Nanofabrication of Zero Mode Waveguides Using the Colloidal Crystal Template | |||
Aluminum etchant | Transene | Type A | |
Aluminum pellets | Kurt J. Lesker | EVMAL40QXHB | For electron beam evaporation |
Chloroform | Sigma | 288306 | 1 L |
Copper etchant | Transene | 49-1 | |
Copper pellets | Kurt J. Lesker | EVMCU40QXQA | For electron beam evaporation |
Gold pellets | Kurt J. Lesker | EVMAUXX40G | For electron beam evaporation |
Lens paper | Thorlabs | MC-5 | |
Plasma cleaner | Harrick Plasma | PDC-32G | |
Scotch tape | Staples | MMM119 | |
Thin film deposition system | Kurt J. Lesker | PVD-75 | Tabletop thermal evaporation system will also work |
Titanium pellets | Kurt J. Lesker | EVMTI45QXQA | For electron beam evaporation |
Toluene | Sigma | 244511 | 1 L |
Representative Results | |||
COMSOL Multiphysics Modeling Software | COMSOL, Inc. | ||
Dual View spectral splitter | Photometrics, Inc. |