Summary

Реверсивная генетика для создания вариантов РНК-вируса с положительным смыслом

Published: June 09, 2022
doi:

Summary

В протоколе описан метод введения контролируемого генетического разнообразия в геном вируса гепатита С путем комбинирования полноразмерного синтеза мутантной РНК с использованием подверженной ошибкам ПЦР и обратной генетики. Метод обеспечивает модель селекции фенотипа и может быть использован для геномов вирусов с положительной РНК длиной 10 кб.

Abstract

Отсутствие удобного метода итеративной генерации разнообразных полноразмерных вариантов вируса затрудняет изучение направленной эволюции РНК-содержащих вирусов. Интегрируя ПЦР с полным геномом, подверженным ошибкам, и обратную генетику, можно индуцировать мутагенез случайных замен на уровне генома. Мы разработали метод, использующий эту технику, для синтеза различных библиотек для идентификации вирусных мутантов с фенотипами, представляющими интерес. Этот метод, называемый полноразмерным синтезом мутантной РНК (FL-MRS), обладает следующими преимуществами: (i) возможность создания большой библиотеки с помощью высокоэффективной одноэтапной ПЦР, подверженной ошибкам; (ii) возможность создания групп библиотек с различными уровнями генетического разнообразия путем манипулирования достоверностью ДНК-полимеразы; (iii) создание полноразмерного ПЦР-продукта, который может непосредственно служить матрицей для синтеза мутантной РНК; и (iv) способность создавать РНК, которая может быть доставлена в клетки-хозяина в качестве неотобранного входного пула для скрининга вирусных мутантов желаемого фенотипа. Используя подход обратной генетики, мы обнаружили, что FL-MRS является надежным инструментом для изучения вирусно-направленной эволюции на всех этапах жизненного цикла вируса гепатита С, изолята JFH1. Этот метод, по-видимому, является бесценным инструментом, позволяющим использовать направленную эволюцию для понимания адаптации, репликации и роли вирусных генов в патогенезе и противовирусной резистентности у РНК-вирусов с положительным смыслом.

Introduction

Прямой генетический скрининг начинается с интересующего нас вирусного фенотипа, а затем, путем секвенирования его генома и сравнения его с геномом исходного штамма, предпринимается попытка идентифицировать мутацию (мутации), вызывающую этот фенотип. В отличие от этого, при обратном генетическом скрининге случайные мутации вводятся в ген-мишень с последующим исследованием результирующего фенотипа (фенотипов)1. Для подхода обратной генетики мутагенез in vitro является наиболее широко используемым методом для создания пула вариантов, которые впоследствии проверяются на наличие интересующих фенотипов. Сообщалось о различных генетических инструментах для достижения полногеномного случайного мутагенеза РНК-вирусов, включая подверженную ошибкам ПЦР (ep-PCR)2,3, кольцевое расширение полимеразы4 и мутагенез вставки мю-транспозона 5,6,7. Последние два метода дают библиотеки с ограниченным разнообразием последовательностей и склонны к введению больших вставок и делеций, которые являются очень летальными для вирусов и серьезно ограничивают восстановление инфекционных вариантов вируса.

ep-ПЦР является хорошо известным мощным методом мутагенеза, широко используемым в белковой инженерии для получения мутантных ферментов для селекции фенотипов с желаемыми свойствами, такими как повышенная термическая стабильность, субстратная специфичность и каталитическая активность 8,9,10. Эта методика проста в исполнении, потому что требует простого оборудования, не требует утомительных манипуляций, использует имеющиеся в продаже реагенты и является быстрой; Более того, он генерирует высококачественные библиотеки.

Здесь мы разработали новый метод синтеза полноразмерной мутантной РНК (FL-MRS) для получения полных геномов вируса гепатита С (HCV) путем интеграции ep-PCR, которая индуцирует мутагенез случайных замещений по всему геному и обратную генетику. Даже вставка или делеция одного нуклеотида крайне вредна для вирусов с положительной РНК ([+]ssRNA); следовательно, мутагенез замещения на основе ПЦР является предпочтительным методом для итеративной генерации больших, разнообразных библиотек полных (+)ss РНК вирусных геномов с хорошей жизнеспособностью.

FL-MRS — это простой подход, который может быть применен к любому РНК-вирусу с положительным смыслом и длиной генома ~10 кб благодаря тщательной разработке набора праймеров, который связывается с вирусным клоном кДНК. pJFH1 представляет собой инфекционный клон кДНК, который кодирует генотип вируса гепатита С 2a и может повторять все этапы жизненного цикла вируса. Используя подход FL-MRS, мы продемонстрировали синтез случайно мутагенизированных полногеномных библиотек (мутантных библиотек [ML]) для получения репликационно-компетентных вариантов JFH1, для которых не было предварительных знаний о свойствах, связанных с мутациями. При воздействии противовирусного препарата некоторые из вариантов вируса быстро преодолевали лекарственное давление с желаемым фенотипическим изменением. Используя описанный здесь протокол, можно создать множество вариантов вируса, что создает возможности для изучения эволюции (+)ssRNA-вирусов.

Protocol

ПРИМЕЧАНИЕ: Используемый здесь штамм JFH1 (WT) был любезным подарком от Такадзи Вакиты, Национального института инфекционных заболеваний. Клеточная линия гепатомы человека, Huh7.5, была любезным подарком от Чарльза Райса из Рокфеллеровского университета. Схема метода представлена на <strong clas…

Representative Results

В соответствии с процедурами, описанными на рисунке 1, можно создать множество полноразмерных вариантов гепатита С и провести скрининг на наличие фенотипов лекарственной устойчивости, представляющих интерес. Полногеномные мутантные библиотеки синтезировали с исполь?…

Discussion

В этом исследовании мы подробно описали простую и быструю процедуру FL-MRS, которая объединяет ep-PCR18 и обратную генетику для синтеза полногеномных библиотек HCV, которые затем могут быть использованы в системе клеточных культур для создания репликационно-компетентных вариант…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Финансовая поддержка (номер гранта BT/PR10906/MED/29/860/2014) для этого исследования была предоставлена Департаментом биотехнологии правительства Индии.

Materials

1 kb plus DNA ladder  Thermo Fisher 10787018
1.5 ml centrifuge tube Tarsons 500010
15 ml centrifuge tube Tarsons 546021
35 mm cell culture dish  Tarsons 960010
50 ml centrifuge tube Tarsons 546041
Acetic acid Merck A6283
Agarose  HiMedia MB080
Agrose gel electrophoresis unit BioRad 1704406
Biosafety Cabinet, ClassII ESCO AC2 4S
Bovine serum albumin HiMedia MB083
Centrifuge  Eppendorf 5424-R
CFX Connect Real-Time PCR Detection System BioRad 1855201
Cloning plates 90 mm  Tarson 460091
CO2 Incubator  New Brunswick Galaxy 170R
Colibri Microvolume Spectrometer Titertek-Berthold 11050140
DAB Substrate Kit  Abcam ab94665
dATP Solution NEB N0440S
Deoxynucleotide (dNTP) Solution Set NEB N0446
Diethyl Pyrocarbonate (DEPC)  SRL chemical 46791
Dimethyl sulphoxide (DMSO) HiMedia MB058
DMEM high glucose Lonza BE12-604F
EcoR1-HF NEB R3101
EDTA tetrasodium salt dihydrate HiMedia GRM4918
Ethidium Bromide Amresco X328
Fetal bovine serum  Gibco 26140079
Formaldehyde  Fishser Scientific 12755
Gel Documentation System ALPHA IMAGER
Goat anti-Mouse IgG (H+L) Secondary Antibody, HRP Thermo Fisher A16066
Hydrogen peroxide 30% Merck 107209
Inverted microscope Nickon  ECLIPSE Ts2
LB broth  HiMedia M1245
Lipofectamine 2000  Thermo Fisher 116680270 transfection reagent
Mechanical Pipette Set Eppendorf   3120000909
Methanol Merck 106009
Micro Tips 0.2-10 µl  Tarsons 521000
Micro Tips 10 – 100 µl  Tarsons 521010
Micro Tips 200-1000 µl  Tarsons 521020
MOPS buffer  GeNei 3601805001730
Nonessential aminoacids (NEAA) Gibco 11140050
One Shot TOP10 Chemically Competent E. coli Invitrogen C404010 E.coli DH5α
Opti-MEM Gibco 1105-021 minimal essential medium
PCR tubes 0.2 ml Tarsons 510051
Pencillin/streptomycin  Gibco 15070063
pGEM-T Easy Vector System Promega A1360 T-vector DNA
Phosphate buffer saline (PBS) HiMedia TI1099
Phusion High-Fidelity DNA Polymerase NEB M0530S
Pibrentasvir Cayman Chemical 27546
Pipette controller  Gilson  F110120
Platinum Taq DNA Polymerase  Thermo 10966034
Prism GraphPad statistical analysis software
QIAamp Viral RNA Mini kit  Qiagen 52904 viral isolation kit
QIAprep Spin Miniprep Kit Qiagen 27106
QIAquick PCR Purification Kit QIAGEN 28104 cokum purification kit
RNeasy Mini Kit  QIAGEN 74104 RNA cleanup kit
Serological Pipettes 25 ml Thermo Fisher 170357N
Serological Pipettes 5 ml Thermo Fisher 170355N
Serological Pipettes10 ml Thermo Fisher 170356N
Single strand RNA Marker 0.2-10 kb Merck R7020
Skim milk  HiMedia M530
Sodium azide 0.1 M solution Merck 8591
SuperScript III Reverse Transcriptase  Invitrogen 18080044 reverse transcriptase
T100 Thermal Cycler BioRad 1861096
T175 cell culture flask  Tarsons 159910
T25 cell culture flask  Tarsons 950040
T7 RiboMax Express Large Scale RNA Production System  Promega P1320  Large Scale RNA Production System 
T75 cell culture flask  Tarsons 950050
Taq DNA Polymerase Genetix Biotech (Puregene) PGM040
TaqMan RNA-to-CT 1-Step Kit Applied Biosystems 4392653
TaqMan RNA-to-CT 1-Step Kit Thermo Fisher 4392653 commercial qRT-PCR kit 
TOPO-XL–2 Complete PCR Cloning Kit Thermo Fisher K8050-10 kit for cloning of long-PCR product 
Tris base HiMedia TC072
Trypsin-EDTA solution HiMedia TCL007
Tween 20 HiMedia MB067
Vacuum Concentrator  Eppendorf, Concentrator Plus 100248
Water bath  GRANT JBN-18
Xba1 NEB R0145S

References

  1. Desselberger, U. Reverse genetics of rotavirus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114 (9), 2106-2108 (2017).
  2. Singh, D., et al. Genome-wide mutagenesis of hepatitis C virus reveals ability of genome to overcome detrimental mutations. Journal of Virology. 94 (3), 01327 (2020).
  3. Agarwal, S., Baccam, P., Aggarwal, R., Veerapu, N. S. Novel synthesis and phenotypic analysis of mutant clouds for hepatitis E virus genotype 1. Journal of Virology. 92 (4), 01932 (2018).
  4. Edmonds, J., et al. A novel bacterium-free method for generation of flavivirus infectious DNA by circular polymerase extension reaction allows accurate recapitulation of viral heterogeneity. Journal of Virology. 87 (4), 2367-2372 (2013).
  5. Arumugaswami, V., et al. High-resolution functional profiling of hepatitis C virus genome. PLoS Pathogens. 4 (10), 1000182 (2008).
  6. Heaton, N. S., Sachs, D., Chen, C. -. J., Hai, R., Palese, P. Genome-wide mutagenesis of influenza virus reveals unique plasticity of the hemagglutinin and NS1 proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (50), 20248-20253 (2013).
  7. Eyre, N. S., et al. Genome-wide mutagenesis of dengue virus reveals plasticity of the NS1 protein and enables generation of infectious tagged reporter viruses. Journal of Virology. 91 (23), 01455 (2017).
  8. Cobb, R. E., Chao, R., Zhao, H. Directed evolution: Past, present, and future. AIChE Journal. American Institute of Chemical Engineers. 59 (5), 1432-1440 (2013).
  9. Sen, S., Venkata Dasu, V., Mandal, B. Developments in directed evolution for improving enzyme functions. Applied Biochemistry and Biotechnology. 143 (3), 212-223 (2007).
  10. Yuan, L., Kurek, I., English, J., Keenan, R. Laboratory-directed protein evolution. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 69 (3), 373-392 (2005).
  11. Green, M. R., Sambrook, J. Analysis of DNA by agarose gel electrophoresis. Cold Spring Harbor Protocols. 2019 (1), (2019).
  12. Desjardins, P., Conklin, D. NanoDrop microvolume quantitation of nucleic acids. Journal of Visualized Experiments. (45), e2565 (2010).
  13. Rio, D. C. Denaturation and electrophoresis of RNA with formaldehyde. Cold Spring Harbor Protocols. 2015 (2), 219-222 (2015).
  14. Lindenbach, B. D. Measuring HCV infectivity produced in cell culture and in vivo. Methods in Molecular Biology. 510, 329-336 (2009).
  15. Lei, C., Yang, J., Hu, J., Sun, X. On the calculation of TCID50 for quantitation of virus infectivity. Virologica Sinica. 36 (1), 141-144 (2021).
  16. Soni, S., Singh, D., Aggarwal, R., Veerapu, N. S. Enhanced fitness of hepatitis C virus increases resistance to direct-acting antivirals. The Journal of General Virology. 103 (2), (2022).
  17. Khan, S., Soni, S., Veerapu, N. S. HCV replicon systems: Workhorses of drug discovery and resistance. Frontiers in Cellular Infection Microbiology. 10, 325 (2020).
  18. Cadwell, R. C., Joyce, G. F. Randomization of genes by PCR mutagenesis. PCR Methods and Applications. 2 (1), 28-33 (1992).

Play Video

Cite This Article
Soni, S., Agarwal, S., Aggarwal, R., Veerapu, N. S. Reverse Genetics to Engineer Positive-Sense RNA Virus Variants. J. Vis. Exp. (184), e63685, doi:10.3791/63685 (2022).

View Video