Lyme Hastalığının Faj Aracılı Genetik Manipülasyonu Spiroket Borrelia burgdorferi
Summary
Bakteriyofajın DNA’yı bakteri hücreleri arasında hareket ettirme yeteneği, onları bakteriyel konakçılarının genetik manipülasyonu için etkili araçlar haline getirir. Burada, Borrelia burgdorferi’nin bir bakteriyofajı olan φBB-1’i, Lyme hastalığı spiroketinin farklı suşları arasında heterolog DNA’yı dönüştürmek için indüklemek, iyileştirmek ve kullanmak için bir metodoloji sunulmaktadır.
Abstract
Spiroket Borrelia burgdorferi’ye yabancı DNA’nın sokulması, neredeyse sadece elektroporasyon kullanılarak transformasyonla gerçekleştirilmiştir. Bu işlem, Lyme hastalığı spiroketinde diğer, daha iyi karakterize edilmiş Gram-negatif bakterilere göre önemli ölçüde daha düşük verimliliğe sahiptir. Transformasyonun başarı oranı, belirli geçmişlerden konsantre miktarlarda yüksek kaliteli DNA’ya sahip olmaya büyük ölçüde bağlıdır ve önemli gerinim-gerinim değişkenliğine tabidir. B. burgdorferi’ye yabancı DNA’yı (yani mekik vektörleri, floresan muhabirleri ve antibiyotik direnci belirteçleri) sokmak için alternatif yollar, Lyme hastalığı spiroketinin genetik manipülasyonu için yararlı araçların silahlandırılmasına önemli bir katkı olabilir. Bakteriyofaj, transdüksiyon adı verilen bir süreçte DNA’nın bakteriler arasındaki hareketi için doğal mekanizmalar olarak iyi tanınmıştır. Bu çalışmada, hem aynı hem de farklı genetik geçmişlere sahip B. burgdorferi hücreleri arasında DNA’yı dönüştürmek için her yerde bulunan borrelial faj φBB-1’i kullanmak için bir yöntem geliştirilmiştir. Dönüştürülmüş DNA, hem borrelial DNA’yı hem de küçük mekik vektörleri şeklinde heterolog DNA’yı içerir. Bu gösterim, Lyme hastalığı spiroketinin genetik manipülasyonu için elektroporasyonun bir tamamlayıcısı olarak faj aracılı transdüksiyonun potansiyel bir kullanımını önermektedir. Bu rapor, B. burgdorferi’den faj φBB-1’in indüksiyonu ve saflaştırılması, bu fajın transdüksiyon tahlillerinde kullanımı ve potansiyel transdüktanların seçimi ve taranması için yöntemleri açıklamaktadır.
Introduction
Spiroketal bakteri Borrelia burgdorferi’nin genetik manipülasyonu için araçların geliştirilmesi, Lymehastalığının 1,2,3,4 doğasının anlaşılmasına ölçülemez bir değer katmıştır. B. burgdorferi, küçük bir doğrusal kromozomdan ve hem doğrusal hem de dairesel plazmidlerden oluşan alışılmadık derecede karmaşık bir genoma sahiptir 5,6. Spontan plazmid kaybı, intragenik yeniden düzenleme (aynı organizma içinde genlerin bir plazmidden diğerine hareketi) ve yatay gen transferi (HGT, DNA’nın iki organizma arasındaki hareketi), B. burgdorferi arasında baş döndürücü miktarda genetik heterojenliğe yol açmıştır (örneğin, Schutzer ve ark.7’ye bakınız). Ortaya çıkan genotipler (veya “suşlar”) aynı türün üyeleridir, ancak farklı memeli konakçılarına bulaşma ve enfekte etme yeteneklerini etkileyen genetik farklılıklara sahiptir 8,9,10,11. Bu raporda, “suş” terimi, doğal olarak türetilmiş belirli bir genetik geçmişe sahip B. burgdorferi’ye atıfta bulunmak için kullanılacaktır; “klon” terimi, belirli bir amaç için veya deneysel manipülasyonun bir sonucu olarak genetik olarak değiştirilmiş bir suşu ifade etmek için kullanılacaktır.
B. burgdorferi’de kullanılabilen moleküler araç kutusu, seçilebilir belirteçleri, gen muhabirlerini, mekik vektörlerini, transpozon mutagenezini, indüklenebilir promotörleri ve karşı seçilebilir belirteçleri içerir (bir inceleme için bkz. Drektrah ve Samuels12). Bu metodolojilerin etkili kullanımı, heterolog (yabancı) DNA’nın ilgilenilen bir B. burgdorferi suşuna yapay olarak sokulmasını gerektirir. B. burgdorferi’de, heterolog DNA’nın tanıtılması neredeyse tamamen elektroporasyon yoluyla elde edilir; bu, bir bakteri zarını ortama sokulan küçük DNA parçalarına geçici olarak geçirgen hale getirmek için bir elektrik darbesi kullanan bir yöntemdir1. Hücrelerin çoğunluğu (≥% 99.5) olduğu tahmin edilmektedir, ancak kalan hücreler heterolog DNA13’ü tutma sıklığı yüksektir. DNA’yı bakterilere sokmanın en etkili yöntemlerinden biri olarak kabul edilmesine rağmen, B. burgdorferi’ye elektroporasyon sıklığı çok düşüktür (5 × 104 ila 5 × 106 hücrede 1 dönüştürücü arasında değişmektedir)13. Daha yüksek dönüşüm frekanslarına ulaşmanın önündeki engeller hem teknik hem de biyolojik gibi görünmektedir. B. burgdorferi’nin başarılı elektroporasyonunun önündeki teknik engeller, elektroremetuar hücreleri hazırlarken hem gerekli olan DNA miktarını (>10 μg) hem de spiroketlerin tam olarak doğru büyüme aşamasında (orta log, 2 ila 10 7 hücre · mL-1 ve7 ×× 107 hücre · mL − 1) olma gereksinimini içerir12,13. Bununla birlikte, bu teknik engellerin üstesinden gelmek biyolojik engellerden daha kolay olabilir.
Lyme hastalığı araştırmacıları, B. burgdorferi klonlarının genetik olarak manipüle edilme yetenekleri açısından iki geniş kategoriye ayrılabileceğini kabul etmektedir13,14. Yüksek pasajlı, laboratuara uyarlanmış izolatlar genellikle kolayca dönüştürülür, ancak genellikle bulaşıcılık için gerekli olan plazmidleri kaybetmiş, fizyolojik olarak anormal bir şekilde davranmış ve bir memeli konağını enfekte edememiş veya bir kene vektörü12,13 içinde devam edememiştir. Bu klonlar, spiroketin moleküler biyolojisini laboratuarda incelemek için yararlı olsa da, spiroketi enzootik döngünün biyolojik bağlamında incelemek için çok az değere sahiptir. Öte yandan, düşük pasajlı enfeksiyöz izolatlar, enfeksiyöz bir durumu yansıtan fizyolojik bir şekilde davranırlar ve enfeksiyöz döngüyü tamamlayabilirler, ancak genellikle heterolog DNA’nın girişine inatçıdır ve bu nedenle, çalışma12,13 için manipüle edilmesi zordur. Düşük pasajlı izolatların dönüştürülmesindeki zorluk, en az iki farklı faktörle ilgilidir: (i) düşük pasajlı izolatlar, özellikle elektroporasyon için gerekli olan yüksek yoğunluklu koşullar altında, genellikle sıkıca bir araya toplanır, böylece birçok hücrenin elektrik yükünün tam olarak uygulanmasını veya ortamdaki DNA’ya erişimini engeller13,15; ve (ii) B. burgdorferi, yüksek pasajlı izolatlarda kaybolabilecek en az iki farklı plazmid kaynaklı kısıtlama-modifikasyon (R-M) sistemini kodlar14,16. R-M sistemleri, bakterilerin yabancı DNA’yı tanımasına ve ortadan kaldırmasına izin verecek şekilde evrimleşmiştir17. Gerçekten de, B. burgdorferi’de yapılan birkaç çalışma, DNA’nın kaynağı Escherichia coli13,16 yerine B. burgdorferi olduğunda dönüşüm verimliliğinin arttığını göstermiştir. Ne yazık ki, B. burgdorferi’den elektroporasyon için gerekli yüksek konsantrasyonda DNA elde etmek pahalı ve zaman alıcı bir olasılıktır. Düşük pasajlı izolatların elektroporasyonu ve seçilmesi sırasında bir diğer potansiyel endişe, işlemin kritik virülansla ilişkili plazmidi kaybetmiş transformantları tercih ediyor gibi görünmesidir, lp2514,18,19; Bu nedenle, düşük pasajlı B. burgdorferi izolatlarını elektroporasyon yoluyla genetik olarak manipüle etme eylemi, enzootik döngü20 içinde biyolojik olarak ilgili analizler için uygun olmayan klonları seçebilir. Bu sorunlar göz önüne alındığında, heterolog DNA’nın yüksek pasajlı B. burgdorferi klonlarına elektrotransforme edilebileceği ve daha sonra elektroporasyon dışında bir yöntemle düşük pasajlı enfeksiyöz izolatlara aktarılabileceği bir sistem, Lyme hastalığı spiroketinde kullanılmak üzere mevcut moleküler araçların artan koleksiyonuna hoş bir katkı olabilir.
Transformasyona (çıplak DNA’nın alımı) ek olarak, bakterilerin düzenli olarak heterolog DNA’yı aldıkları iki mekanizma daha vardır: birbirleriyle doğrudan fiziksel temas halinde olan bakteriler arasındaki DNA değişimi olan konjugasyon ve bir bakteriyofaj21 tarafından aracılık edilen DNA değişimi olan transdüksiyon. Gerçekten de, bakteriyofajın HGT’ye aracılık etme yeteneği, bir dizi bakteri sistemi içindeki moleküler süreçleri incelemek için deneysel bir araç olarak kullanılmıştır22,23,24. B. burgdorferi, çıplak DNA’nın alımı için doğal olarak yetkin değildir ve B. burgdorferi’nin başarılı konjugasyonu teşvik etmek için gerekli aparatı kodladığına dair çok az kanıt vardır. Bununla birlikte, önceki raporlar, B. burgdorferi25,26,27,28’in ılıman bir bakteriyofajı olan φBB-1’in tanımlanmasını ve ön karakterizasyonunu tanımlamıştır. φBB-1, B. burgdorferi25’te bulunan 30 kb’lik bir plazmid ailesini paketler; bu ailenin üyeleri cp32s olarak belirlenmiştir. B. burgdorferi suşları arasında HGT’ye katılmada φBB-1’in rolüyle tutarlı olarak, Stevenson ve ark., aksi takdirde farklı cp32’lere sahip iki suşta bulunan özdeş bir cp32 bildirmiştir, bu da bu cp32’nin bu iki suş arasında, muhtemelen transdüksiyon29 yoluyla yakın zamanda paylaşıldığını düşündürmektedir. Ayrıca, aksi takdirde nispeten kararlı bir genom 30,31,32,33’te cp32’ler arasında HGT yoluyla önemli rekombinasyon kanıtı vardır. Son olarak, φBB-1’in hem cp32’leri hem de heterolog mekik vektör DNA’sını aynı suşun hücreleri arasında ve iki farklı suşun hücreleri arasında dönüştürme kabiliyeti daha önce27,28 gösterilmiştir. Bu bulgular göz önüne alındığında, φBB-1, B. burgdorferi’nin moleküler biyolojisinin diseksiyonu için geliştirilecek başka bir araç olarak önerilmiştir.
Bu raporun amacı, B. burgdorferi’den faj φBB-1’i indüklemek ve saflaştırmak için bir yöntemi detaylandırmak, ayrıca B. burgdorferi klonları arasında bir transdüksiyon testi yapmak ve potansiyel transdüktörleri seçmek ve taramak için bir protokol sağlamaktır.
Protocol
Representative Results
Discussion
Transdüksiyonun kullanımı, B. burgdorferi1,4,13,37’nin elektrotransformasyonu ile ilişkili biyolojik ve teknik engellerin en azından bir kısmının üstesinden gelmenin bir yöntemini temsil edebilir. Birçok sistemde, bakteriyofaj, konakçı (profaj olmayan) DNA’yı, genelleştirilmiş veya uzmanlaşmış transdüksiyon22,23,24,49,50<sup class=…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Yazar, yararlı tartışmaları için Shawna Reed, D. Scott Samuels ve Patrick Secor’a ve teknik yardımları için Vareeon (Pam) Chonweerawong’a teşekkür etmek istiyor. Bu çalışma, Biyomedikal Bilimler Bölümü ve Quinnipiac Üniversitesi Sağlık Bilimleri Fakültesi’nden Christian H. Eggers’a fakülte araştırma hibeleri ile desteklenmiştir.
Materials
| 1 L filter units (PES, 0.22 µm pore size) | Millipore Sigma | S2GPU10RE | |
| 12 mm x 75 mm tube (dual position cap) (polypropylene) | USA Scientific | 1450-0810 | holds 4 mL with low void volume (for induction) |
| 15 mL conical centrifuge tubes (polypropylene) | USA Scientific | 5618-8271 | |
| 1-methyl-3-nitroso-nitroguanidine (MNNG) | Millipore Sigma | CAUTION: potential carcinogen; no longer readily available, have not tested offered substitute | |
| 5.75" Pasteur Pipettes (cotton-plugged/borosilicate glass/non-sterile) | Thermo Fisher Scientific | 13-678-8A | autoclave prior to use |
| 50 mL conical centrifuge tubes (polypropylene) | USA Scientific | 1500-1211 | |
| Absolute ethanol | |||
| Agarose LE | Dot Scientific inc. | AGLE-500 | |
| Bacto Neopeptone | Gibco | DF0119-17-9 | |
| Bacto TC Yeastolate | Gibco | 255772 | |
| Bovine serum albumin (serum replacement grade) | Gemini Bio-Products | 700-104P | |
| Chloroform (for molecular biology) | Thermo Fisher Scientific | BP1145-1 | CAUTION: volatile organic; use only in a chemical fume hood |
| CMRL-1066 w/o L-Glutamine (powder) | US Biological | C5900-01 | cell culture grade |
| Erythromycin | Research Products International Corp | E57000-25.0 | |
| Gentamicin reagent solution | Gibco | 15750-060 | |
| Glucose (Dextrose Anhydrous) | Thermo Fisher Scientific | BP350-500 | |
| HEPES | Thermo Fisher Scientific | BP310-500 | |
| Kanamycin sulfate | Thermo Fisher Scientific | 25389-94-0 | |
| Millex-GS (0.22 µM pore size) | Millipore Sigma | SLGSM33SS | to filter sterilize antibiotics and other small volume solutions |
| Mitomycin C | Thermo Fisher Scientific | BP25312 | CAUTION: potential carcinogen; use only in a chemical fume hood |
| N-acetyl-D-glucosamine | MP Biomedicals, LLC | 100068 | |
| Oligonucleotides (primers for PCR) | IDT DNA | ||
| OmniPrep (total genomic extraction kit) | G Biosciences | 786-136 | |
| Petri Dish (100 mm × 15 mm) | Thermo Fisher Scientific | FB0875712 | |
| Petroff-Hausser counting chamber | Hausser scientific | HS-3900 | |
| Petroff-Hausser counting chamber cover glass | Hausser scientific | HS-5051 | |
| Polyethylene glycol 8000 (PEG) | Thermo Fisher Scientific | BP233-1 | |
| Rabbit serum non-sterile trace-hemolyzed young (NRS) | Pel-Freez Biologicals | 31119-3 | heat inactivate as per manufacturer's instructions |
| Semi-micro UV transparent cuvettes | USA Scientific | 9750-9150 | |
| Sodium bicarbonate | Thermo Fisher Scientific | BP328-500 | |
| Sodium chloride | Thermo Fisher Scientific | BP358-1 | |
| Sodium pyruvate | Millipore Sigma | P8674-25G | |
| Spectronic Genesys 5 | Thermo Fisher Scientific | ||
| Streptomycin sulfate solution | Millipore Sigma | S6501-50G | |
| Trisodium citrate dihydrate | Millipore Sigma | S1804-500G | sodium citrate for BSK |
References
- Samuels, D. S., Drecktrah, D., Hall, L. S. Genetic transformation and complementation. Methods in Molecular Biology. 1690, 183-200 (2018).
- Winslow, C., Coburn, J. Recent discoveries and advancements in research on the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. F1000Research. 8, (2019).
- Coburn, J., et al. Lyme disease pathogenesis. Current Issues in Molecular Biology. 42, 473-518 (2021).
- Rosa, P. A., Jewett, M. W. Genetic manipulation of Borrelia. Current Issues in Molecular Biology. 42, 307-332 (2021).
- Fraser, C. M., et al. Genomic sequence of a Lyme disease spirochaete, Borrelia burgdorferi. Nature. 390 (6660), 580-586 (1997).
- Casjens, S., et al. A bacterial genome in flux: The twelve linear and nine circular extrachromosomal DNAs in an infectious isolate of the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. Molecular Microbiology. 35 (3), 490-516 (2000).
- Schutzer, S. E., et al. Whole-genome sequences of thirteen isolates of Borrelia burgdorferi. Journal of Bacteriology. 193 (4), 1018-1020 (2011).
- Ohnishi, J., Piesman, J., de Silva, A. M. Antigenic and genetic heterogeneity of Borrelia burgdorferi populations transmitted by ticks. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 98 (2), 670-675 (2001).
- Dykhuizen, D. E., et al. The propensity of different Borrelia burgdorferi sensu stricto genotypes to cause disseminated infections in humans. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. 78 (5), 806-810 (2008).
- Hanincova, K., et al. Multilocus sequence typing of Borrelia burgdorferi suggests existence of lineages with differential pathogenic properties in humans. PLoS One. 8 (9), 73066 (2013).
- Kern, A., et al. Heterogeneity of Borrelia burgdorferi sensu stricto population and its involvement in Borrelia pathogenicity: Study on murine model with specific emphasis on the skin interface. PLoS One. 10 (7), 0133195 (2015).
- Drecktrah, D., Samuels, D. S. Genetic manipulation of Borrelia spp. Current Topics in Microbiology and Immunology. 415, 113-140 (2017).
- Tilly, K., Elias, A. F., Bono, J. L., Stewart, P., Rosa, P. DNA exchange and insertional inactivation in spirochetes. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. 2 (4), 433-442 (2000).
- Lawrenz, M. B., Kawabata, H., Purser, J. E., Norris, S. J. Decreased electroporation efficiency in Borrelia burgdorferi containing linear plasmids lp25 and lp56: Impact on transformation of infectious B. burgdorferi. Infection and Immunity. 70 (9), 4798-4804 (2002).
- Samuels, D. S. Electrotransformation of the spirochete Borrelia burgdorferi. Methods in Molecular Biology. 47, 253-259 (1995).
- Rego, R. O., Bestor, A., Rosa, P. A. Defining the plasmid-borne restriction-modification systems of the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. Journal of Bacteriology. 193 (5), 1161-1171 (2011).
- Makarova, K. S., Wolf, Y. I., Koonin, E. V. Comparative genomics of defense systems in archaea and bacteria. Nucleic Acids Research. 41 (8), 4360-4377 (2013).
- Grimm, D., Elias, A. F., Tilly, K., Rosa, P. A. Plasmid stability during in vitro propagation of Borrelia burgdorferi assessed at a clonal level. Infection and Immunity. 71 (6), 3138-3145 (2003).
- Grimm, D., et al. Experimental assessment of the roles of linear plasmids lp25 and lp28-1 of Borrelia burgdorferi throughout the infectious cycle. Infection and Immunity. 72 (10), 5938-5946 (2004).
- Heery, D. M., Powell, R., Gannon, F., Dunican, L. K. Curing of a plasmid from E. coli using high-voltage electroporation. Nucleic Acids Research. 17 (23), 10131 (1989).
- Ochman, H., Lawrence, J. G., Groisman, E. A. Lateral gene transfer and the nature of bacterial innovation. Nature. 405 (6784), 299-304 (2000).
- Morsczeck, C. Strategies for mycobacterial genetics. International Journal of Medical Microbiology. 293 (4), 251-259 (2003).
- Thomason, L. C., Costantino, N., Court, D. L. E. coli genome manipulation by P1 transduction. Current Protocols in Molecular Biology. , 1-8 (2007).
- Keller, C. M., Kendra, C. G., Bruna, R. E., Craft, D., Pontes, M. H. Genetic modification of Sodalis species by DNA transduction. mSphere. 6 (1), e01331 (2021).
- Eggers, C. H., Samuels, D. S. Molecular evidence for a new bacteriophage of Borrelia burgdorferi. Journal of Bacteriology. 181 (23), 7308-7313 (1999).
- Eggers, C. H., et al. Bacteriophages of spirochetes. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. 2 (4), 365-373 (2000).
- Eggers, C. H., et al. Transduction by φBB-1, a bacteriophage of Borrelia burgdorferi. Journal of Bacteriology. 183 (16), 4771-4778 (2001).
- Eggers, C. H., et al. Phage-mediated horizontal gene transfer of both prophage and heterologous DNA by φBB-1, a bacteriophage of Borrelia burgdorferi. Pathogens and Disease. 74 (9), (2016).
- Stevenson, B., Miller, J. C. Intra- and interbacterial genetic exchange of Lyme disease spirochete erp genes generates sequence identity amidst diversity. Journal of Molecular Evolution. 57 (3), 309-324 (2003).
- Dykhuizen, D. E., Baranton, G. The implications of a low rate of horizontal transfer in Borrelia. Trends in Microbiology. 9 (7), 344-350 (2001).
- Brisson, D., Drecktrah, D., Eggers, C. H., Samuels, D. S. Genetics of Borrelia burgdorferi.. Annual Reviews in Genetics. 46, 515-536 (2012).
- Brisson, D., Zhou, W., Jutras, B. L., Casjens, S., Stevenson, B. Distribution of cp32 prophages among Lyme disease-causing spirochetes and natural diversity of their lipoprotein-encoding erp loci. Applied and Environmental Microbiology. 79 (13), 4115-4128 (2013).
- Schwartz, I., Margos, G., Casjens, S. R., Qiu, W. G., Eggers, C. H. Multipartite genome of Lyme disease Borrelia: Structure, variation and prophages. Current Issues in Molecular Biology. 42, 409-454 (2021).
- Centers for Disease Control and Prevention. . Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories,. 6th edition. , (2020).
- Yang, X. F., Pal, U., Alani, S. M., Fikrig, E., Norgard, M. V. Essential role for OspA/B in the life cycle of the Lyme disease spirochete. Journal of Experimental Medicine. 199 (5), 641-648 (2004).
- Lee, S. K., Yousef, A. E., Marth, E. H. Thermal inactivation of Borrelia burgdorferi, the cause of Lyme disease. Journal of Food Protection. 53 (4), 296-299 (1990).
- Seshu, J., Moy, B. E., Ingle, T. M. Transformation of Borrelia burgdorferi. Current Protocols. 1 (3), 61 (2021).
- Purser, J. E., Norris, S. J. Correlation between plasmid content and infectivity in Borrelia burgdorferi. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97 (25), 13865-13870 (2000).
- Labandeira-Rey, M., Seshu, J., Skare, J. T. The absence of linear plasmid 25 or 28-1 of Borrelia burgdorferi dramatically alters the kinetics of experimental infection via distinct mechanisms. Infection and Immunity. 71 (8), 4608-4613 (2003).
- Ruzic-Sabljic, E., et al. Comparison of MKP and BSK-H media for the cultivation and isolation of Borrelia burgdorferi sensu lato. PLoS One. 12 (2), 0171622 (2017).
- Wang, G., et al. Variations in Barbour-Stoenner-Kelly culture medium modulate infectivity and pathogenicity of Borrelia burgdorferi clinical isolates. Infection and Immunity. 72 (11), 6702-6706 (2004).
- Bono, J. L., et al. Efficient targeted mutagenesis in Borrelia burgdorferi. Journal of Bacteriology. 182 (9), 2445-2452 (2000).
- Elias, A. F., et al. New antibiotic resistance cassettes suitable for genetic studies in Borrelia burgdorferi. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. 6 (1), 29-40 (2003).
- Frank, K. L., Bundle, S. F., Kresge, M. E., Eggers, C. H., Samuels, D. S. aadA confers streptomycin resistance in Borrelia burgdorferi. Journal of Bacteriology. 185 (22), 6723-6727 (2003).
- Sartakova, M. L., et al. Novel antibiotic-resistance markers in pGK12-derived vectors for Borrelia burgdorferi. Gene. 303 (1-2), 131-137 (2003).
- Wormser, G. P., et al. The clinical assessment, treatment, and prevention of Lyme disease, human granulocytic anaplasmosis, and babesiosis: Clinical practice guidelines by the Infectious Diseases Society of America. Clinical Infectious Diseases. 43 (9), 1089-1134 (2006).
- Terekhova, D., Sartakova, M. L., Wormser, G. P., Schwartz, I., Cabello, F. C. Erythromycin resistance in Borrelia burgdorferi. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 46 (11), 3637-3640 (2002).
- Sorbye, H., Kvinnsland, S., Svanes, K. Penetration of N-methyl-N’-nitro-N-nitrosoguanidine to proliferative cells in gastric mucosa of rats is different in pylorus and fundus and depends on exposure time and solvent. Carcinogenesis. 14 (5), 887-892 (1993).
- Muniesa, M., Imamovic, L., Jofre, J. Bacteriophages and genetic mobilization in sewage and faecally polluted environments. Microbial Biotechnology. 4 (6), 725-734 (2011).
- Penades, J. R., Chen, J., Quiles-Puchalt, N., Carpena, N., Novick, R. P. Bacteriophage-mediated spread of bacterial virulence genes. Current Opinion in Microbiology. 23, 171-178 (2015).
- Thierauf, A., Perez, G., Maloy, A. S. Generalized transduction. Methods in Molecular Biology. 501, 267-286 (2009).
- Casjens, S. R., et al. Plasmid diversity and phylogenetic consistency in the Lyme disease agent Borrelia burgdorferi. BMC Genomics. 18 (1), 165 (2017).
- Ojaimi, C., et al. Borrelia burgdorferi gene expression profiling with membrane-based arrays. Methods in Enzymology. 358, 165-177 (2002).
- Stevenson, B., et al. The relapsing fever spirochete Borrelia hermsii contains multiple, antigen-encoding circular plasmids that are homologous to the cp32 plasmids of Lyme disease spirochetes. Infection and Immunity. 68 (7), 3900-3908 (2000).
- Kingry, L. C., et al. Whole genome sequence and comparative genomics of the novel Lyme borreliosis causing pathogen, Borrelia mayonii. PLoS One. 11 (12), 0168994 (2016).
- Kuleshov, K. V., et al. Whole genome sequencing of Borrelia miyamotoi isolate Izh-4: Reference for a complex bacterial genome. BMC Genomics. 21 (1), 16 (2020).
- Dong, D., Sutaria, S., Hwangbo, J. Y., Chen, P. A simple and rapid method to isolate purer M13 phage by isoelectric precipitation. Applied Microbiology and Biotechnology. 97 (18), 8023-8029 (2013).
- Kleiner, M., Hooper, L. V., Duerkop, B. A. Evaluation of methods to purify virus-like particles for metagenomic sequencing of intestinal viromes. BMC Genomics. 16, 7 (2015).
- Patterson, T. A., Dean, M. Preparation of high titer lambda phage lysates. Nucleic Acids Research. 15 (15), 6298 (1987).
- Ackermann, H. W., et al. Guidelines for bacteriophage characterization. Advances in Virus Research. 23, 1-24 (1978).
- Anderson, B., et al. Enumeration of bacteriophage particles: Comparative analysis of the traditional plaque assay and real-time QPCR- and nanosight-based assays. Bacteriophage. 1 (2), 86-93 (2011).
- Eggers, C. H., Casjens, S., Samuels, D. S., Saier, M. H., Garcia-Lara, J. Bacteriophages of Borrelia burgdorferi and Other Spirochetes. The Spirochetes: Molecular and Cellular Biology. , 35-44 (2001).
- Birge, E. A. . Bacterial and Bacteriophage Genetics,. 5th edition. , (2010).
- Eggers, C. H., et al. Identification of loci critical for replication and compatibility of a Borrelia burgdorferi cp32 plasmid and use of a cp32-based shuttle vector for the expression of fluorescent reporters in the Lyme disease spirochaete. Molecular Microbiology. 43 (2), 281-295 (2002).
