यह पेपर वायरल संक्रमण के दौरान एक स्पर्शोन्मुख कॉलोनाइजर से रोग पैदा करने वाले रोगज़नक़ में न्यूमोकोकस के संक्रमण के लिए एक नए माउस मॉडल का वर्णन करता है। इस मॉडल को रोग की प्रगति के विभिन्न चरणों के दौरान और विभिन्न मेजबानों में पॉलीमाइक्रोबियल और मेजबान-रोगज़नक़ इंटरैक्शन का अध्ययन करने के लिए आसानी से अनुकूलित किया जा सकता है।
स्ट्रेप्टोकोकस निमोनिया (न्यूमोकोकस) ज्यादातर व्यक्तियों में नासोफेरिंक्स का एक स्पर्शोन्मुख कॉलोनाइजर है, लेकिन इन्फ्लूएंजा ए वायरस (आईएवी) संक्रमण पर फुफ्फुसीय और प्रणालीगत रोगज़नक़ में प्रगति कर सकता है। उन्नत आयु द्वितीयक न्यूमोकोकल निमोनिया के लिए मेजबान संवेदनशीलता को बढ़ाती है और खराब रोग परिणामों से जुड़ी होती है। उन प्रक्रियाओं को चलाने वाले मेजबान कारकों को अच्छी तरह से परिभाषित नहीं किया गया है, आंशिक रूप से पशु मॉडल की कमी के कारण जो स्पर्शोन्मुख उपनिवेशीकरण से गंभीर नैदानिक बीमारी में संक्रमण को पुन: पेश करते हैं।
यह पेपर एक उपन्यास माउस मॉडल का वर्णन करता है जो वायरल संक्रमण पर स्पर्शोन्मुख गाड़ी से बीमारी में न्यूमोकोकी के संक्रमण को फिर से बनाता है। इस मॉडल में, चूहों को पहले बायोफिल्म-विकसित न्यूमोकोकी के साथ इंट्रानेसल रूप से टीका लगाया जाता है ताकि स्पर्शोन्मुख गाड़ी स्थापित की जा सके, इसके बाद नासोफैरिंक्स और फेफड़ों दोनों के आईएवी संक्रमण होता है। इसके परिणामस्वरूप फेफड़ों में जीवाणु प्रसार, फुफ्फुसीय सूजन और बीमारी के स्पष्ट संकेत होते हैं जो घातकता में प्रगति कर सकते हैं। रोग की डिग्री जीवाणु तनाव और मेजबान कारकों पर निर्भर है।
महत्वपूर्ण रूप से, यह मॉडल उम्र बढ़ने की संवेदनशीलता को पुन: पेश करता है, क्योंकि युवा चूहों की तुलना में, पुराने चूहे अधिक गंभीर नैदानिक बीमारी प्रदर्शित करते हैं और अधिक बार बीमारी का शिकार होते हैं। गाड़ी और बीमारी को अलग-अलग चरणों में अलग करके और रोगज़नक़ और मेजबान दोनों के आनुवंशिक रूपों का विश्लेषण करने का अवसर प्रदान करके, यह एस निमोनिया / आईएवी सह-संक्रमण मॉडल रोग की प्रगति के विभिन्न चरणों में मेजबान के साथ एक महत्वपूर्ण पैथोबायोन्ट की बातचीत की विस्तृत परीक्षा की अनुमति देता है। यह मॉडल अतिसंवेदनशील मेजबानों में माध्यमिक न्यूमोकोकल निमोनिया के खिलाफ संभावित चिकित्सीय लक्ष्यों की पहचान करने के लिए एक महत्वपूर्ण उपकरण के रूप में भी काम कर सकता है।
स्ट्रेप्टोकोकस निमोनिया (न्यूमोकोकस) ग्राम पॉजिटिव बैक्टीरिया हैं जो स्पर्शोन्मुख रूप से अधिकांश स्वस्थ व्यक्तियों के नासोफैरिंक्स में रहते हैं। उन कारकों द्वारा प्रचारित जो पूरी तरह से परिभाषित नहीं हैं, न्यूमोकोकी नासोफेरिंक्स के सौम्य कॉलोनाइजरों से रोगजनकों में संक्रमण कर सकता है जो अन्य अंगों में फैल जाते हैं जिसके परिणामस्वरूप ओटिटिस मीडिया, निमोनिया और बैक्टेरेमिया 3 सहित गंभीर संक्रमणहोते हैं। न्यूमोकोकल रोग प्रस्तुति, आंशिक रूप से, सीरोटाइप सहित तनाव-विशिष्ट मतभेदों पर निर्भर है, जो कैप्सुलर पॉलीसेकेराइड की संरचना पर आधारित है। अब तक 100 से अधिक सीरोटाइप की विशेषता है, और कुछ अधिक आक्रामक संक्रमण 4,5 से जुड़े हैं। कई अन्य कारक न्यूमोकोकल बीमारी के जोखिम को बढ़ाते हैं। ऐसा ही एक कारक वायरल संक्रमण है, जहां न्यूमोकोकल निमोनिया का खतरा आईएवी 6,7 से 100 गुना बढ़ जाता है। ऐतिहासिक रूप से, एस निमोनिया इन्फ्लूएंजा के बाद द्वितीयक जीवाणु निमोनिया के सबसे आम कारणों में से एक है और बदतरपरिणामों से जुड़ा हुआ है। एक और प्रमुख जोखिम कारक उन्नत उम्र है। वास्तव में, एस निमोनिया 65 वर्ष से अधिक उम्र के बुजुर्ग व्यक्तियों में समुदाय-अधिग्रहित जीवाणु निमोनिया का प्रमुख कारण है। बुजुर्ग व्यक्ति निमोनिया और इन्फ्लूएंजा के कारण होने वाली मौतों के बहुमत (>75%) के लिए जिम्मेदार हैं, यह दर्शाता है कि दो जोखिम कारक- उम्र बढ़ने और आईएवी संक्रमण-सहक्रियात्मक रूप से बीमारी की संवेदनशीलता 11,12,13,14 को खराब करते हैं। हालांकि, जिस तंत्र के द्वारा वायरल संक्रमण स्पर्शोन्मुख कॉलोनाइजर से आक्रामक रोगज़नक़ में न्यूमोकोकी के संक्रमण का संकेत देता है और मेजबान कारकों द्वारा इसे कैसे आकार दिया जाता है, यह खराब रूप से परिभाषित है। यह काफी हद तक एक छोटे पशु मॉडल की अनुपस्थिति के कारण है जो स्पर्शोन्मुख न्यूमोकोकल उपनिवेशीकरण से महत्वपूर्ण नैदानिक बीमारी में संक्रमण को पुन: उत्पन्न करता है।
सह-संक्रमण अध्ययनों को शास्त्रीय रूप से चूहों में मॉडलिंग किया गया है, जिन्हें इन्फ्लूएंजा संक्रमण15,16 के 7 दिनों के बाद सीधे फेफड़ों में न्यूमोकोकी के साथ टीका लगाया गया है। यह द्वितीयक जीवाणु निमोनिया के लिए संवेदनशीलता को पुन: उत्पन्न करता है और यह अध्ययन करने के लिए आदर्श है कि एंटीवायरल प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाएं जीवाणुरोधी सुरक्षाको कैसे खराब करती हैं। हालांकि, मनुष्यों में अनुदैर्ध्य अध्ययनों से पता चला है कि नासोफेरिंक्स में न्यूमोकोकल कैरिज, जहां बैक्टीरिया स्पर्शोन्मुख बायोफिल्म18 बना सकता है, समान रूप से आक्रामक बीमारियों19,20 से जुड़ा हुआ है। मध्य कान, फेफड़े और रक्त के संक्रमण से बैक्टीरियल आइसोलेट्स आनुवंशिक रूप से नासोफैरिंक्स20 में पाए जाने वाले समान हैं। इस प्रकार, आईएवी संक्रमण के बाद स्पर्शोन्मुख गाड़ी से आक्रामक बीमारी में संक्रमण का अध्ययन करने के लिए, एक मॉडल स्थापित किया गया था जिसमें चूहों को इंट्रानेसल रूप से प्रशासित बायोफिल्म-विकसित न्यूमोकोकी के बाद नासोफैरिंक्स21,22 का आईएवी संक्रमण दिया गया था। ऊपरी वायुमार्ग के वायरल संक्रमण ने मेजबान वातावरण में परिवर्तन किया जिसके कारण बायोफिल्म से न्यूमोकोकी का फैलाव हुआ और निचले वायुमार्गमें उनका प्रसार हुआ। इन छितरी हुई बैक्टीरिया में संक्रमण के लिए महत्वपूर्ण विषाणु कारकों की अनियमित अभिव्यक्ति थी, जो उन्हें कॉलोनाइजर से रोगजनकोंमें परिवर्तित करती थी। ये अवलोकन वायरस, मेजबान और बैक्टीरिया के बीच जटिल बातचीत को उजागर करते हैं और प्रदर्शित करते हैं कि वायरल संक्रमण से शुरू होने वाले मेजबान में परिवर्तन का न्यूमोकोकल व्यवहार पर सीधा प्रभाव पड़ता है, जो बदले में, जीवाणु संक्रमण के पाठ्यक्रम को बदल देता है। हालांकि, यह मॉडल मनुष्यों में देखी गई बीमारी के गंभीर लक्षणों को पुन: उत्पन्न करने में विफल रहता है, संभवतः क्योंकि वायरस नाक गुहा तक सीमित है, और मेजबान प्रतिरक्षा और फेफड़ों की क्षति पर वायरल संक्रमण के प्रणालीगत प्रभाव ों को पुन: परिभाषित नहीं किया जाता है।
हमने हाल ही में एक मॉडल स्थापित किया है जो मेजबान और रोगजनकों के बीच जटिल बातचीत को शामिल करता है, लेकिन मनुष्यों में देखी गई बीमारी की गंभीरता की अधिक बारीकी से नकल करताहै। इस मॉडल में, चूहों को पहले बायोफिल्म-विकसित न्यूमोकोकी के साथ इंट्रानेसल रूप से संक्रमित किया जाता है ताकि स्पर्शोन्मुख गाड़ी स्थापित की जा सके, इसके बाद नासोफेरिंक्स और फेफड़ों दोनों के आईएवी संक्रमण होता है। इसके परिणामस्वरूप फेफड़ों में जीवाणु प्रसार, फुफ्फुसीय सूजन और बीमारी हुई जो युवा चूहोंके एक अंश में घातकता में प्रगति हुई। इस पिछले अध्ययन से पता चला है कि वायरल और बैक्टीरियल संक्रमण दोनों ने मेजबान रक्षा को बदल दिया: वायरल संक्रमण ने जीवाणु प्रसार को बढ़ावा दिया, और पूर्व जीवाणु उपनिवेशीकरण ने फुफ्फुसीय आईएवीस्तरों को नियंत्रित करने के लिए मेजबान की क्षमता को खराब कर दिया। प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया की जांच से पता चला कि आईएवी संक्रमण ने न्यूट्रोफिल की जीवाणुरोधी गतिविधि को कम कर दिया, जबकि जीवाणु उपनिवेशीकरण ने एंटीवायरल रक्षा के लिए महत्वपूर्ण टाइप1 इंटरफेरॉन प्रतिक्रिया को कुंद कर दिया। महत्वपूर्ण रूप से, इस मॉडल ने उम्र बढ़ने की संवेदनशीलता को पुन: पेश किया। युवा चूहों की तुलना में, पुराने चूहों ने पहले बीमारी के लक्षण प्रदर्शित किए, अधिक गंभीर नैदानिक बीमारी दिखाई, औरअधिक बार संक्रमण के कारण दम तोड़ दिया। इस पांडुलिपि में प्रस्तुत कार्य से पता चलता है कि रोग की डिग्री बैक्टीरिया के तनाव पर भी निर्भर है, क्योंकि आक्रामक न्यूमोकोकल उपभेद आईएवी संक्रमण पर अधिक कुशल प्रसार प्रदर्शित करते हैं, फुफ्फुसीय सूजन के अधिक संकेत दिखाते हैं, और इसके परिणामस्वरूप गैर-इनवेसिव उपभेदों की तुलना में रोग की त्वरित दर होती है। इस प्रकार, यह एस निमोनिया / आईएवी सह-संक्रमण मॉडल रोगज़नक़ और मेजबान दोनों कारकों की विस्तृत परीक्षा की अनुमति देता है और रोग की प्रगति के विभिन्न चरणों में पॉलीमाइक्रोबियल संक्रमण के लिए प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं का अध्ययन करने के लिए अच्छी तरह से अनुकूल है।
आईएवी सह-संक्रमण प्रयोगात्मक अध्ययनों में से अधिकांश आईएवी से पूर्व-संक्रमित चूहों के फेफड़ों में जीवाणु वितरण पर भरोसा करते हैं। इन मॉडलों ने फुफ्फुसीय वातावरण और प्रणालीगत प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया में परिवर्तन की पहचान करने में मदद की है जो मेजबान को द्वितीयक जीवाणु संक्रमण 15,16,17,32,33,34,35,36,37 के लिए अतिसंवेदनशील बनाते हैं। हालांकि, ये मॉडल एस निमोनिया के संक्रमण की नकल करने में विफल रहे हैं, जो एक स्पर्शोन्मुख कॉलोनाइजर से एक रोगज़नक़ में गंभीर फेफड़ों और प्रणालीगत संक्रमण पैदा करने में सक्षम है। इसके अलावा, ये मॉडल ऊपरी श्वसन पथ में मेजबान कारकों और मेजबान-रोगज़नक़ इंटरैक्शन का अध्ययन करने के लिए उपयुक्त नहीं हैं जो संक्रमण के लिए संवेदनशीलता में योगदान करते हैं। आईएवी संक्रमण के बाद नासोफेरिंक्स से फेफड़ों तक न्यूमोकोकी के आंदोलन के लिए एक पूर्व मॉडल वायरल संक्रमण के बाद नासोफेरिंक्स के जीवाणु संक्रमण पर निर्भर था। हालांकि, यहमानव रोगियों में देखी गई बीमारी के गंभीर लक्षणों को पुन: उत्पन्न करने में विफल रहा। यहां वर्णित संशोधित मुराइन संक्रमण मॉडल एस निमोनिया के संक्रमण को स्पर्शोन्मुख गाड़ी से एक रोगज़नक़ में बदल देता है जो गंभीर नैदानिक बीमारी का कारण बनता है।
इस मॉडल का एक महत्वपूर्ण कदम नासोफैरिंक्स में एस निमोनिया संक्रमण स्थापित कर रहा है। स्ट्रेप्टोकोकस निमोनिया बायोफिल्म बनाते हैं और विभिन्न क्षमताओं21,38 पर नासोफैरिंक्स को उपनिवेशित करते हैं। लगातार संक्रमण स्थापित करने के लिए, अब तक परीक्षण किए गए बायोफिल्म-विकसित जीवाणु उपभेदों के कम से कम 5 × 106 सीएफयू की आवश्यकता होतीहै। यह अनुशंसा की जाती है कि वायरल संक्रमण से पहले नासोफैरिंक्स के स्थिर संक्रमण के लिए किसी भी नए जीवाणु तनाव का परीक्षण किया जाए। वायरल सह-संक्रमण के लिए, पिछले अध्ययनों में पाया गया है कि नासोफैरिंक्स 21,22,23 से बैक्टीरिया के फैलाव के लिए आईएवी के साथ इंट्रानेसल संक्रमण की आवश्यकता होती है। उन पूर्व अध्ययनों में, इंट्रानेसल डिलीवरी के लिए आईएवी के 500 पीएफयू का उपयोग किया गया था, जबकि इस अध्ययन में, 200 पीएफयू नासोफेरिंक्स में जीवाणु संख्या बढ़ाने के लिए पर्याप्त थे। आईएवी संक्रमण ऊपरी वायुमार्ग तक सीमित नहीं है और फेफड़ों39,40 तक फैल सकता है, जो फुफ्फुसीय वातावरण को जीवाणु संक्रमण15,16,41 के लिए अधिक अनुमेय बनाने के लिए महत्वपूर्ण है। फेफड़ों में आईएवी की डिलीवरी या तो इंट्रानेसल डिलीवरी या एनेस्थेटाइज्ड चूहों की इंट्राट्रैकियल स्थापना द्वारा प्राप्त की जा सकती है। बीएएलबी / सीबीवाईजे चूहों के साथ पूर्व कार्य में पाया गया कि इंट्रानेसल डिलीवरी के परिणामस्वरूप वायरल निमोनिया21 होता है; हालांकि, इंट्रानेजल टीकाकरण के बाद फेफड़ों तक इनोकुलम की पहुंच सी 57बीएल / 6 चूहों में अधिक प्रतिबंधित है। सी 57बीएल /6 चूहों में, वायरस23 के लगातार वितरण के लिए इंट्राट्रैकियल इंस्टॉलेशन की आवश्यकता होती है। इस मॉडल में, पूर्व जीवाणु उपनिवेश वायरल संक्रमण23 के बाद रोग के लक्षणों की प्रस्तुति में तेजी लाता है। चूंकि वायरल संक्रमण स्वयं कैनेटीक्स में संभावित भिन्नता के साथ रोग के लक्षण पैदा कर सकता है, इसलिए पहले परीक्षण किए गए किसी भी नए वायरल स्ट्रेन के लिए खुराक की एक श्रृंखला का परीक्षण करने और एक खुराक चुनने की सिफारिश की जाती है जो सह-संक्रमित मेजबानों में त्वरित कैनेटीक्स का खुलासा करती है।
फेफड़े इस मॉडल में रोग मूल्यांकन के लिए एक और महत्वपूर्ण रीडआउट प्रदान करते हैं। रोगज़नक़ बोझ और प्रतिरक्षा कोशिका प्रवाह के आकलन के लिए, एक ही माउस से एक फेफड़े का उपयोग किया जा सकता है। हालांकि, चूंकि संक्रमण और सूजन की गंभीरता लोब के बीच भिन्न हो सकती है, इसलिए विभिन्न आकलनों के लिए एक ही फेफड़े के अलग-अलग लोब नहीं लेने की सिफारिश की जाती है। इसके बजाय, सभी लोबों को छोटे टुकड़ों में काटा जा सकता है, एक साथ अच्छी तरह से मिलाया जा सकता है, और फिर विभिन्न आकलनों के लिए समान रूप से पार्स किया जा सकता है। इसी तरह, नासोफैरिंक्स का उपयोग बैक्टीरियल सीएफयू या वायरल पीएफयू और प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया की गणना के लिए किया जा सकता है। हालांकि, धोने और ऊतक से प्राप्त कोशिकाओं की संख्या एक ही समूह के भीतर चूहों से नमूने एकत्र किए बिना प्रवाह साइटोमेट्री करने के लिए बहुत कम है। वैकल्पिक रूप से, नासोफैरिंक्स में सूजन का मूल्यांकन हिस्टोलॉजिकल रूप से किया जा सकताहै।
इस मॉडल की एक महत्वपूर्ण विशेषता यह है कि यह रोगियों में देखी गई नैदानिक बीमारी को पुन: उत्पन्न करता है। मनुष्यों में, आईएवी संक्रमण के बाद द्वितीयक न्यूमोकोकल निमोनिया अक्सर बीमारी के स्पष्ट संकेत देता है, जिसमें खांसी, डिस्पेनिया, बुखार और मांसपेशियों में दर्द शामिल हैं जो अस्पताल में भर्ती होने, श्वसन विफलता और यहां तक कि मृत्यु का कारण बन सकते हैं। यह मॉडल चूहों द्वारा प्रदर्शित सांस लेने में कठिनाई (श्वास स्कोर में परिलक्षित) और समग्र अस्वस्थता (मुद्रा और आंदोलन स्कोर में परिलक्षित) के साथ-साथ कुछ स्वस्थ युवा नियंत्रणों में मृत्यु के संदर्भ में मनुष्यों में देखे गए नैदानिक रोग के गंभीर संकेतों को पुन: प्रस्तुत करता है। सह-संक्रमित चूहों में रोग के लक्षण ों में वृद्धि संभवतः फेफड़ों में जीवाणु प्रसार और न्यूमोकोकल कैरिज23 के साथ चूहों में बिगड़ा हुआ वायरल निकासी दोनों का परिणाम है। मॉडल की एक सीमा यह है कि नासोफैरिंक्स से नैदानिक रोग और जीवाणु प्रसार की घटना चूहों के बीच भिन्न होती है और बैक्टीरिया के तनाव, मेजबान आयु और जीनोटाइप21,22,23 से प्रभावित होती है। इसे दर्शाते हुए, आक्रामक उपभेदों के लिए, स्थानीय संक्रमण (बिना किसी पता लगाने योग्य बैक्टेरेमिया के साथ) से मृत्यु तक की प्रगति 24 घंटे के भीतर हो सकती है। इसलिए, प्रणालीगत प्रसार के सही मूल्यांकन के लिए, बैक्टेरेमिया का पालन कम अंतराल (हर 6-12 घंटे) पर किया जाना चाहिए। इसी तरह, रोग स्कोर तेजी से बदल सकता है, खासकर सह-संक्रमण के बाद पहले 72 घंटों में। इसलिए, रोग के लक्षणों को बारीकी से ट्रैक करने के लिए, आईएवी संक्रमण के बाद 1-3 दिनों के लिए प्रति दिन तीन बार चूहों की निगरानी करने की सलाह दी जाती है।
सारांश में, यह मॉडल नासोफेरिंक्स के स्पर्शोन्मुख कॉलोनाइजर से एक रोगज़नक़ तक एस निमोनिया के आंदोलन को दोहराता है जो आईएवी संक्रमण पर फुफ्फुसीय और प्रणालीगत बीमारी पैदा करने में सक्षम है। इस मॉडल में, आईएवी नासोफेरिंक्स में जीवाणु व्यवहार को संशोधित करने, फेफड़ों में जीवाणु प्रसार को बढ़ाने और जीवाणुरोधीप्रतिरक्षा को बदलने के माध्यम से एस निमोनिया के संक्रमण को ट्रिगर करता है। इसी तरह, बैक्टीरियल कैरिज एंटीवायरल प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं को कुंद करता है और फेफड़ों से आईएवी निकासी को बाधित करताहै। यह इस मॉडल को एकल बनाम पॉलीमाइक्रोबियल संक्रमणों में प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं में परिवर्तन को पार्स करने के लिए आदर्श बनाता है। इसके अतिरिक्त, सह-संक्रमण के बाद बीमारी का पाठ्यक्रम, आंशिक रूप से, नासोफेरिंक्स में मौजूद न्यूमोकोकी के तनाव पर निर्भर है। इसलिए, मॉडल एस निमोनिया के रोगजनक संक्रमण बनाम स्पर्शोन्मुख उपनिवेशीकरण के लिए आवश्यक जीवाणु कारकों को विच्छेदित करने के लिए उपयुक्त है। अंत में, यह मॉडल सह-संक्रमण के लिए उम्र बढ़ने की संवेदनशीलता को पुन: पेश करता है, और हालांकि यहां इसका परीक्षण नहीं किया गया था, इसका उपयोग रोग पाठ्यक्रम पर मेजबान पृष्ठभूमि के प्रभाव का आकलन करने के लिए आसानी से किया जा सकता है। अंत में, गाड़ी और बीमारी को अलग-अलग चरणों में अलग करना रोगजनकों और मेजबान दोनों के आनुवंशिक रूपों का विश्लेषण करने का अवसर प्रदान करता है, जिससे रोग की प्रगति के विभिन्न चरणों में मेजबान के साथ एक महत्वपूर्ण पैथोबियोनेट की बातचीत की विस्तृत परीक्षा की अनुमति मिलती है। आगे बढ़ते हुए, इस मॉडल का उपयोग कमजोर मेजबानों के लिए उपचार विकल्पों को तैयार करने के लिए किया जा सकता है।
The authors have nothing to disclose.
हम इस पांडुलिपि के महत्वपूर्ण पढ़ने और संपादन के लिए निक लेनहार्ड को धन्यवाद देना चाहते हैं। हम बैक्टीरियल उपभेदों के लिए एंड्रयू कैमिली और एंथोनी कैम्पागनरी और वायरल उपभेदों के लिए ब्रूस डेविडसन को भी धन्यवाद देना चाहते हैं। इस कार्य को राष्ट्रीय स्वास्थ्य अनुदान संस्थान (R21AG071268-01) द्वारा जेएल और राष्ट्रीय स्वास्थ्य अनुदान संस्थान (R21AI145370-01A1), (R01AG068568-01A1), (R21AG071268-01) द्वारा समर्थित किया गया था।
4-Aminobenzoic acid | Fisher | AAA1267318 | Mix I stock |
96-well round bottom plates | Greiner Bio-One | 650101 | |
100 µm Filters | Fisher | 07-201-432 | |
Adenine | Fisher | AC147440250 | Mix I stock |
Avicel | Fisher | 501785325 | Microcyrstalline cellulose |
BD Cytofix Fixation Buffer | Fisher | BDB554655 | Fixation Buffer |
BD Fortessa | Flow cytometer | ||
BD Intramedic Polyethylene Tubing | Fisher | 427410 | Tubing for nasal lavage |
BD Disposable Syringes with Luer-Lok Tips (1 mL) | Fisher | 14-823-30 | |
BD Microtainer Capillary Blood Collector and BD Microgard Closure | Fisher | 02-675-185 | Blood collection tubes |
Beta-Nicotinamide adenine dinucleotide | Fisher | AAJ6233703 | Mix IV stock |
Biotin | Fisher | AC230090010 | Vitamin stock |
C57BL/6J mice | The Jackson Laboratory | #000644 | Mice used in this study |
Calcium Chloride Anhydrous | Fisher Chemical | C77-500 | Mix I stock |
CD103 BV 421 | BD Bioscience | BDB562771 | Clone: M290 DF 1:200 |
CD11b APC | Invitrogen | 50-112-9622 | Clone: M1/70, DF 1:300 |
CD11c PE | BD Bioscience | BDB565592 | Clone: N418 DF 1:200 |
CD3 AF 488 | BD Bioscience | OB153030 | Clone: 145-2C11 DF 1:200 |
CD4 V450 | BD Horizon | BDB560470 | Clone: RM4.5 DF 1:300 |
CD45 APC eF-780 | BD Bioscience | 50-112-9642 | Clone: 30-F11 DF 1:200 |
CD45 PE | Invitrogen | 50-103-70 | Clone: 30-F11 DF 1:200 |
CD8α BV 650 | BD Horizon | BDB563234 | Clone: 53-6.7 DF 1:200 |
Choline chloride | Fisher | AC110290500 | Final supplement to CDM |
Corning Disposable Vacuum Filter/Storage Systems | Fisher | 09-761-107 | Filter sterilzation apparatus |
Corning Tissue Culture Treated T-25 Flasks | Fisher | 10-126-9 | |
Corning Costar Clear Multiple Well Plates | Fisher | 07-201-590 | |
Corning DMEM With L-Glutamine and 4.5 g/L Glucose; Without Sodium Pyruvate | Fisher | MT10017CM | |
Cyanocobalamin | Fisher | AC405925000 | Mix I stock |
D39 | National Collection of Type Culture (NCTC) | NCTC 7466 | Streptococcus pneumoniae strain |
D-Alanine | Fisher | AAA1023114 | Mix I stock |
D-Calcium pantothenate | Fisher | AC243301000 | Vitamin stock |
Dextrose | Fisher Chemical | D16-500 | Starter stock |
Dnase | Worthington Biochemical | LS002147 | |
Eagles Minimum Essential Medium | ATCC | 30-2003 | |
EDTA | VWR | BDH4616-500G | |
EF3030 | Center for Disease Control and Prevention | Available via the isolate bank request | Streptococcus pneumoniae strain, request using strain name |
F480 PE Cy7 | BD Bioscience | 50-112-9713 | Clone: BMB DF 1:200 |
Falcon 50 mL Conical Centrifuge Tubes | Fisher | 14-432-22 | 50 mL round bottom tube |
Falcon Round-Bottom Polypropylene Test Tubes With Cap | Fisher | 14-959-11B | 15 mL round bottom tube |
Falcon Round-Bottom Polystyrene Test Tubes (5 mL) | Fisher | 14-959-5 | FACS tubes |
FBS | Thermofisher | 10437-028 | |
Ferric Nitrate Nonahydrate | Fisher | I110-100 | Mix III stock |
Fisherbrand Delicate Dissecting Scissors | Fisher | 08-951-5 | Instruments used for harvest |
Fisherbrand Disposable Inoculating Loops | Fisher | 22-363-602 | Inoculating loops |
Fisherbrand Dissecting Tissue Forceps | Fisher | 13-812-38 | Forceps for harvest |
Fisherbrand Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5 mL | Fisher | 05-408-137 | Micocentrifuge tubes |
Fisherbrand Sterile Syringes for Single Use (10 mL) | Fisher | 14-955-459 | |
Folic Acid | Fisher | AC216630500 | Vitamin stock |
Gibco RPMI 1640 (ATCC) | Fisher | A1049101 | |
Gibco DPBS, no calcium, no magnesium | Fisher | 14190250 | |
Gibco HBSS, calcium, magnesium, no phenol red | Fisher | 14025134 | |
Gibco MEM (Temin's modification) (2x), no phenol red | Fisher | 11-935-046 | |
Gibco Penicillin-Streptomycin (10,000 U/mL) | Fisher | 15-140-122 | |
Gibco Trypan Blue Solution, 0.4% | Fisher | 15-250-061 | |
Gibco Trypsin-EDTA (0.25%), phenol red | Fisher | 25-200-056 | |
Glycerol (Certified ACS) | Fisher | G33-4 | |
Glycine | Fisher | AA3643530 | Amino acid stock |
Guanine | Fisher | AAA1202414 | Mix II stock |
Invitrogen UltraComp eBeads Compensation Beads | Fisher | 50-112-9040 | |
Iron (II) sulfate heptahydrate | Fisher | AAA1517836 | Mix III stock |
L-Alanine | Fisher | AAJ6027918 | Amino acid stock |
L-Arginine | Fisher | AAA1573814 | Amino acid stock |
L-Asparagine | Fisher | AAB2147322 | Amino acid stock |
L-Aspartic acid | Fisher | AAA1352022 | Amino acid stock |
L-Cysteine | Fisher | AAA1043518 | Amino acid stock |
L-Cysteine hydrochloride monohydrate | Fisher | AAA1038914 | Final supplement to CDM |
L-Cystine | Fisher | AAA1376218 | Amino acid stock |
L-Glutamic acid | Fisher | AC156211000 | Amino acid stock |
L-Glutamine | Fisher | O2956-100 | Amino acid stock |
L-Histidine | Fisher | AC166150250 | Amino acid stock |
LIFE TECHNOLOGIES LIVE/DEAD Fixable Blue Dead Cell Stain Kit, for UV excitation | Invitrogen | 50-112-1524 | Clone: N/A DF 1:500 |
L-Isoleucine | Fisher | AC166170250 | Amino acid stock |
L-Leucine | Fisher | BP385-100 | Amino acid stock |
L-Lysine | Fisher | AAJ6222514 | Amino acid stock |
L-Methionine | Fisher | AAA1031822 | Amino acid stock |
Low endotoxin BSA | Sigma Aldrich | A1470-10G | |
L-Phenylalanine | Fisher | AAA1323814 | Amino acid stock |
L-Proline | Fisher | AAA1019922 | Amino acid stock |
L-Serine | Fisher | AC132660250 | Amino acid stock |
L-Threonine | Fisher | AC138930250 | Amino acid stock |
L-Tryptophan | Fisher | AAA1023014 | Amino acid stock |
L-Valine | Fisher | AAA1272014 | Amino acid stock |
Ly6C BV 605 | BD Bioscience | BDB563011 | Clone: AL-21 DF 1:300 |
Ly6G AF 488 | Biolegend | NC1102120 | Clone: IA8, DF 1:300 |
Madin-Darby Canine Kidney (MDCK) cells | American Type Culture Collection (ATCC) | CCL-34 | MDCK cell line for PFU analuysis |
Magnesium Sulfate 7-Hydrate | Fisher | 60-019-68 | CDM starter stock |
Manganese Sulfate | Fisher | M113-500 | Mix I stock |
MilQ water | Ultra-pure water | ||
Mouse Fc Block | BD Bioscience | BDB553142 | Clone: 2.4G2 DF 1:100 |
MWI VETERINARY PURALUBE VET OINTMENT | Fisher | NC1886507 | Eye lubricant for infection |
NCI-H292 mucoepidermoid carcinoma cell line | ATCC | CRL-1848 | H292 lung epithelial cell line for biofilm growth |
Niacinamide | Fisher | 18-604-792 | Vitamin stock |
NK 1.1 AF 700 | BD Bioscience | 50-112-4692 | Clone: PK136 DF 1:200 |
Oxyrase For Broth 50Ml Bottle 1/Pk | Fisher | 50-200-5299 | To remove oxygen from liquid cultures |
Paraformaldehyde 4% in PBS | Thermoscientific | J19932-K2 | |
Pivetal Isoflurane | Patterson Veterinary | 07-893-8440 | Isoflurane for anesthesia during infection |
Potassium Phosphate Dibasic | Fisher Chemical | P288-500 | Starter stock |
Potassium Phosphate Monobasic | Fisher Chemical | P285-500 | Starter stock |
Pyridoxal hydrochloride | Fisher | AC352710250 | Vitamin stock |
Pyridoxamine dihydrochloride | Fisher | AAJ6267906 | Mix I stock |
Riboflavin | Fisher | AC132350250 | Vitamin stock |
Sodium Acetate | VWR | 0530-500G | Starter stock |
Sodium Azide | Fisher Bioreagents | BP922I-500 | For FACS buffer |
Sodium Bicarbonate | Fisher Chemical | S233-500 | Starter stock and final supplement to CDM |
Sodium Phosphate Dibasic | Fisher Chemical | S374-500 | Starter stock |
Sodium Phosphate Monobasic | Fisher Chemical | S369-500 | Starter stock |
TCR APC | BD Bioscience | 50-112-8889 | Clone: GL-3 DF 1:200 |
TCRβ APC-Cy7 | BD Pharmigen | BDB560656 | Clone: H57-597 DF 1:200 |
Thermo Scientific Blood Agar with Gentamicin | Fisher | R01227 | Blood agar plates with the antibiotic gentamicin |
Thermo Scientific Trypsin, TPCK Treated | Fisher | PI20233 | |
Thiamine hydrochloride | Fisher | AC148991000 | Vitamin stock |
TIGR4 | ATCC | BAA-334 | Streptococcus pneumoniae strain |
Uracil | Fisher | AC157300250 | Mix II stock |
Worthington Biochemical Corporation Collagenase, Type 2, 1 g | Fisher | NC9693955 |