توليد وصيانة الخلايا الجذعية متعددة القدرات المستحثة بالرئيسيات المشتقة من البول
Summary
يصف البروتوكول الحالي طريقة لعزل وتوسيع وإعادة برمجة الخلايا المشتقة من بول الرئيسيات البشرية وغير البشرية إلى الخلايا الجذعية المستحثة متعددة القدرات (iPSCs) ، بالإضافة إلى تعليمات للصيانة الخالية من المغذيات للخلايا الجذعية المستحثة حديثا.
Abstract
تعد الأساليب عبر الأنواع التي تدرس الخلايا الجذعية متعددة القدرات للرئيسيات ومشتقاتها ضرورية لفهم الآليات الجزيئية والخلوية للمرض والتطور والتطور بشكل أفضل. لجعل الوصول إلى الخلايا الجذعية متعددة القدرات التي يسببها الرئيسيات (iPSCs) أكثر سهولة ، تقدم هذه الورقة طريقة غير جراحية لتوليد iPSCs من الرئيسيات البشرية وغير البشرية من الخلايا المشتقة من البول ، وصيانتها باستخدام طريقة زراعة خالية من التغذية.
يمكن أخذ عينات من البول من بيئة غير معقمة (على سبيل المثال ، قفص الحيوان) ومعالجتها بكوكتيل مضاد حيوي واسع الطيف أثناء زراعة الخلايا الأولية لتقليل التلوث بكفاءة. بعد انتشار الخلايا المشتقة من البول ، يتم إنشاء iPSCs بواسطة طريقة نقل معدلة لنظام ناقل فيروس سينداي المتاح تجاريا. قد تكون مستعمرات iPSC الأولى مرئية بالفعل بعد 5 أيام ، ويمكن قطفها بعد 10 أيام على أقرب تقدير. يدعم تمرير التكتل الروتيني مع مخزن مؤقت للتفكك الخالي من الإنزيم تعدد قدرات iPSCs المتولدة لأكثر من 50 مقطعا.
Introduction
تعد المقارنات الجينومية للرئيسيات البشرية وغير البشرية (NHPs) ضرورية لفهم تاريخنا التطوري وتطور السمات الخاصة بالإنسان1. بالإضافة إلى ذلك ، تسمح هذه المقارنات بالاستدلال على الوظيفة من خلال تحديد تسلسلات الحمض النووي المحفوظة2 ، على سبيل المثال ، لتحديد أولويات المتغيرات المرتبطة بالمرض3. تعد مقارنات الأنماط الظاهرية الجزيئية مثل مستويات التعبير الجيني ضرورية لتفسير المقارنات الجينومية بشكل أفضل واكتشاف ، على سبيل المثال ، اختلافات النمط الظاهري الخلوي. علاوة على ذلك ، لديهم – على غرار المقارنات على مستوى الحمض النووي – القدرة على استنتاج الأهمية الوظيفية ، وبالتالي تفسير التباين ذي الصلة طبيا بشكل أفضل داخل البشر4. يتطلب دمج بيانات النمط الظاهري الجزيئي الشاملة في هذه الدراسات المقارنة موارد بيولوجية مناسبة (أي خلايا متعامدة عبر الأنواع). ومع ذلك ، فإن الأسباب الأخلاقية والعملية تجعل من الصعب أو المستحيل الوصول إلى مثل هذه الخلايا المماثلة ، خاصة أثناء التطوير. تسمح الخلايا الجذعية المستحثة متعددة القدرات (iPSCs) بتوليد أنواع الخلايا التي يتعذر الوصول إليها في المختبر 5,6 ، ويمكن الوصول إليها تجريبيا ، وقد تم استخدامها لمقارنات الرئيسيات 6،7،8،9،10،11،12،13،14.
لتوليد iPSCs ، يحتاج المرء إلى الحصول على الخلايا الأولية لإعادة برمجتها. تتمتع الخلايا المعزولة من البول بميزة أنه يمكن أخذ عينات منها بشكل غير جراحي من الرئيسيات ، وأنه يمكن إعادة برمجتها بسهولة ، ربما بسبب الملامح الجزيئية الشبيهة بالخلايا الجذعية15. ظروف الاستزراع للحفاظ على iPSCs الرئيسيات لا تقل أهمية عن إعادة البرمجة. من الناحية الكلاسيكية، تتطلب زراعة الخلايا الجذعية البشرية متعددة القدرات وسيطا غير محدد قائم على المصل وزراعة مشتركة للخلايا الليفية الجنينية للفأر – ما يسمى بالخلايا المغذية – التي توفر العناصر الغذائية الأساسية وسقالة للخلايا الجذعية الجنينية (ESCs)16. منذ تطوير أنظمة الاستزراع المحددة كيميائيا والخالية من التغذية17,18 ، هناك الآن خيارات مختلفة لوسائط ومصفوفات الاستزراع iPSC المتاحة تجاريا. ومع ذلك ، فقد تم تحسين معظم ظروف الثقافة هذه ل ESCs البشرية و iPSCs ، وبالتالي قد تعمل بشكل أقل جودة في ثقافة NHP iPSC. في بروتوكول الفيديو هذا ، نقدم تعليمات لإنشاء وصيانة iPSCs البشرية و NHP المشتقة من زراعة الخلايا البولية.
منذ التقرير الأول لتوليد iPSC عن طريق التعبير القسري لعوامل محددة في الخلايا الليفية في عام 2006 ، تم تطبيق هذه الطريقة على العديد من أنواع الخلايا المختلفة من أصول مختلفة19،20،21،22،23،24،25،26،27،28،29،30،31، 32. من بينها ، يمكن الحصول على الخلايا المشتقة من البول فقط بطريقة غير جراحية تماما. استنادا إلى البروتوكول الموصوف سابقا من قبل Zhou et al.33 ، يمكن للمرء عزل وتوسيع الخلايا من بول الرئيسيات حتى من العينات غير المعقمة ، عن طريق استكمال المضادات الحيوية واسعة الطيف15. والجدير بالذكر أن الخلايا المشتقة من البول التي تم أخذ عينات منها بواسطة هذا البروتوكول تظهر إمكانات عالية لإنتاج iPSCs ، في غضون فترة زمنية أقصر (تصبح المستعمرات مرئية في 5-15 يوما) من إعادة البرمجة التقليدية للخلايا الليفية (20-30 يوما ، في تجربتنا) ، وبمعدل نجاح مرتفع بما فيه الكفاية. تم تصنيف هذه الخلايا المشتقة من البول على أنها مجموعة مختلطة من الخلايا الشبيهة بالخلايا الجذعية الوسيطة والخلايا الظهارية للمثانة ، مما تسبب في كفاءة إعادة برمجة عالية15.
بالإضافة إلى الاختلاف في الخلايا الأولية ، تختلف طرق إعادة البرمجة لإنشاء iPSCs أيضا وفقا للغرض من الاستخدام. تم تنفيذ إجراءات إعادة البرمجة التقليدية للخلايا الجسدية البشرية من خلال الإفراط في التعبير عن عوامل إعادة البرمجة مع ناقلات الفيروسات القهقرية أو الفيروسات العدسية ، مما سمح بدمج الحمض النووي الخارجي في الجينوم5،34،35. للحفاظ على iPSCs المتولدة سليمة جينيا ، طور الباحثون مجموعة متنوعة من الأنظمة غير التكاملية – ناقل PiggyBac القابل للاستئصال 36,37 ، الناقل العرضي38,39 ، نواقل الفيروسات غير المدمجة مثل فيروس سينداي 40 والفيروس الغدي 41 ، نقل mRNA 42 ، نقل البروتين 43,44 ، ومعالجة المركبات الكيميائية 45. نظرا للكفاءة وسهولة التعامل ، يتم استخدام ناقلات إعادة البرمجة المستندة إلى فيروس Sendai في هذا البروتوكول. يتم إجراء إصابة الخلايا الأولية في ثقافة تعليق 1 ساعة من الخلايا والفيروسات في تعدد العدوى (MOI) من 5 قبل الطلاء. يمكن أن تزيد هذه الخطوة المعدلة من احتمالية الاتصال بين أسطح الخلايا والفيروسات ، مقارنة بالطريقة التقليدية التي تضاف فيها الفيروسات مباشرة إلى ثقافة الخلايا الملتصقة ، وبالتالي تنتج المزيد من مستعمرات iPSC15.
يمكن إجراء تمرير الخلايا الجذعية البشرية و NHP متعددة القدرات عن طريق تمرير التكتل وتمرير الخلية الواحدة. حمض الإيثيلين ديامينيترايتيك (EDTA) هو عامل مخلب فعال من حيث التكلفة يربط أيونات الكالسيوم والمغنيسيوم ، وبالتالي يمنع النشاط الملتصق للكاديرين والانتغرين. يستخدم EDTA أيضا ككاشف تفكك انتقائي خفيف ، حيث تنفصل الخلايا غير المتمايزة قبل الخلايا المتمايزة بسبب جزيئات الالتصاق المختلفة. يؤدي التفكك الكامل إلى موت الخلايا الهائل ل iPSCs الرئيسيات عبر الملف الملفوف المرتبط ب Rho / Rho الذي يحتوي على بروتين كيناز (Rho / Rock) بوساطة فرط تنشيط الميوسين. لذلك ، فإن استكمال وسط الاستزراع بمثبط Rho / Rock ضروري للتجارب التي تتطلب خلايا مفردة في تعليق46,47. في هذا البروتوكول ، نوصي بتمرير التكتل كطريقة مرور روتينية ونوصي بتمرير خلية واحدة فقط عندما يكون ذلك ضروريا ، على سبيل المثال ، عندما يكون البذر لأرقام الخلايا المحددة مطلوبا ، أو أثناء الاستنساخ الفرعي.
Protocol
Representative Results
Discussion
تعد iPSCs أنواعا قيمة من الخلايا لأنها تسمح بتوليد أنواع الخلايا التي يتعذر الوصول إليها في المختبر. كمواد أولية لإعادة البرمجة ، على سبيل المثال ، لا تتوفر الخلايا الليفية بسهولة من جميع أنواع الرئيسيات ، تقدم هذه الورقة بروتوكولا لتوليد iPSCs من الخلايا المشتقة من البول. يمكن الحصول على…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
تم دعم هذا العمل من قبل DFG EN 1093 / 5-1 (رقم المشروع 458247426). تم دعم M.O. من قبل زمالة JSPS للأبحاث الخارجية. تم إنشاء جميع الأرقام مع BioRender.com. تم إجراء قياس التدفق الخلوي بمساعدة قياس التدفق الخلوي للمرفق الأساسي في المركز الطبي الحيوي في ميونيخ. نود أن نشكر ماكوتو شيدا وتومويو موتو من ASHBi ، جامعة كيوتو ، لدعم تصوير الفيديو.
Materials
| Accumax™ cell detachment solution (Detachment solution) | Sigma-Aldrich | SCR006 | |
| Amphotericin B-Solution | Merck | A2941-100ML | |
| Anti-Human TRA-1-60 Mouse Antibody | Stem Cell Technologies | 60064 | Dilution: 1/200 |
| Anti-Human TRA-1-60 PE-conjugated Antibody | Miltenyi Biotec | 130-122-965 | Dilution: 1/50 |
| Bambanker™ (Cell freezing medium) | Nippon Genetics | BB01 | |
| Bovine Serum Albumin (BSA) | Sigma-Aldrich | A3059-100G | |
| Cell culture multiwell plate, 12-well CELLSTAR | Greiner BIO-ONE | 665180 | |
| Countess™ II automated cell counter | Thermo Fisher Scientific | AMQAX1000 | |
| CryoKing® 1.5 mL Tubes with 2D Barcode (Cryotubes) | Sued-Laborbedarf | 52 95-0213 | Different types of Cryotubes can be used for freezing. The 2D barcode tubes have the advantage that the sample info can be stored in a database with unique tube information. |
| CytoTune™ EmGFP Sendai Fluorencence Reporter (GFP Sendai virus) | Thermo Fisher Scientific | A16519 | |
| CytoTune™-iPS 2.0 Sendai Reprogramming Kit (Sendai virus reprogramming kit) | Thermo Fisher Scientific | A16518 | |
| DAPI 4',6-Diamidine-2'-phenylindole dihydrochloride | Sigma-Aldrich | 10236276001 | |
| DMEM High Glucose | TH.Geyer | L0102 | |
| DMEM/F12 w L-glutamine | Fisher Scientific | 15373541 | |
| Donkey anti-Mouse IgG (H+L) Highly Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor™ 488 | Thermo Fisher Scientific | A-21202 | Dilution: 1/500 |
| Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) Highly Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor™ 594 | Thermo Fisher Scientific | A-21207 | Dilution: 1/500 |
| DPBS w/o Calcium w/o Magnesium | TH.Geyer | L0615-500 | |
| EpCAM Recombinant Polyclonal Rabbit Antibody (22 HCLC) | Thermo Fisher Scientific | 710524 | Dilution: 1/500 |
| Ethylenediamine tetraacetic acid (EDTA) | Carl Roth | CN06.3 | |
| Falcon Tube 15 mL conical bottom | Greiner BIO-ONE | 188271-N | |
| Falcon Tube 50 mL conical bottom | Greiner BIO-ONE | 227261 | |
| Fetal Bovine Serum, qualified, heat inactivated, Brazil (FBS) | Thermo Fisher Scientific | 10500064 | |
| FlowJo V10.8.2 | FlowJo | 663441 | |
| Gelatin from porcine skin | Sigma-Aldrich | G1890-1KG | |
| Geltrex™ LDEV-Free, hESC-Qualified, Reduced Growth Factor Basement Membrane Matrix | Thermo Fisher Scientific | A1413301 | |
| GlutaMAX™ Supplement | Thermo Fisher Scientific | 35050038 | |
| Heracell™ 240i CO2 incubator | Fisher Scientific | 16416639 | |
| Heraeus HeraSafe safety cabinet | Kendro | 51017905 | |
| Human EGF, premium grade | Miltenyi Biotec | 130-097-749 | |
| ImageJ | Fiji | Version 2.9.0 | |
| MEM Non-Essential Amino Acids Solution (100X) | Thermo Fisher Scientific | 11140035 | |
| Microcentrifugation tube PP, 1.5 mL | Nerbe Plus | 04-212-1000 | |
| Microscope Nikon eclipse TE2000-S | Nikon | TE2000-S | |
| Mouse anti-alpha-Fetoprotein antibody | R&D Systems | MAB1368 | Dilution: 1/100 |
| Mouse anti-alpha-Smooth Muscle Actin antibody | R&D Systems | MAB1420 | Dilution: 1/100 |
| Mouse anti-beta-III Tubulin antibody | R&D Systems | MAB1195 | Dilution: 1/100 |
| mTeSR™ 1 | STEMCELL Technolgies | 85850 | |
| Nanog (D73G4) XP Rabbit mAb | Cell Signaling Technology | 4903S | Dilution: 1/400 |
| Normocure™ (Antimicrobial Reagent) | Invivogen | ant-noc | |
| Oct-4 Rabbit Antibody | Cell Signaling Technology | 2750S | Dilution: 1/400 |
| Paraformaldehyde (PFA) | Sigma-Aldrich | 441244-1KG | |
| Penicillin-Streptomycin (10.000 U/ml) (PS) | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | Penicillin-Streptomycin mix contains 100 U/mL Penicillin and 100 µg/mL Streptomycin. |
| Recombinant Human FGF-basic | PeproTech | 100-18B | |
| Recombinant Human PDGF-AB | PeproTech | 100-00AB | |
| Refrigerated benchtop centrifuge | SIGMA | 4-16KS | |
| Renal Epithelial Cell Basal Medium | ATCC | PCS-400-030 | |
| Renal Epithelial Cell Growth Kit | ATCC | PCS-400-040 | |
| Sox2 (L1D6A2) Mouse mAb #4900 | Cell Signaling Technology | 4900S | Dilution: 1/400 |
| SSEA4 (MC813) Mouse mAb | NEB | 4755S | Dilution: 1/500 |
| StemFit® Basic02 | Nippon Genetics | 3821.00 | The production of this medium was discontinued, use StemFit Basic04CT for human cell lines or StemFit Basic03 for non-human primates instead. |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | T8787-50ML | |
| TrypLE™ Select Enzyme (1x), no phenol red (Dissociation enzyme) | Thermo Fisher Scientific | 12563011 | |
| Waterbath Precision GP 05 | Thermo Fisher Scientific | TSGP05 | |
| Y-27632, Dihydrochloride Salt (Rock Inhibitor) | Biozol | BYT-ORB153635 | |
| Antibody dilution buffer | For composition see the supplementary table S1 | ||
| Blocking buffer | For composition see the supplementary table S1 | ||
| REMC medium | For composition see the supplementary table S1 | ||
| Primary urine medium | For composition see the supplementary table S1 | ||
| PSC culture medium | For composition see the supplementary table S1 | ||
| PSC generation medium | For composition see the supplementary table S1 | ||
| Urine wash buffer | For composition see the supplementary table S1 |
References
- Pääbo, S. The human condition-a molecular approach. Cell. 157 (1), 216-226 (2014).
- Zoonomia Consortium, . A comparative genomics multitool for scientific discovery and conservation. Nature. 587 (7833), 240-245 (2020).
- Kircher, M., et al. A general framework for estimating the relative pathogenicity of human genetic variants. Nature Genetics. 46 (3), 310-315 (2014).
- Enard, W. Functional primate genomics-leveraging the medical potential. Journal of Molecular Medicine. 90 (5), 471-480 (2012).
- Takahashi, K., et al. Induction of pluripotent stem cells from adult human fibroblasts by defined factors. Cell. 131 (5), 861-872 (2007).
- Wunderlich, S., et al. Primate iPS cells as tools for evolutionary analyses. Stem Cell Research. 12 (3), 622-629 (2014).
- Denli, A. M., et al. Primate-specific ORF0 contributes to retrotransposon-mediated diversity. Cell. 163 (3), 583-593 (2015).
- Ramsay, L., et al. Conserved expression of transposon-derived non-coding transcripts in primate stem cells. BMC Genomics. 18 (1), 214 (2017).
- Marchetto, M. C. N., et al. Differential L1 regulation in pluripotent stem cells of humans and apes. Nature. 503 (7477), 525-529 (2013).
- Gallego Romero, ., I, , et al. A panel of induced pluripotent stem cells from chimpanzees: a resource for comparative functional genomics. eLife. 4, 07103 (2015).
- Pavlovic, B. J., Blake, L. E., Roux, J., Chavarria, C., Gilad, Y. A comparative assessment of human and chimpanzee iPSC-derived cardiomyocytes with primary heart tissues. Scientific Reports. 8 (1), 15312 (2018).
- Rhodes, K., et al. Human embryoid bodies as a novel system for genomic studies of functionally diverse cell types. eLife. 11, 71361 (2022).
- Kanton, S., et al. Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development. Nature. 574 (7778), 418-422 (2019).
- Dannemann, M., Gallego Romero, ., I, Harnessing pluripotent stem cells as models to decipher human evolution. The FEBS Journal. 289 (11), 2992-3010 (2022).
- Geuder, J., et al. A non-invasive method to generate induced pluripotent stem cells from primate urine. Scientific Reports. 11 (1), 3516 (2021).
- Thomson, J. A., et al. Embryonic stem cell lines derived from human blastocysts. Science. 282 (5391), 1145-1147 (1998).
- Ludwig, T. E., et al. Feeder-independent culture of human embryonic stem cells. Nature Methods. 3 (8), 637-646 (2006).
- Chen, G., et al. Chemically defined conditions for human iPSC derivation and culture. Nature Methods. 8 (5), 424-429 (2011).
- Aoi, T., et al. Generation of pluripotent stem cells from adult mouse liver and stomach cells. Science. 321 (5889), 699-702 (2008).
- Kim, J. B., et al. Pluripotent stem cells induced from adult neural stem cells by reprogramming with two factors. Nature. 454 (7204), 646-650 (2008).
- Ruiz, S., et al. High-efficient generation of induced pluripotent stem cells from human astrocytes. PloS One. 5 (12), (2010).
- Aasen, T., et al. Efficient and rapid generation of induced pluripotent stem cells from human keratinocytes. Nature Biotechnology. 26 (11), 1276-1284 (2008).
- Park, I. -. H., et al. Disease-specific induced pluripotent stem cells. Cell. 134 (5), 877-886 (2008).
- Loh, Y. -. H., et al. Reprogramming of T cells from human peripheral blood. Cell Stem Cell. 7 (1), 15-19 (2010).
- Li, C., et al. Pluripotency can be rapidly and efficiently induced in human amniotic fluid-derived cells. Human Molecular Genetics. 18 (22), 4340-4349 (2009).
- Sun, N., et al. Feeder-free derivation of induced pluripotent stem cells from adult human adipose stem cells. Proceedings of the National Academy of Sciences. 106 (37), 15720-15725 (2009).
- Giorgetti, A., et al. Generation of induced pluripotent stem cells from human cord blood using. OCT4 and SOX2. Cell Stem Cell. 5 (4), 353-357 (2009).
- Eminli, S., et al. Differentiation stage determines potential of hematopoietic cells for reprogramming into induced pluripotent stem cells. Nature Genetics. 41 (9), 968-976 (2009).
- Haase, A., et al. Generation of induced pluripotent stem cells from human cord blood. Cell Stem Cell. 5 (4), 434-441 (2009).
- Staerk, J., et al. Reprogramming of human peripheral blood cells to induced pluripotent stem cells. Cell Stem Cell. 7 (1), 20-24 (2010).
- Zhou, T., et al. Generation of induced pluripotent stem cells from urine. Journal of the American Society of Nephrology. 22 (7), 1221-1228 (2011).
- Takahashi, K., Yamanaka, S. Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors. Cell. 126 (4), 663-676 (2006).
- Zhou, T., et al. Generation of human induced pluripotent stem cells from urine samples. Nature Protocols. 7 (12), 2080-2089 (2012).
- Yu, J., et al. Induced pluripotent stem cell lines derived from human somatic cells. Science. 318 (5858), 1917-1920 (2007).
- Wernig, M., et al. In vitro reprogramming of fibroblasts into a pluripotent ES-cell-like state. Nature. 448 (7151), 318-324 (2007).
- Woltjen, K., et al. piggyBac transposition reprograms fibroblasts to induced pluripotent stem cells. Nature. 458 (7239), 766-770 (2009).
- Kaji, K., et al. Virus-free induction of pluripotency and subsequent excision of reprogramming factors. Nature. 458 (7239), 771-775 (2009).
- Yu, J., et al. Human induced pluripotent stem cells free of vector and transgene sequences. Science. 324 (5928), 797-801 (2009).
- Okita, K., et al. A more efficient method to generate integration-free human iPS cells. Nature Methods. 8 (5), 409-412 (2011).
- Seki, T., et al. Generation of induced pluripotent stem cells from human terminally differentiated circulating T cells. Cell Stem Cell. 7 (1), 11-14 (2010).
- Zhou, W., Freed, C. R. Adenoviral gene delivery can reprogram human fibroblasts to induced pluripotent stem cells. Stem Cells. 27 (11), 2667-2674 (2009).
- Warren, L., et al. Highly efficient reprogramming to pluripotency and directed differentiation of human cells with synthetic modified mRNA. Cell Stem Cell. 7 (5), 618-630 (2010).
- Zhou, H., et al. Generation of induced pluripotent stem cells using recombinant proteins. Cell Stem Cell. 4 (5), 381-384 (2009).
- Kim, D., et al. Generation of human induced pluripotent stem cells by direct delivery of reprogramming proteins. Cell Stem Cell. 4 (6), 472-476 (2009).
- Guan, J., et al. Chemical reprogramming of human somatic cells to pluripotent stem cells. Nature. 605 (7909), 325-331 (2022).
- Watanabe, K., et al. A ROCK inhibitor permits survival of dissociated human embryonic stem cells. Nature Biotechnology. 25 (6), 681-686 (2007).
- Ohgushi, M., et al. Molecular pathway and cell state responsible for dissociation-induced apoptosis in human pluripotent stem cells. Cell Stem Cell. 7 (2), 225-239 (2010).
- Ohnuki, M., et al. Dynamic regulation of human endogenous retroviruses mediates factor-induced reprogramming and differentiation potential. Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (34), 12426-12431 (2014).
- Rouhani, F., et al. Genetic background drives transcriptional variation in human induced pluripotent stem cells. PLoS Genetics. 10 (6), 1004432 (2014).
- Kim, K., et al. Epigenetic memory in induced pluripotent stem cells. Nature. 467 (7313), 285-290 (2010).
- Polo, J. M., et al. Cell type of origin influences the molecular and functional properties of mouse induced pluripotent stem cells. Nature Biotechnology. 28 (8), 848-855 (2010).
- Koyanagi-Aoi, M., et al. Differentiation-defective phenotypes revealed by large-scale analyses of human pluripotent stem cells. Proceedings of the National Academy of Sciences. 110 (51), 20569-20574 (2013).
- Nishizawa, M., et al. Epigenetic variation between human induced pluripotent stem cell lines is an indicator of differentiation capacity. Cell Stem Cell. 19 (3), 341-354 (2016).
- Yokobayashi, S., et al. Inherent genomic properties underlie the epigenomic heterogeneity of human induced pluripotent stem cells. Cell Reports. 37 (5), 109909 (2021).
