Summary

Un protocollo efficiente per l'analisi CUT&RUN di cellule satelliti di topo isolate da FACS

Published: July 07, 2023
doi:

Summary

Di seguito viene presentato un protocollo efficiente per l’isolamento di cellule satelliti di cellule di arto di topo (FACS) attivato dalla fluorescenza, adattato allo studio della regolazione della trascrizione nelle fibre muscolari mediante scissione sotto bersagli e rilascio mediante nucleasi (CUT&RUN).

Abstract

Le analisi dell’intero genoma con popolazioni di piccole cellule sono un vincolo importante per gli studi, in particolare nel campo delle cellule staminali. Questo lavoro descrive un protocollo efficiente per l’isolamento di cellule satelliti dal muscolo dell’arto, un tessuto con un alto contenuto di proteine strutturali. I muscoli degli arti sezionati da topi adulti sono stati interrotti meccanicamente tritando in mezzo integrato con dispasi e collagenasi di tipo I. Al momento della digestione, l’omogenato è stato filtrato attraverso filtri cellulari e le cellule sono state sospese in un tampone FACS. La vitalità è stata determinata con una colorazione di vitalità fissabile e le cellule satelliti immunocolorate sono state isolate mediante FACS. Le cellule sono state lisate con Triton X-100 e i nuclei rilasciati sono stati legati a perle magnetiche di concanavalina A. I complessi nucleo/perla sono stati incubati con anticorpi contro il fattore di trascrizione o le modificazioni istoniche di interesse. Dopo i lavaggi, i complessi nucleo/microperla sono stati incubati con la proteina A-micrococcica nucleasi e la scissione della cromatina è stata iniziata con CaCl2. Dopo l’estrazione del DNA, sono state generate e sequenziate librerie e i profili per il legame del fattore di trascrizione a livello di genoma e le modifiche covalenti degli istoni sono stati ottenuti mediante analisi bioinformatica. I picchi ottenuti per i vari marcatori istonici hanno mostrato che gli eventi di legame erano specifici per le cellule satelliti. Inoltre, l’analisi dei motivi noti ha rivelato che il fattore di trascrizione era legato alla cromatina attraverso il suo elemento di risposta affine. Questo protocollo è quindi adattato per studiare la regolazione genica nelle cellule satelliti dei muscoli degli arti dei topi adulti.

Introduction

I muscoli striati scheletrici rappresentano in media il 40% del peso totale del corpo umano1. Le fibre muscolari mostrano una notevole capacità di rigenerazione in caso di lesione, che è descritta dalla fusione di miociti di nuova formazione e dalla generazione di nuove miofibre che sostituiscono quelle danneggiate2. Nel 1961, Alexander Mauro riportò una popolazione di cellule mononucleate che definì cellule satelliti3. Queste cellule staminali esprimono il fattore di trascrizione 7 (PAX7) e si trovano tra la lamina basale e il sarcolemma delle fibre muscolari4. È stato riportato che esprimono il cluster di differenziazione 34 (CD34; un marcatore ematopoietico, progenitore endoteliale e delle cellule staminali mesenchimali), l’integrina alfa 7 (ITGA7; un marcatore del muscolo liscio, cardiaco e scheletrico), nonché il recettore delle chemochine C-X-C di tipo 4 (CXCR4; un marcatore linfocitario, ematopoietico e di cellule satelliti)5. In condizioni basali, le cellule satelliti risiedono in un particolare microambiente che le mantiene in uno stato di quiescenza6. In caso di danno muscolare, si attivano, proliferano e vanno incontro a miogenesi7. Tuttavia, contribuendo solo a una frazione minore del numero totale di cellule muscolari, le loro analisi dell’intero genoma sono particolarmente impegnative, specialmente in contesti fisiologici (<1% delle cellule totali).

Sono stati descritti vari metodi per l’isolamento della cromatina dalle cellule satelliti, che coinvolgono l’immunoprecipitazione della cromatina seguita da massicci esperimenti di sequenziamento parallelo (ChIP-seq) o di scissione sotto bersagli e tagmentazione (CUT&Tag). Tuttavia, queste due tecniche presentano alcuni limiti significativi che rimangono incontestati. Infatti, ChIP-seq richiede un’elevata quantità di materiale di partenza per generare una quantità sufficiente di cromatina, gran parte della quale viene persa durante la fase di sonicazione. CUT&Tag è più appropriato per un basso numero di cellule, ma genera più siti di clivaggio fuori bersaglio rispetto a ChIP-seq a causa dell’attività della trasposasi Tn5. Inoltre, poiché questo enzima ha un’elevata affinità per le regioni a cromatina aperta, l’approccio CUT&Tag potrebbe essere utilizzato preferenzialmente per analizzare le modificazioni istoniche o i fattori di trascrizione associati a regioni del genoma attivamente trascritte, invece dell’eterocromatinasilenziata 8,9.

Di seguito viene presentato un protocollo dettagliato che consente l’isolamento delle cellule satelliti muscolari degli arti di topo mediante FACS per la scissione sotto i bersagli e il rilascio utilizzando l’analisi della nucleasi (CUT&RUN)10,11. Le varie fasi comportano l’interruzione meccanica del tessuto, l’ordinamento cellulare e l’isolamento dei nuclei. L’efficacia del metodo, per quanto riguarda la preparazione di una sospensione cellulare vitale, è stata dimostrata eseguendo l’analisi CUT&RUN per le modificazioni degli istoni covalenti e i fattori di trascrizione. La qualità delle cellule isolate rende il metodo descritto particolarmente interessante per la preparazione della cromatina che cattura fedelmente lo stato di occupazione genomica nativa ed è probabile che sia adatta per catturare la conformazione cromosomica in combinazione con il sequenziamento ad alto rendimento in loci specifici (4C-seq) o a livelli a livello di genoma (Hi-C).

Protocol

I topi sono stati tenuti in un ricovero accreditato, in conformità con le Linee Guida Nazionali per la Cura degli Animali (direttiva 86/609/CEE della Commissione Europea; Decreto francese n. 87-848) sull’uso di animali da laboratorio a fini di ricerca. Le manipolazioni previste sono state presentate al Comitato Etico (Com’Eth, Strasburgo, Francia) e al Ministero della Ricerca Francese (MESR) per la valutazione etica e l’autorizzazione secondo la direttiva 2010/63/UE con il numero APAFIS #22281. <p class="jove_title"…

Representative Results

Le cellule satelliti dei muscoli scheletrici del topo sono state isolate combinando i protocolli di Gunther et al. (di seguito Protocollo 1)12 e di Liu et al.23 (di seguito Protocollo 2). Poiché sono state osservate fibre muscolari non digerite dopo la digestione quando si utilizzava la concentrazione di collagenasi e dispasi proposta nel Protocollo 1, la quantità di enzimi è stata aumentata per migliorare la dissociazione delle fibre muscolari, come descritto nei passag…

Discussion

Il presente studio riporta un metodo standardizzato, affidabile e di facile esecuzione per l’isolamento e la coltura di cellule satelliti di topo, nonché la valutazione della regolazione trascrizionale mediante il metodo CUT&RUN.

Questo protocollo prevede diversi passaggi critici. Il primo è la disgregazione muscolare e la digestione delle fibre per garantire un elevato numero di cellule raccolte. Nonostante l’aumento della concentrazione enzimatica, sono state ottenute più cellule viventi …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Ringraziamo Anastasia Bannwarth per l’eccellente assistenza tecnica. Ringraziamo la struttura IGBMC, la coltura cellulare, l’Istituto clinico del topo (ICS, Illkirch, Francia), l’imaging, la microscopia elettronica, la citometria a flusso e la piattaforma GenomEast, membro del consorzio “France Génomique” (ANR-10-INBS-0009).

Questo lavoro dell’Istituto Tematico Interdisciplinare IMCBio, nell’ambito del programma ITI 2021-2028 dell’Università di Strasburgo, del CNRS e dell’Inserm, è stato sostenuto da IdEx Unistra (ANR-10-IDEX-0002) e dal progetto SFRI-STRAT’US (ANR 20-SFRI-0012) e EUR IMCBio (ANR-17-EURE-0023) nell’ambito del programma francese Investments for the Future. Ulteriori finanziamenti sono stati erogati dall’INSERM, dal CNRS, dall’Unistra, dall’IGBMC, dall’Agence Nationale de la Recherche (ANR-16-CE11-0009, AR2GR), dal programma strategico AFM-Téléthon 24376 (a D.D.), INSERM young researcher grant (to D.D.), ANR-10-LABX-0030-INRT, e da un fondo statale francese gestito dall’ANR nell’ambito del programma quadro Investissements d’Avenir (ANR-10-IDEX-0002-02). J.R. è stato sostenuto dal Programma CDFA-07-22 dell’Université franco-allemande e Ministère de l’Enseignement Supérieur de la Recherche et de l’Innovation, e K.G. dall’Association pour la Recherche à l’IGBMC (ARI).

Materials

1.5 mL microtube Eppendorf 2080422
2 mL microtube Star Lab S1620-2700
5 mL tubes CORNING-FALCON 352063
50 mL tubes Falcon 352098
anti-AR abcam ab108341
anti-CD11b eBioscience 25-0112-82
anti-CD31 eBioscience 12-0311-82
anti-CD34 eBioscience 48-0341-82
anti-CD45 eBioscience 12-0451-83
anti-CXCR4 eBioscience 17-9991-82
anti-DMD abcam ab15277
anti-H3K27ac Active Motif 39133
anti-H3K4me2 Active Motif 39141
anti-ITGA7 MBL k0046-4
anti-PAX7 DSHB AB_528428
anti-TER119 BD Pharmingen TM 553673
Beads Polysciences 86057-3 BioMag®Plus Concanavalin A
Cell Strainer 100 µm Corning®  431752
Cell Strainer 40 µm Corning®  431750
Cell Strainer 70 µm Corning®  431751
Centrifuge 1 Eppendorf 521-0011 Centrifuge 5415 R
Centrifuge 2 Eppendorf 5805000010 Centrifuge 5804 R
Chamber Slide System  ThermoFischer 171080 Système Nunc™ Lab-Tek™ Chamber Slide
Cleaning agent Sigma   SLBQ7780V RNaseZAPTM
Collagenase, type I  Thermo Fisher 17100017 10 mg/mL
Dispase  STEMCELL technologies 7913 5 U/mL
DynaMag™-2 Aimant Invitrogen 12321D
Fixable Viability Stain BD Biosciences 565388
Flow cytometer BD FACSAria™ Fusion Flow Cytometer 23-14816-01
Fluoromount G with DAPI Invitrogen 00-4959-52
Genome browser  IGV http://software.broadinstitute.org/software/igv/
Glycerol  Sigma-Aldrich G9012
Hydrogel Corning®  354277 Matrigel hESC qualified matrix
Image processing software Image J® V 1.8.0
Laboratory film Sigma-Aldrich P7793-1EA PARAFILM® M
Liberase LT Roche 5401020001
Propyl gallate Sigma-Aldrich 2370
Sequencer  Illumina Hiseq 4000 SY-401-4001
Shaking water bath Bioblock Scientific polytest 20 18724

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Ghaibour, K., Rizk, J., Ebel, C., Ye, T., Philipps, M., Schreiber, V., Metzger, D., Duteil, D. An Efficient Protocol for CUT&RUN Analysis of FACS-Isolated Mouse Satellite Cells. J. Vis. Exp. (197), e65215, doi:10.3791/65215 (2023).

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