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जीनोम चौड़ा चिप का उपयोग isoform विशेष जीन लक्ष्य पहचानें विश्लेषण
JoVE 신문
생물학
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JoVE 신문 생물학
Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets
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जीनोम चौड़ा चिप का उपयोग isoform विशेष जीन लक्ष्य पहचानें विश्लेषण

DOI:
10.3791/2101-v

•

11:19 min

•

July 07, 2010

•

, , , , , ,
1Department of Biochemistry and Molecular Genetics,University of Illinois Chicago – UIC, 2Research Unit on Biomedical Informatics,Universitat Pompeu Fabra, 3Genome Technology Core,Whitehead Institute for Biomedical Research

Chapters

  • 00:00Title
  • 00:53Introduction
  • 01:33Cell Cross-linking
  • 02:39Cell Sonication
  • 04:03Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)
  • 07:06Amplification of Genomic DNA
  • 08:27Gel Purification of Amplified Products
  • 09:46Representative Results for Genome-wide Analysis Using ChIP
  • 10:53Conclusion

Summary

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यहाँ हम जीनोम चौड़ा प्रोटीन isoforms है कि एक histone बाध्यकारी डोमेन में अलग स्थान विश्लेषण के लिए एक chromatin immunoprecipitation प्रक्रिया (चिप) प्रस्तुत कर रहे हैं. हम यह चिप Seq विश्लेषण के लिए आवेदन कर रहे हैं KDM5A/JARID1A/RBP2 histone demethylase के लक्ष्यों की पहचान.

Tags

Genome-wide AnalysisChIPIsoform-specific Gene TargetsTranscriptional FactorsEpigenetic FactorsProtein DomainsPlant Homeodomain (PHD)Histone ModificationsRBP2Oncogenic FusionHuman LeukemiaTrimethylated Lysine 4Histone H3 (H3K4me3)RBP2 IsoformDifferentiationU937 CellsGenomic RegionsHistone Demethylase ActivityTranscriptional Activity

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