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iCLIP - व्यक्तिगत nucleotide संकल्प के साथ transcriptome प्रोटीन शाही सेना सहभागिता के व्यापक मानचित्रण
JoVE 신문
생물학
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JoVE 신문 생물학
iCLIP – Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution
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iCLIP - व्यक्तिगत nucleotide संकल्प के साथ transcriptome प्रोटीन शाही सेना सहभागिता के व्यापक मानचित्रण

DOI:
10.3791/2638-v

•

10:45 min

•

April 30, 2011

•

, , , , , , , ,
1Laboratory of Molecular Biology,Medical Research Council – MRC, 2European Bioinformatics Institute,EMBL Heidelberg, 3Computer and Information Science,University of Ljubljana, 4Wellcome Trust Genome Campus,Wellcome Trust Sanger Institute

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:19UV Cross-linking of Tissue Culture Cells
  • 02:10Bead Preparation
  • 02:53Cell Lysis and Partial RNA Digestion
  • 03:47Immunoprecipitation
  • 04:26RNA 5′ End Labelling
  • 05:08SDS-PAGE and Membrane Transfer
  • 06:27Gel Purification of cDNA
  • 08:44Representative Results
  • 10:00Conclusion

Summary

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एक प्रतिलेख पर शाही सेना - बंधनकारी प्रोटीन के स्थानिक व्यवस्था के बाद transcriptional विनियमन के एक प्रमुख निर्धारक है. इसलिए, हम व्यक्ति nucleotide संकल्प यूवी crosslinking और immunoprecipitation (iCLIP) है कि एक शाही सेना बाध्यकारी प्रोटीन बाध्यकारी साइटों के सटीक जीनोम चौड़ा मैपिंग की अनुमति देता है विकसित की है.

Tags

ICLIPTranscriptome-wide MappingProtein-RNA InteractionsIndividual Nucleotide ResolutionRNA-binding ProteinsPost-transcriptional RegulationPositional InformationBinding SitesBiochemical MethodsNative Cellular ContextAffinity PurificationImmunoprecipitationDifferential DisplayMicroarray AnalysisRIP-CHIPIndirect InteractionsNon-physiological InteractionsCLIP (UV Cross-linking And Immunoprecipitation)UV Cross-linkingRigorous Purification SchemesDenaturing Polyacrylamide Gel ElectrophoresisHigh-throughput Sequencing TechnologiesHITS-CLIPCLIP-seqPAR-CLIPPhotoreactive Ribonucleoside Analogs

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