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iClip - trascrittoma livello Mappatura delle interazioni proteina-RNA con risoluzione individuale Nucleotide
JoVE 신문
생물학
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JoVE 신문 생물학
iCLIP – Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution
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iClip - trascrittoma livello Mappatura delle interazioni proteina-RNA con risoluzione individuale Nucleotide

DOI:
10.3791/2638-v

•

10:45 min

•

April 30, 2011

•

, , , , , , , ,
1Laboratory of Molecular Biology,Medical Research Council – MRC, 2European Bioinformatics Institute,EMBL Heidelberg, 3Computer and Information Science,University of Ljubljana, 4Wellcome Trust Genome Campus,Wellcome Trust Sanger Institute

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:19UV Cross-linking of Tissue Culture Cells
  • 02:10Bead Preparation
  • 02:53Cell Lysis and Partial RNA Digestion
  • 03:47Immunoprecipitation
  • 04:26RNA 5′ End Labelling
  • 05:08SDS-PAGE and Membrane Transfer
  • 06:27Gel Purification of cDNA
  • 08:44Representative Results
  • 10:00Conclusion

Summary

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La disposizione spaziale di RNA-binding proteins in una trascrizione è un fattore determinante di regolazione post-trascrizionale. Pertanto, abbiamo sviluppato i singoli nucleotide reticolazione UV risoluzione e immunoprecipitazione (iClip) che permette preciso genoma mappatura dei siti di legame di una RNA-binding protein.

Tags

ICLIPTranscriptome-wide MappingProtein-RNA InteractionsIndividual Nucleotide ResolutionRNA-binding ProteinsPost-transcriptional RegulationPositional InformationBinding SitesBiochemical MethodsNative Cellular ContextAffinity PurificationImmunoprecipitationDifferential DisplayMicroarray AnalysisRIP-CHIPIndirect InteractionsNon-physiological InteractionsCLIP (UV Cross-linking And Immunoprecipitation)UV Cross-linkingRigorous Purification SchemesDenaturing Polyacrylamide Gel ElectrophoresisHigh-throughput Sequencing TechnologiesHITS-CLIPCLIP-seqPAR-CLIPPhotoreactive Ribonucleoside Analogs

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