Retningslinjer for datamaskin basert strukturell og funksjonell karakterisering av protein bruke I-TASSER rørledning er beskrevet. Fra spørringen protein sekvens, er 3D-modeller genereres ved hjelp av flere tråder alignments og iterativ strukturell montering simuleringer. Funksjonelle slutninger er deretter trukket basert på kamper til proteiner med kjent struktur og funksjoner.