Annotation of Plant Gene Function via Combined Genomics, Metabolomics and Informatics

Takayuki Tohge; Alisdair R. Fernie

doi:10.3791/3487

/

Annotation de la fonction des gènes des plantes par l'intermédiaire de génomique, la métabolomique et combinés informatique

JoVE 신문
생물학

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JoVE 신문 생물학

Annotation of Plant Gene Function via Combined Genomics, Metabolomics and Informatics

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Annotation de la fonction des gènes des plantes par l'intermédiaire de génomique, la métabolomique et combinés informatique

DOI:

10.3791/3487-v

•

08:09 min

•

June 17, 2012

•

Takayuki Tohge, Alisdair R. Fernie

¹Molekulare Pflanzenphysiologie,Max-Planck-Institut

Chapters

00:05Title
01:31Extraction and Metabolite Profiling by LC-MS
03:06Data Analysis and Prediction of Metabolic Pathway and Gene List
04:31Co-expressed Gene Analysis
05:41Integration of All Information to Predict New Pathways
07:02Results: Co-regulation Network Analysis of the Anthocyanin Pathway
07:52Conclusion

Summary

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Combinaison de la génomique, l'analyse du gène co-expression et l'identification de composés cibles par métabolisme donner annotation des gènes fonctionnels.

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Induite par le virus Gene Silencing (VIGS) dans Nicotiana benthamiana Et aux tomates

Tri cellulaire activé par fluorescence des protoplastes végétaux

Un β-glucuronidase (GUS) dosage basé mort cellulaire

Agrobacterium induite par le virus Assay Gene Silencing En Coton

Immunofluorescence combinés et FISH ADN sur 3D préservé noyaux en interphase pour étudier les changements dans l'organisation nucléaire 3D

Visualisation Fréquence Stromule avec Fluorescence Microscopy

Protéine fluorescente verte bibloc pour visualiser les effecteurs livré de bactéries lors de l’Infection

Imagerie en direct à haut débit des microcolonies pour mesurer l’hétérogénéité de la croissance et de l’expression des gènes

mirMachine : un guichet unique pour l’annotation des miARN végétaux

Détermination de l’interaction tripartite entre deux monomères d’un facteur de transcription MADS-box et d’une protéine de capteur de calcium par essai BiFC-FRET-FLIM

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Tri cellulaire activé par fluorescence des protoplastes végétaux

Un β-glucuronidase (GUS) dosage basé mort cellulaire

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Immunofluorescence combinés et FISH ADN sur 3D préservé noyaux en interphase pour étudier les changements dans l'organisation nucléaire 3D

Visualisation Fréquence Stromule avec Fluorescence Microscopy

Protéine fluorescente verte bibloc pour visualiser les effecteurs livré de bactéries lors de l’Infection

Imagerie en direct à haut débit des microcolonies pour mesurer l’hétérogénéité de la croissance et de l’expression des gènes

mirMachine : un guichet unique pour l’annotation des miARN végétaux

Détermination de l’interaction tripartite entre deux monomères d’un facteur de transcription MADS-box et d’une protéine de capteur de calcium par essai BiFC-FRET-FLIM

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