Denne protokollen er med hell brukes til å kvantitativt oppdage nivåer og arealutnyttelse av mRNA uttrykk i flere vevstyper over arter virveldyr. Metoden kan oppdage lav overflod utskrifter og tillater behandling av hundrevis av lysbilder samtidig. Vi presenterer denne protokollen ved hjelp av uttrykk profilering av aviær embryonale hjerne formasjon som et eksempel.