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ハイスループットSHAPEを使用したRNA二次構造予測
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JoVE 신문 생물학
RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE
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ハイスループットSHAPEを使用したRNA二次構造予測

DOI:
10.3791/50243-v

•

13:42 min

•

May 31, 2013

•

, , , ,
1RT Biochemistry Section, HIV Drug Resistance Program,Frederick National Laboratory for Cancer Research

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:40RNA Folding
  • 03:09Chemical Modification of the RNA
  • 04:33Reverse Transcription
  • 07:08Preparation of Sequencing Ladder and Capillary Electrophoresis
  • 09:55ShapeFinder Software
  • 11:15Data Normalization
  • 11:51Results: RNA Structure Determination using RNA Structure Software
  • 12:53Conclusion

Summary

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プライマー伸長により解析し、高スループット選択2 'ヒドロキシルアシル化（SHAPE）数百から一塩基の解像度で数千ヌクレオチドRNAの構造を決定するための技術が、逆転写、キャピラリー電気泳動および二次構造予測ソフトウェアをプロービングする新規化学物質を利用しています。

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Keywords: RNA Secondary StructureHigh-throughput SHAPEChemical ProbingReverse TranscriptionCapillary ElectrophoresisShapeFinderRNAStructureIn Silico PredictionSingle Nucleotide Resolution

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