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Generación de Plantilla ADN Immunoprecipitation cromatina alta calidad para la secuenciación de alto rendimiento (chip-ss)
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JoVE 신문 생물학
Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)
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Generación de Plantilla ADN Immunoprecipitation cromatina alta calidad para la secuenciación de alto rendimiento (chip-ss)

DOI:
10.3791/50286-v

•

09:52 min

•

April 19, 2013

•

, , ,
1Division of Human Genetics,Children’s Hospital of Philadelphia Research Institute, 2Department of Pediatrics, Perelman School of Medicine,University of Pennsylvania

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:59Cross-linking Chromatin
  • 02:27Sonication
  • 04:14Pre-clearing Chromatin
  • 05:15Chromatin Immunoprecipitation
  • 07:10Reversing Cross-link and Purifying DNA
  • 08:12Results: Generation of a High Quality ChIP Template
  • 09:28Conclusion

Summary

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La combinación de inmunoprecipitación de la cromatina y la secuenciación de ultra-alto rendimiento (chip-ss) puede identificar y mapear las interacciones proteína-ADN en un tejido o línea celular dada. Contorno es cómo generar una plantilla de chip de alta calidad para la posterior secuenciación, utilizando la experiencia con el factor de transcripción TCF7L2 como un ejemplo.

Tags

ChIP-seqChromatin ImmunoprecipitationHigh-throughput SequencingTranscription FactorsTCF7L2Type 2 DiabetesCancerHCT116Protein-DNA InteractionsGenome Sequencing

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