Detecting Somatic Genetic Alterations in Tumor Specimens by Exon Capture and Massively Parallel Sequencing

Helen H Won; Sasinya N Scott; A. Rose Brannon; Ronak H Shah; Michael F Berger

doi:10.3791/50710

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Détecter des altérations génétiques somatiques dans des échantillons de tumeurs par Exon et le séquençage massivement parallèle

JoVE 신문
생물학

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JoVE 신문 생물학

Detecting Somatic Genetic Alterations in Tumor Specimens by Exon Capture and Massively Parallel Sequencing

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Détecter des altérations génétiques somatiques dans des échantillons de tumeurs par Exon et le séquençage massivement parallèle

DOI:

10.3791/50710-v

•

11:02 min

•

October 18, 2013

•

Helen H Won, Sasinya N Scott, A. Rose Brannon, Ronak H Shah, Michael F Berger²

¹Department of Pathology,Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, ²Human Oncology and Pathogenesis Program,Memorial Sloan-Kettering Cancer Center

Chapters

00:05Title
02:08Library Preparation: End Repair
04:12Library Preparation: dA-Tailing and Adapter Ligation
05:55Roche Nimblegen SeqCAP EZ Library Hybridization, Wash, and Amplification
08:31Tumor-normal Pair Analysis
10:08Conclusion

Summary

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Nous décrivons la préparation de banques d'ADN code-barres et ultérieure capture d'exon base hybridation pour la détection de mutations clés associés au cancer dans des échantillons de tumeurs cliniques par séquençage massivement parallèle "prochaine génération". Séquençage de l'exon ciblée offre les avantages d'un débit élevé, faible coût, et la couverture de séquence profond, donnant ainsi une grande sensibilité pour la détection de mutations de basse fréquence.

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T CD4 + des lymphocytes capturer en utilisant une puce jetable microfluidiques pour le VIH

Double Mont entier hybridation in situ d'embryons de poulet début

Dans reprogrammation in vivo de cellules somatiques adultes à la pluripotence par surexpression de facteurs Yamanaka

Génération efficace d'origine humaine souches pluripotentes à partir de cellules somatiques humaines avec Sendai-virus

Amplification linéaire d'une PCR - Localisation des éléments génétiques et caractérisation de Unknown ADN flanquant

Essais Reporter massivement parallèles dans des cellules de mammifères en culture

Fecal glucocorticoïdes Analyse: Surveillance surrénale non invasive en Equidés

Ciblées ARN Séquençage Assay pour caractériser l'expression génique et génomique Transformations

Mesure simultanée de mitochondrial Calcium et mitochondrial potentiel membranaire dans des cellules vivantes par microscopie à fluorescence

Interactome-Seq : Un protocole pour la Construction de la bibliothèque de Domainome, de Validation et de sélection par Phage Display et de prochaine génération séquençage

Détecter des altérations génétiques somatiques dans des échantillons de tumeurs par Exon et le séquençage massivement parallèle

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Génération efficace d'origine humaine souches pluripotentes à partir de cellules somatiques humaines avec Sendai-virus

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Ciblées ARN Séquençage Assay pour caractériser l'expression génique et génomique Transformations

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Interactome-Seq : Un protocole pour la Construction de la bibliothèque de Domainome, de Validation et de sélection par Phage Display et de prochaine génération séquençage

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