Vi ger här ett effektivt och tillförlitligt protokoll för immunfärgning, fluorescens in situ hybridisering, DNA-färgning följt av kvantitativ, högupplöst bildbehandling i hel-mount Arabidopsis thaliana fröämnen. Metoden har framgångsrikt använts för att analysera kromatin ändringar och kärnarkitektur.