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Identification des protéines d'interaction partenaires dans les cellules de mammifères à l'aide SILAC-immunoprécipitation quantitatives en protéomique
JoVE 신문
생물학
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JoVE 신문 생물학
Identification of Protein Interaction Partners in Mammalian Cells Using SILAC-immunoprecipitation Quantitative Proteomics
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Identification des protéines d'interaction partenaires dans les cellules de mammifères à l'aide SILAC-immunoprécipitation quantitatives en protéomique

DOI:
10.3791/51656-v

•

12:53 min

•

July 06, 2014

•

,
1Division of Virology, Department of Pathology,University of Cambridge

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:49Harvesting of SILAC-labeled Cell Lysates
  • 03:39Binding Lysate to Anti-GFP Beads
  • 04:45Preparation of Samples for MS Analysis
  • 06:11Data Analysis I: Understanding the Results and Removal of Low-confidence Identifications
  • 07:36Data Analysis II: Selecting High Confidence Interactions for Further Study
  • 08:58Data Analysis III: Merging Replica Datasets
  • 10:59Results: Identification of Translation Initiation Factor – Binding Proteins
  • 12:22Conclusion

Summary

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Expériences d'immunoprécipitation SILAC représentent un puissant moyen de découvrir de nouvelles interactions protéine: protéine. En permettant la quantification relative exacte de l'abondance de la protéine à la fois le contrôle et les échantillons de test, les interactions véritables peut être facilement distinguée de contaminants expérimentales, et les interactions de faible affinité préservée grâce à l'utilisation de conditions de tampon moins rigoureuses.

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Keywords: SILACImmunoprecipitationQuantitative ProteomicsProtein-protein InteractionsEIF4AIEIF4AIIMass SpectrometryData AnalysisStable Isotope LabelingAffinity Purification

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