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DamID-seq: L'échelle du génome Cartographie des protéine-ADN Interactions par séquençage à haut débit de fragments d'ADN adénine-méthylé
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JoVE 신문 생물학
DamID-seq: Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions by High Throughput Sequencing of Adenine-methylated DNA Fragments
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DamID-seq: L'échelle du génome Cartographie des protéine-ADN Interactions par séquençage à haut débit de fragments d'ADN adénine-méthylé

DOI:
10.3791/53620-v

•

09:14 min

•

January 27, 2016

•

, ,
1Department of Cell Biology,Yale University School of Medicine

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:58Generation and Expression of Fusion Proteins and Free Dam Proteins
  • 03:12Library Preparation: Fragmentation
  • 05:29Library Preparation: Size Selection
  • 07:26Results: Detecting Lamin B1 Binding Regions on the Mouse Chromosome One
  • 08:20Conclusion

Summary

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Nous décrivons ici un essai en couplant l'identification ADN adénine méthyltransférase (DamID) pour le séquençage à haut débit (DamID-seq). Cette méthode améliorée offre une résolution plus élevée et une plage dynamique plus large, et permet l'analyse des données DamID-Seq en conjonction avec d'autres données de séquençage à haut débit tels que ChIP-seq, ARN-Seq, etc.

Tags

DamID-seqProtein-DNA InteractionsHigh-throughput SequencingAdenine-methylated DNANuclear OrganizationTranscription RegulationLentiviral ExpressionGenomic DNA IsolationAdenine-methylated DNA Amplification

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