Name: 포도 베리 대사 체학 및 Transcriptomics을 통해 해석 떼루아 개념 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 2 s
Description: 학습하세요 포도 베리 대사체학 및 전사체학을 활용한 떼루아 서명 분석 방법입니다. Corvina 품종을 대상으로 PCA와 O2PLS 판별 분석을 통해 환경 요인이 포도 품질에 미치는 영향을 규명합니다.

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이 작업은 EU가 자금을 지원하는 COST ACTION FA1106 "토마토와 포도 덩굴의 다육질 과일 품질을 제어하는 개발 메커니즘을 결정하기 위한 통합 시스템 접근 방식" 내에서 조정된 네트워킹 활동의 이점을 얻었습니다. 이 작업은 카리베로나 은행 재단(CARIVERONA Bank Foundation)이 자금을 지원하는 'Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale' 프로젝트와 이탈리아 농업 및 임업 정책부(Ministry of Agricultural and Forestry Policies)가 자금을 지원하는 'Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)' 프로젝트의 지원을 받았습니다. SDS는 이탈리아 대학 연구부 FIRB RBFR13GHC5 프로젝트 "환경 상호 작용에 따른 유전자형의 포도 덩굴의 피질유전체 가소성"의 재정 지원을 받았습니다.

<ol><li>Jessome, L. L., Volmer, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression%3A+A+major+concern+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Lc+Gc+N+Am%22%5BJournal%5D)">Ion suppression: A major concern in mass spectrometry.</a> Lc Gc N Am. 24 (5), 498-510 (2006).</li>
<li>Kim, H. K., Choi, Y. H., Verpoorte, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NMR-based+plant+metabolomics%3A+where+do+we+stand%2C+where+do+we+go%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biotech%22%5BJournal%5D)">NMR-based plant metabolomics: where do we stand, where do we go?</a> Trends Biotech. 29 (6), 267-275 (2011).</li>
<li>Sumner, L. W., Mendes, P., Dixon, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+metabolomics%3A+large-scale+phytochemistry+in+the+functional+genomics+era%5BTitle%5D)+AND+%22Phytochem%22%5BJournal%5D)">Plant metabolomics: large-scale phytochemistry in the functional genomics era.</a> Phytochem. 62 (6), 817-836 (2003).</li>
<li>Bottcher, C., von Roepenack-Lahaye, E., Willscher, E., Scheel, D., Clemens, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+matrix+effects+in+metabolite+profiling+based+on+capillary+liquid+chromatography+electrospray+ionization+quadrupole+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Evaluation of matrix effects in metabolite profiling based on capillary liquid chromatography electrospray ionization quadrupole time-of-flight mass spectrometry.</a> Anal Chem. 79 (4), 1507-1513 (2007).</li>
<li>Toffali, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+aspects+of+grape+berry+ripening+and+post-harvest+withering+revealed+by+untargeted+LC-ESI-MS+metabolomics+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Novel aspects of grape berry ripening and post-harvest withering revealed by untargeted LC-ESI-MS metabolomics analysis.</a> Metabolomics. 7 (3), 424-436 (2011).</li>
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<li>Jaillon, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+grapevine+genome+sequence+suggests+ancestral+hexaploidization+in+major+angiosperm+phyla%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla.</a> Nature. 449 (7161), 463-467 (2007).</li>
<li>Velasco, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high+quality+draft+consensus+sequence+of+the+genome+of+a+heterozygous+grapevine+variety%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">A high quality draft consensus sequence of the genome of a heterozygous grapevine variety.</a> Plos One. 2 (12), (2007).</li>
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<li>Berdeja, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Water+limitation+and+rootstock+genotype+interact+to+alter+grape+berry+metabolism+through+transcriptome+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Hort+Res%22%5BJournal%5D)">Water limitation and rootstock genotype interact to alter grape berry metabolism through transcriptome reprogramming.</a> Hort Res. 2, 1-13 (2015).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solar+ultraviolet+radiation+is+necessary+to+enhance+grapevine+fruit+ripening+transcriptional+and+phenolic+responses%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Solar ultraviolet radiation is necessary to enhance grapevine fruit ripening transcriptional and phenolic responses.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-16 (2014).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+sampling+bias+in+molecular+studies+of+grapevine+fruit+ripening%3A+transcriptomic+assessment+of+the+density+sorting+method%5BTitle%5D)+AND+%22Theor+Exp+Plant+Phys%22%5BJournal%5D)">Reducing sampling bias in molecular studies of grapevine fruit ripening: transcriptomic assessment of the density sorting method.</a> Theor Exp Plant Phys. 28 (1), 109-129 (2016).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+oscillatory+transcriptional+programs+in+grapevine+ripening+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Circadian oscillatory transcriptional programs in grapevine ripening fruits.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-15 (2014).</li>
<li>Cavallini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+diversification+of+grapevine+MYB5a+and+MYB5b+in+the+control+of+flavonoid+biosynthesis+in+a+petunia+anthocyanin+regulatory+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+%26+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Functional diversification of grapevine MYB5a and MYB5b in the control of flavonoid biosynthesis in a petunia anthocyanin regulatory mutant.</a> Plant & Cell Physiol. 55 (3), 517-534 (2014).</li>
<li>Cramer, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+analysis+of+the+late+stages+of+grapevine+%28Vitis+vinifera+cv.+Cabernet+Sauvignon%29+berry+ripening+reveals+significant+induction+of+ethylene+signaling+and+flavor+pathways+in+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic analysis of the late stages of grapevine (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) berry ripening reveals significant induction of ethylene signaling and flavor pathways in the skin.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-21 (2014).</li>
<li>Dal Santo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plasticity+of+the+grapevine+berry+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">The plasticity of the grapevine berry transcriptome.</a> Genome Biol. 14 (6), 1-17 (2013).</li>
<li>Fasoli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Grapevine+Expression+Atlas+Reveals+a+Deep+Transcriptome+Shift+Driving+the+Entire+Plant+into+a+Maturation+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program.</a> Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).</li>
<li>Gambino, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-evolution+between+Grapevine+rupestris+stem+pitting-associated+virus+and+Vitis+vinifera+L.+leads+to+decreased+defence+responses+and+increased+transcription+of+genes+related+to+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Co-evolution between Grapevine rupestris stem pitting-associated virus and Vitis vinifera L. leads to decreased defence responses and increased transcription of genes related to photosynthesis.</a> J Exp Bot. 63 (16), 5919-5933 (2012).</li>
<li>Ghan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+omic+technologies+are+concordant+in+differentiating+the+biochemical+characteristics+of+the+berries+of+five+grapevine+%28Vitis+vinifera+L.%29+cultivars%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Five omic technologies are concordant in differentiating the biochemical characteristics of the berries of five grapevine (Vitis vinifera L.) cultivars.</a> BMC Genomics. 16 (1), 1-26 (2015).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+defoliation+affects+plant+growth%2C+fruit+transcriptional+ripening+program+and+flavonoid+metabolism+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective defoliation affects plant growth, fruit transcriptional ripening program and flavonoid metabolism in grapevine.</a> BMC Plant Biol. 13, 1-13 (2013).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increasing+the+source%2Fsink+ratio+in+Vitis+vinifera+%28cv+Sangiovese%29+induces+extensive+transcriptome+reprogramming+and+modifies+berry+ripening%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Increasing the source/sink ratio in Vitis vinifera (cv Sangiovese) induces extensive transcriptome reprogramming and modifies berry ripening.</a> BMC Genomics. 12, 1-23 (2011).</li>
<li>Rinaldo, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Grapevine+Anthocyanin+Acyltransferase%2C+Transcriptionally+Regulated+by+VvMYBA%2C+Can+Produce+Most+Acylated+Anthocyanins+Present+in+Grape+Skins%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">A Grapevine Anthocyanin Acyltransferase, Transcriptionally Regulated by VvMYBA, Can Produce Most Acylated Anthocyanins Present in Grape Skins.</a> Plant Physiol. 169 (3), 1897-1916 (2015).</li>
<li>Royo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental%2C+transcriptome%2C+and+genetic+alterations+associated+with+parthenocarpy+in+the+grapevine+seedless+somatic+variant+Corinto+bianco%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Developmental, transcriptome, and genetic alterations associated with parthenocarpy in the grapevine seedless somatic variant Corinto bianco.</a> J Exp Bot. , 259-273 (2015).</li>
<li>Venturini, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De+novo+transcriptome+characterization+of+Vitis+vinifera+cv.+Corvina+unveils+varietal+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils varietal diversity.</a> BMC Genomics. 14, 1-13 (2013).</li>
<li>Commisso, M., Strazzer, P., Toffali, K., Stocchero, M., Guzzo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untargeted+metabolomics%3A+an+emerging+approach+to+determine+the+composition+of+herbal+products%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Untargeted metabolomics: an emerging approach to determine the composition of herbal products.</a> Comput Struct Biotechnol J. 4, 1-7 (2013).</li>
<li>Pluskal, T., Castillo, S., Villar-Briones, A., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MZmine+2%3A+Modular+framework+for+processing%2C+visualizing%2C+and+analyzing+mass+spectrometry-based+molecular+profile+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MZmine 2: Modular framework for processing, visualizing, and analyzing mass spectrometry-based molecular profile data.</a> BMC Bioinformatics. 11, 1-11 (2010).</li>
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</ol>

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이 문서에서는 포도 베리 떼루아 개념을 해석하는 데 사용되는 대사 체학, transcriptomics 및 통계 분석 프로토콜을 설명합니다. HPLC-ESI-MS에 의해 대사 체학 분석 동시에 대사 산물을 대량을 검출하기에 충분히 민감하지만, 상대적 정량은 매트릭스 효과 이온 억제 / 강화에 의해 영향을 받는다. 그러나 유사한 접근 방식은 이미 조기는 열매의 숙성 및 수확 후 고사를 설명하는 데 사용되었으며, 매트릭스 효과의 보정 결과 5에 제한된 영향을 미쳤다. 또한, 동일한 샘플을 사용하여 타겟이 불분명 한 대사 체학에 대한 NMR 및 LC-MS의 비교 견고성을 결정하기 위해 최근 대규모 멀티 기기 간 실험실 연구는 다른 악기 및 기술 일관된 결과 6 굴복 것으로 나타났습니다. 여기에 설명 된 사례 연구는 세 가지 매크로-Z에 일곱 포도원에서 세 숙성 단계에서 시료의 수집 및 분석을 포함세 가지 성장 시즌 동안 것. 여기서, 떼루아 서명은 PCA와 O2PLS-DA 다변량 통계를 사용하여...

식물 게놈 전 사체, 프로테옴 및 metabolomes에 기초하여 대규모 데이터 분석은 포도 식물과 그 환경 사이의 상호 작용을 반영하는 와인 떼루아 특성과 같은 복잡한 시스템의 작동에 대한 새로운 통찰력을 제공한다. 동일한 포도 나무의 클론이 다른 포도원에서 재배하는 경우에도 와인의 떼루아 구별 할 수 있기 때문에 클론 게놈이 동일하기 때문에, 게놈 분석은 거의 사용이다. 대신 유전자 발현 와인의 품질 특성을 결정하는 열매의 대사 특성 간의 상관 관계를 볼 필요가있다. 마이크로 어레이에 고정 된 프로브와 같은 하이브리드와 같은 보편적 인 특성을 이용하여 정량 분석을 용이하게 모든 성적 증명서의 유사한 화학적 성질,의 사체 혜택의 수준에서 유전자 발현의 분석. 프로테오믹스 A의 대조적으로, 보편적 인 분석 방법차 대사 체학 때문에 개별 단백질 및 대사 산물의 거대한 물리적, 화학적 다양성을 더 도전입니다. 대사 체학의 경우 개별 대사 산물의 크기, 극성, 풍부하고 변동성에 크게 다르기 때문에 이러한 다양성은 훨씬 더 극단적이다, 그래서 하나의 추출 과정이나 분석 방법 론적 접근 방식을 제공합니다. 비 휘발성 대사 적합한 분석 플랫폼 중, 고성능 액체 크로마토 그래피에 기초하여 그 질량 분석계에 연결된 (HPLC-MS)는 훨씬 더 민감 자외선 또는 다이오드 배열 검출기를 가진 HPLC (HPLC-UV, HPLC-DAD 같은 대안보다 ) 또는 HPLC-MS에 의해 핵 자기 공명 (NMR) 분광법 있지만 정량 분석은 이러한 매트릭스 효과 이온 진압 / 인핸스 1-3 현상에 의해 영향을받을 수있다. (HPLC-E를 전기 분무 이온화 소스를 사용하여 HPLC-MS에 의한 조기는 포도 열매의 분석시 이러한 영향의 조사SI-MS)은 가장 낮은 체류 시간과 당 및 다른 분자 강하게 아마도이 영역에서 분자의 다수를 반영 과소 것으로 나타났다 및 다른 분자의 존재 량 매트릭스 효과에 의해 과대 또는받지 과소 평가 될 수 있다는 하지만, 매트릭스 효과에 대한 데이터 정규화는 전체 결과 4,5에 제한된 영향을 미칠 것 같았다. 본원에 기재된 방법은 숙성 중에 포도 열매에서 높은 수준으로 축적 매체 극성 대사 산물의 분석을 위해 최적화되고, 이는 상당히 떼루아의 영향. 그들은 함께 색상, 맛과 와인의 건강 관련 특성을 결정 안토시아닌, 플라 보놀, flavan-3-OLS, 프로시아니딘, 다른 플라보노이드, 레스베라트롤, 스틸 벤, 히드 록시 산, 하이드 록시 산을 포함한다. HPLC-MS에 의한 정량은 신뢰할 수 있기 때문에 같은 당 및 지방족 유기산과 같은 다른 대사는, 때문에 effec 행렬에 무시됩니다t 이온 억제 현상 (5). 이 방법에 의해 선택된 극성의 범위 내에서 접근 가능 6만큼 다른 대사 물질을 검출하는 것을 목적으로 불특정이다. 포도 나무의 성적 증명서의 수천을 동시에 모니터링 할 수 Transcriptomics 방법은 전체 포도 게놈 서열 7,8의 가용성에 의해 촉진된다. 높은 처리량의 cDNA 서열에 기초하여 조기 transcriptomics 방법 일괄 RNA-SEQ 기술로 설명한 절차의 집합으로 차세대 서열의 출현으로 발전해왔다. 이 방법은 빠르게 transcriptomics 연구에 대한 선택의 방법이되고있다. 그러나, 성적 증명서의 수천 하이브리드에 의해 병렬로 정량화 할 수 있도록 마이크로 어레이를 기반으로 문학의 큰 몸은 포도 나무에 대한 축적하고있다. RNA-서열이 주류 기술이되기 전에 실제로, 많은 전용 상용 마이크로 어레이 플랫폼은 있었다개발 허용 포도 나무의 사체는 훌륭한 세부 사항에 검사합니다. 플랫폼의 광대 한 다양한 가운데, 두 개의 게놈 전체의 전 사체 분석 (9)을 허용했다. 가장 진화 배열 따라서 각 실험의 비용을 절감하는 하나의 장치에서 최대 12 개의 독립적 인 샘플의 혼성화시켰다. 12 서브 어레이는 각각 29,549 포도 나무의 성적을 나타내는 135,000 60 머 프로브를 구성. 이 장치는 시험 10-24의 다수에 사용되고있다. 이 두 플랫폼은 이제 중단되었지만 새 사용자 정의 마이크로 어레이는 최근 설계되고있어 추가 새로 발견 된 포도 나무의 유전자 (25)를 나타내는 프로브의 더 큰 수를 포함로 최근 개발을 나타냅니다. transcriptomics와 대사 체학 분석에 의해 생성 된 대형 판매 데이터 세트는 다른 형태 사이의 상관 관계를 결정하기 위해 다변량 기법을 포함한 데이터 분석에 적합한 통계 방법을 필요로데이터의. 가장 널리 사용되는 변수 기술들은 투영에 기초하여 해당하며, 여기에는 주성분 분석 (PCA), 또는, 자율 될 수있는 잠재적 인 구조 판별 분석 (O2PLS-DA) (26)에 양방향 정사영 같은 감독. 이 문서에 제시된 프로토콜은 샘플 그룹 간의 차이를 식별하기 위해 탐색 적 데이터 분석 및 O2PLS-DA에 대한 PCA를 사용합니다.

<table><tbody><tr><td>밀 그라인더</td><td>IKA</td><td>IKA A11 basic</td><td></td></tr><tr><td>HPLC Autosampler</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 508 Autosampler</td></tr><tr><td>HPLC System</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 127 Solvent Module HPLC</td></tr><tr><td>C18 Guard Column</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (7.5 mm x 2.1 mm; 5 &mu; m) 가드 컬럼</td></tr><tr><td>C18 컬럼</td><td>그레이스</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (150 mm x 2.1 mm; 3 &mu; m) 컬럼</td></tr><tr><td>질량 분석기</td><td>Bruker Daltonics</td><td>&nbsp; -</td> <td>Bruker Esquire 6000; 질량 분석기에는 ESI 소스가 장착되어 있었고 분석기는 이온 트랩이었습니다.</td></tr><tr><td>추출 용매 및 HPLC 완충제</td><td>Sigma</td><td>34966</td><td>메탄올 LC-MS 등급</td></tr><tr><td>Sigma</td><td>94318</td><td>Formic acid LC-MS 등급</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>34967</td><td>Acetonitrile LC-MS 등급</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>39253</td><td>물&nbsp; LC-MS 등급</td><td></td></tr><tr><td>Minisart RC 4 주사기 필터(0.2 &mu; m)</td> <td>Sartorius</td><td>17764</td><td></td></tr><tr><td>데이터 수집 및 처리를 위한 소프트웨어 (b)</td> <td>Bruker Daltonics-Bruker</td><td></td> <td>Daltonics Esquire 5.2 Control (a); Esquire 3.2 데이터 분석 및 MzMine 2.2 소프트웨어 (b)</td></tr><tr><td>Spectrum Plant Total RNA kit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>STRN250-1KT</td><td>포도 과피에서 추출한 총 RNA 추출물 Nanodrop</td></tr><tr><td>1000</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000</td><td></td></tr><tr><td>BioAnalyzer 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td></td></tr><tr><td>RNA 6000 나노 시약</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>RNA 칩</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Agilent 유전자 발현 세척 버퍼 1</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5325</td><td></td></tr><tr><td>Agilent 유전자 발현 세척 버퍼 2</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5326</td><td></td></tr><tr><td>LowInput QuickAmp 라벨링 키트 One-Color</td><td>Agilent Technologies</td><td>5190-2305</td><td></td></tr><tr><td>키트 RNA 스파이크 인 - One-Color</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5282</td><td></td></tr><tr><td>유전자 발현 하이브리드화 키트</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5242</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>cRNA 정제용</td></tr><tr><td>Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer 마이크로어레이</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2514F-048771&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>eArray</td><td>Agilent Technologies</td><td>-</td><td><a href="https://earray.chem.agilent.com/earray/">https://earray.chem.agilent.com/earray/</a></td></tr><tr><td>개스킷 슬라이드</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60012</td><td>Agilent SurePrint Microarray 4-어레이 하이브리드화</td></tr><tr><td>온도 조절 수조</td><td>Julabo-Hybridization</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Chamber</td><td>Agilent 활성화 Technologies</td><td>G2534-60001</td><td></td></tr><tr><td>마이크로어레이 하이브리드화 오븐</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>하이브리드화 오븐 로테이터 랙</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60029</td><td></td></tr><tr><td>로테이터 랙 변환 로드</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60030</td><td></td></tr><tr><td>염색 키트</td><td>Bio-Optica</td><td>10-2000</td><td>슬라이드 염색 접시 및 슬라이드 랙</td></tr><tr><td>자석 교반기 장치</td><td>AREX 가열 자석 교반기</td><td>F20540163&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>온도 조절 오븐</td><td>Thermo Scientific</td><td>Heraeus - 6030</td><td></td></tr><tr><td>애질런트 마이크로어레이 스캐너</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2565CA</td><td></td></tr><tr><td>스캐너 캐러셀, 48위치</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60502</td><td></td></tr><tr><td>슬라이드 홀더</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60525</td><td></td></tr><tr><td>특징 추출 소프트웨어 v11.5</td><td>Agilent 기술</td> <td>-</td> <td>애질런트 마이크로 어레이 스캐너 내부</td></tr><tr><td>G2565CA SIMCA + V13 소프트웨어</td><td>Umetrics</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

포도 베리 대사 체학 및 transcriptomics을 통해 해석 떼루아 개념

The Terroir Concept Interpreted through Grape Berry Metabolomics and Transcriptomics

떼루아 특히 서식지 및 관리 방법에 따라 같은 포도 (유럽 종 포도)로 작물의 특성에 영향을 미치는 환경 요인의 조합을 의미합니다. 이 문서에서는 특정 떼루아 서명이 다변량 통계 분석을 사용하여 포도의 품종, 조기의 베리 대사 체 및 사체에서 검출 할 수있는 방법을 보여줍니다. 이 방법은 먼저 적절한 샘플링 계획이 필요합니다. 이 사례에서, 조기 품종의 특정 클론 유전 적 차이를 최소화하도록 선택되고, 샘플은 세 가지 성장 계절 동안 세 가지 매크로 영역을 나타내는 일곱 포도에서 수집 하였다. 타겟팅되지 않은 LC-MS의 대사 체학 접근 MZmine 소프트웨어 및 단편화 트리 분석을 기초 대사 식별 전략을 사용하여 효율적으로 데이터 처리를 수반 높은 민감도 때문에 권장된다. 종합 사체 분석은 마이크로 어레이를 사용하여 달성 될 수있다함유 프로브 다른 TERROIRS의 컨텍스트에서 모든 차등 유전자 발현의 동시 분석을 가능 ~ 모든 예측 리세 유전자의 99 %를 커버. 마지막으로, 투영 방법에 기초하여 다변량 데이터 분석은 대사 체학 및 transcriptomics 데이터 통합 ​​정보의 상관 관계를 식별하기 위해 상세하게 분석 될 수 있도록 강력한 빈티지 특정 효과를 극복하기 위해 사용될 수있다.

이 문서에서 설명하는 사례 연구는 상대적으로 189 샘플 중 정량 분자 이온 플러스 자신의 동위 원소, 부가 물 및 일부 조각을 포함하여 552 신호 (m / Z 기능), (7 포도원 × 3 숙성 단계 × 3 성장 계절 X를 포함하는 최종 데이터 매트릭스를 산출 3 생물 복제). 데이터 포인트의 총 수는 따라서 104,328이었다. 분할 트리 분석은 대사 플러스 부가 물, 동위 원소 및 조각에 해당하는 282m / Z 기능의 주석 결과. PCA에 의해 전체 데이터 매트릭스의 탐색 적 분석은 성숙 단계에 따라 샘플 클러스터 된 것으로 나타났다 (veraison, 중간 숙성과 잘 익은) 제 1 및 제 2 주성분 (T1-T2, 그림 2A)을 따라하고, 함께 성장시기에 따라 세 번째 주성분 (T1-T3, 그림 2B). <p class="jove_content" fo:keep-t...

이 문서는 즉 떼루아 개념에 대한 통찰력을 얻기 위해 포도 베리 성적 증명서 및 대사에 타겟이 불분명 한 대사 체학, transcriptomics 및 다변량 통계 분석의 응용 프로그램을 설명 베리 품질 특성에 대한 환경의 영향.

포도 베리 대사 체학 및 Transcriptomics을 통해 해석 떼루아 개념

Terroir refers to the combination of environmental factors that affect the characteristics of crops such as grapevine (Vitis vinifera) according to ...

이 실험 절차의 전반적인 목표는 포도 품종인 Corvina의 베리 대사체 및 전사체에서 서로 다른 테루아(terroir) 특성을 관찰하는 것입니다. 여기서 설명하는 사례 연구에는 3개의 성장 시즌 동안 3개의 거시 구역에 있는 7개 포도원에서 세 가지 성숙 단계의 샘플을 수집하고 분석하는 과정이 포함되었습니다. 설명된 기술들은 베리 대사체에 미치는 빈티지 효과에 따른 지배적인 성숙 과정을 밝혀냅니다.잘 익은 베리에서도 세 가지 거시 구역을 나타내는 뚜렷한 특정 화학적 시그니처가 확인되었습니다. 거시 구역 수준의 테루아 시그니처는 전사체 및 대사체 데이터 행렬을 모두 분석하기 위해 주성분 분석인 PCA와 양방향 직교 투영 잠재 구조 판별 분석인 auto BLSDA와 같은 적절한 통계 기법을 사용하여 밝혀졌습니다. 반면, 개별 포도원 간의 차이는 더 미묘하며, 더욱 정교하고 민감한 통계적 접근 방식이 필요합니다.적절한 샘플링 계획을 수립하여 실험을 시작하십시오. 샘플링 계획에는 샘플링 장소, 시간 및 정확한 샘플링 절차가 명시되어야 합니다. 두 포도나무 열을 따라 서로 다른 위치에서 30개의 송이를 수확한 후, 각 송이에서 가시적인 손상이나 감염 징후가 없는 베리 3개를 무작위로 선택하십시오.이 과정을 반복하여 각 성숙 단계별로 세 개의 독립된 풀(pool)을 확보합니다. 베리에서 씨앗을 제거하고, 과피를 즉시 액체 질소에 넣어 급속 동결시킵니다. 각 풀의 동결된 베리를 자동 밀 그라인더(automatic mill grinder)로 분쇄합니다.각 분말 시료를 전사체 분석용과 대사체 분석용으로 두 등분으로 나눕니다. 그 다음, 듀어(duer)를 닫고 제거한 후 분말을 -80 °C에서 보관합니다. 베리 시료의 대사 추출물은 0.1% formic acid로 산성화한 3배 부피의 methanol을 사용하여, 40 kHz 초음파 세척기에서 15분 동안 상온에서 준비합니다.추출물을 4 °C에서 16,000 ×g로 10분 동안 원심분리합니다. 상층액을 탈이온수 2배 부피로 희석한 후 0.2 µm 필터로 여과합니다. 텍스트 프로토콜에 기술된 대로, 전기분무 이온화원(electrospray ionization source)이 결합된 고성능 액체 크로마토그래피-질량 분석법(HPLC-ESI-MS) 시스템을 설정합니다.용매 A와 B의 선형 기울기를 사용하여 0.2 milliliters per minute의 일정 유속으로 HPLC 분리를

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Research

연구

JoVE Journal

Genetics

유전학

Proton Transfer Reaction Time of Flight 질량 분석기를 사용하면 휘발성 유기 화합물의 고감도, 신속 및 비침습적 분석을 수행할 수 있습니다. 그 잠재력을 입증하기 위해 요구르트의 젖산 발효(온라인 바이오프로세스 모니터링), 다양한 사과 유전자형(대규모 스크리닝) 및 커피 마신 후 후비강 공간(노즈스페이스 분석)의 세 가지 예를 제공합니다.

자동 샘플링 시스템과 결합 된 PTR-ToF-MS 및 식품 연구를위한 맞춤형 데이터 분석 : 바이오 프로세스 모니터링, 스크리닝 및 코 공간 분석

이 프로토콜 양적이 고 포괄적으로 여러 영양소 소스의 신진 대사를 조사 하는 실험 절차를 설명 합니다. 이 워크플로, 동위 원소 추적 실험 및 분석 절차의 조합에 따라 결정 될 미생물 소비 영양분의 운명과 분자 synthetized의 대사 기원 수 있습니다.

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이 문서에서는 식별 및 Levadura에 애기 Tóxicos (ATL) E3 유비퀴틴 ligases 제품군에 적용 하는 소문에 유전자 가족의 특성에 대 한 절차를 설명 합니다.

게놈 넓은 식별 및 소문의 ATL E3 유비퀴틴 리가 유전자 가족의 식 메타 분석을 위한 포괄적인 워크플로

여기에서는 트라미네트 포도, 발효 포도 및 최종 와인의 박테리아 군집을 결정하기 위한 앰플리콘 메타게놈을 설명하는 프로토콜을 제시합니다.

메타게놈 앰플리콘 염기서열분석(Metagenomic Amplicon Sequencing)을 사용한 와인 생산 중 발효 트라미네트 포도의 박테리아 군집 프로파일링

이 원고에서는 세균 전사를 표적으로 하는 항균제의 전사 및 억제 활성을 기능적으로 검사하기 위한 프로토콜에 대해 설명합니다.

시험 관내 전사 분석 실험 및 약물 발견에의 응용

지중해초파리(medfly) Ceratitis capitata(Diptera: Tephritidae)는 전 세계 농업 해충입니다. 이 식물의 생물학에 대한 깊은 이해는 메드플라이 개체군을 통제하여 경제적 영향을 줄이는 데 중요합니다. 배아 미세주입(embryo microinjection)은 이 종에서 생식세포 형질전환(germ-line transformation)과 역유전학(reverse genetics) 연구를 모두 가능하게 하는 근본적인 도구입니다.

세계적인 농업 해충 곤충의 배아 미세 주입을 통해 핵산 배달,<em&gt; Ceratitis의 capitata</em

이 프로토콜은 초보 생물정보학자를 위한 comparative de novo transcriptome assembly and annotation workflow를 간략하게 설명합니다. 워크플로우는 CyVerse를 통해 완전히 무료로 사용할 수 있으며 데이터 스토어로 연결됩니다. 명령줄 및 그래픽 사용자 인터페이스가 사용되지만 필요한 모든 코드를 복사하여 붙여넣을 수 있습니다.

CyVerse 리소스 활용<em&gt; 드 노보</em&gt; 비포장 (비 모델) 생물의 비교 전이학

이종 발현 시스템을 통해 공부하는 이온 채널은 생물 의학 연구의 핵심 기술이되고있다. 이 논문에서는, 유도 성 프로모터의 조절하에 일시적인 형질 감염을 수행함으로써 엄격하게 제어 이온 채널 표현을 달성하는 시간 효율적인 방법을 제안한다.

유도 성 과도 형질을 통해 제어 이온 채널 식

갤럭시 다윗은 생물 정보학 교육을받지 않은 상태에서 연구자들은 분석하고 RNA-SEQ 데이터를 해석 할 수 있도록 인기있는 도구로 등장했다. C. elegans의 연구원들은 RNA-SEQ 실험, 액세스를 수행 갤럭시를 사용하여 데이터 집합을 처리하고 DAVID를 사용하여 유전자 목록에서 의미있는 생물학적 정보를 얻을 수 있도록 우리는 프로토콜을 설명합니다.

의 Transcriptomic 분석<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; 간스</em갤럭시 프로젝트에 턱시도 제품군을 통해&gt; RNA 시퀀싱 데이터

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강력한 DNA 고립과 표 본관 표본에 대 한 높은 처리량 시퀀싱 도서관 건축

학습하세요 포도 베리 대사체학 및 전사체학을 활용한 떼루아 서명 분석 방법입니다. Corvina 품종을 대상으로 PCA와 O2PLS 판별 분석을 통해 환경 요인이 포도 품질에 미치는 영향을 규명합니다.

포도 베리 대사 체학 및 Transcriptomics을 통해 해석 떼루아 개념

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