Här beskriver vi ett förfarande för att visualisera och kvantifiera med hög känslighet de endogena interaktioner mellan det endoplasmatiska retiklet och mitokondrier i fixerade celler. Protokollet har en optimerad in situ närhet ligering analys med inriktning på inositol 1,4,5-trifosfat receptor / glukos-reglerad protein 75 / spänningsberoende anjon kanal / cyklofilin D komplexet vid mitokondrierna associerade membran gränssnitt.