Name: Yüzeyler İnsan Norovirus Tespiti sürüntü Örnekleme Yöntemi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-02-06T10:45:00.000+00:00
Duration: 10 min 3 s
Description: Öğrenin, yüzeylerden insan norovirus tespiti için makrofoam temelli sürüntü örnekleme yöntemini. Bu protokol, salgın etiyolojisini belirleme ve çevresel kontaminasyon dinamiklerini değerlendirme amacı taşır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Yazarların teşekkür hakkı yok.

Alanında 1. Swab Örnekleme <ol><li> eldiven temiz bir çifti giymek. </li><li> bir ölçüm bandı veya cetvel kullanarak yüzeyine dokunmadan örnekleme alanının boyutunu ölçün. Mümkün olduğu kadar doğru bölgeyi tahmin ve bir rapor formu (Ek Tablo 1) doldurmak için deneyin. </li><li> olası sızıntı ve etiket örneği taşıma çantaları ve çubukla kitleri için sürüntü kiti edin. </li><li> şu şekilde numune alanı boyunca çubukla hareket Yatay yönde bir felç, dikey yönde bir vuruş ve bir köşegen yönünde bir vuruş. 700 cm 2 den bir yüzey alanı büyük çubukla etmeyin. </li><li> bir tüp içine her bezi yerleştirin ve güvenli kapağı sıkın. </li></ol> Laboratuvara Swablar 2. Depolama ve Taşıma <ol><li> en fazla 48 saat boyunca 4 ° C &#39;de bezlerden tutun. daha uzun süreler boyunca depolama gerekli ise, -20 ° C &#39;de bezlerden saklamak (ya da -70 ° C). </li><li> 0-4 ° C&#39;de tüpler tutmak (örn. Toplama 24-48 saat içinde laboratuar ve gemiye taşıma sırasında izole edilmiş bir kap içinde) soğuk paketleri kullanır. </li></ol> 3. Virüs Konsantrasyon, Viral RNA Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması NOT: Aksi belirtilmedikçe tüm santrifüj adımları, oda sıcaklığında 5 dakika boyunca 5000 x g&#39;de bir masa üstü santrifüjü kullanabilirsiniz. evrensel nükleik asit ekstraksiyon (UNEX) tamponu ile çalışırken ekstra dikkatli olun. gözlük veya yüz siperi takın. <ol><li> bir 15 ml tüp ve her bir numune için bir RNA Midi sütun etiketleyin. Her deneyde negatif çıkarma kontrolü içerir. </li><li> 10 çubuklar için lizis çözeltisinin hazırlanması PBST 25 mL UNEX tamponu 25 ml karışımı (% 0.02 oranında içeren PBS pH 7.2 Tween-80). </li><li> Lizis çözeltisinin 50 mL kolifaj MS2 süspansiyonu (10 6 PFU / ml) 50 ul ekleyin. </li><li> 15 ml bir tüp içinde bir çubukla yerleştirilir ve 5 mi liz çözeltisi ilave edin. Karıştırınız ve oda sıcaklığında 10 dakika inkübe edilir. </li><li>10 sn için, her bir tüp ve vorteks 5 mi% 100 etanol ilave edin. </li><li> Dikkatle 15 ml tüp çubukla kaldırmak aşırı sıvı kaldırmak ve sonra çubukla atmak için tüpün kenarına hafifçe bastırarak (o UNEX tampon içerir). Geri kalan hacim 9-10 ml arasında olmalıdır. </li></ol> 4. Midi Sütun Viral Nükleik Asit Ekstraksiyon <ol><li> Dikkatle bir midi sütun, santrifüj üzerine adım 3.6 4.5 mL UNEX / etanol karışımı aktarın ve süzüntü atın. </li><li> Aynı sütun, santrifüj üzerine aynı karışımdan başka 4.5 mL yükleyin ve süzüntü atın. </li><li> İlk yıkama için, Midi kolonu, santrifüjün üzerine,% 70 etanol 3.5 ml ilave edilir ve filtrat atılır. </li><li> İkinci yıkama için, Midi kolonu üzerine% 70 etanol bir 3,5 ilave edin. Santrifüj süzüntü atın ve. </li><li> kuru spin için, etanol tüm izlerini (olumsuz viral RNA kurtarma etkileyebilir) kaldırmak için Midi sütunları santrifüj. </li><li>yeni bir 15 ml&#39;lik santrifüj tüpüne Midi sütun. Midi kolonuna 250 ul elüsyon tamponu ekleyin; En yüksek Viral RNA iyileşmeyi elde etmek santrifüj edilmeden önce 1 dakika boyunca bekleyin. </li><li> -70 ° C&#39;de çıkarılan nükleik asidi saklayın veya adım 5&#39;e hemen geçin. </li></ol> RNA Temiz ve Konsantratörü Setlerini Kullanma Viral Nükleik Asit 5. Konsantrasyon <ol><li> RNA 10 saniye süreyle yukarıda adım 4.7 ve vorteks yıkandı RNA 250 uL Bağlama Tamponu 500 mcL ekleyin. </li><li> 10 sn için 750 mcL% 100 etanol ve vorteks ekleyin. </li><li> Her bir numune için bir spin kolon etiketleyin. spin kolona 750 uL örnek yükleyin. </li><li> 1 dakika boyunca 12.000 xg&#39;de dönüş sütunları santrifüj. flow-through atın. </li><li> 1 dakika boyunca 12.000 xg&#39;de bir spin kolon ve santrifüj üzerine kalan 750 uL yükleyin. </li><li> ön yıkama için 1 dakika boyunca 12.000 xg&#39;de her spin kolon ve santrifüj 400 uL RNA Hazırlık tampon ekleyin. flow-through atın. </li><li> İlk yıkama için, 1 dakika için 12,000 x g&#39;de her spin kolon ve santrifüj 800 uL RNA yıkama tamponu ilave edin. flow-through atın. </li><li> İkinci yıkama için, 1 dakika için 12,000 x g&#39;de sütun ve santrifüj dönmeye 400 uL RNA yıkama tamponu ilave edin. flow-through atın. </li><li> kuru spin için, 2 dakika süreyle 12,000 xg&#39;de yıkama tamponu tüm izlerini silmek için spin kolon santrifüj. </li><li> Dikkatle temiz bir 1.5 mL mikrosantrifüj tüp spin kolon aktarın. </li><li> Spin kolonu üzerine 25 uL elüsyon tamponu ilave edin ve oda sıcaklığında 1 dakika boyunca inkübe edin. Bu sütundan viral RNA kurtarma artacaktır. </li><li> 1 dakika 10.000 xg&#39;de spin kolon santrifüj edilerek RNA toplayın. </li><li> Her iki durumda da, -70 ° C&#39;de, RT-qPCR (aşama 6) veya mağaza RNA doğrudan devam edin. </li></ol> 6. Genogroup I Mutiplex RT-qPCR Algılama ve II Noroviruses ve Kolifaj MS 2 (Ek Tablo 2) <ol><li> Temiz çalışma yüzeyleri, pipettes, RNaz dekontaminasyon solüsyonu ile ve santrifüjler olası kirlenmeyi azaltmak için. </li><li> buz üzerinde RT-qPCR reaktifler çözülme. (Ayrı bir alan / oda) buz üzerinde Çözülme RNA. </li><li> Reaksiyonların sayısını belirlemek ve bunların en az% 10 daha fazla eklemek (10 reaksiyonlar gerektiği takdirde, örneğin, 11 master karışımı olun). </li><li> 5 saniye için 25x RT-qPCR enzimi haricinde Vortex bireysel master miks bileşenleri. Dikkatli bir parmak ile tüp hafifçe vurarak enzimi karıştırın. </li><li> 5 saniye süreyle kısaca santrifüj master miks bileşenleri. </li><li> Kiti talimatlarına göre Norovirus GI ve GII gerçek zamanlı RT-PCR tespiti için ana karışım hazırlanarak, 1.5 ml mikrosantrifüj tüpü (Ek Tablo 3) norovirus spesifik oligonükleotid primerler ve problar ekleyin. </li><li> yukarı ve aşağı 5-10 kez pipetleme ana karışımı karıştırın (vorteks tavsiye edilmez). Gerçek zamanlı PCR, 96 oyuklu plakanın her bir master karışımı kısım 22 uL. </li><li> Vortex örnek RNA5 saniye için, ve kısa (5 s) santrifüjle toplanır. </li><li> RT-qPCR plaka (Tablo 2 şablonu izleyin) örnek RNA ve GI ve GII pozitif kontroller 3 mcL ekleyin. no-şablon kontrolü (NTC) kuyularda nükleaz Freewater 3 mcL ekleyin. </li><li> Optik yapışkan film ile gerçek zamanlı plaka basım. </li><li> 1 dakika kuyularda mevcut olabilecek herhangi bir hava kabarcığı veya sıvı damlaları kaldırmak için dikkatlice 1,300 xg&#39;de gerçek zamanlı plaka santrifüj. </li><li> 10 dakika 1) RT adım: Bir gerçek zamanlı PCR cihazı ve set-up aşağıdaki thermocycling koşullar ayarlayın. Taq polimeraz, 45 ° C (2) aktivasyonu, 10 dak. 95 ° C ve (3) 95 ° C&#39;de 15 saniye, 45 döngü, 60 ° C&#39;de 60 s. </li></ol> Çubuğu Örneklerinde Norovirus 7. sayısallaştırılması <ol><li> RT-qPCR sonuçları (Ek Tablo 3) doğrulamak için pozitif ve negatif kontrollerin sonuçlarını kontrol edin. </li><li> Her bir standart eğri karşılayıp karşılamadığını belirlemekkabul edilebilir değerler Ek Tablo 2&#39;de verilmiştir ve Eşitlik 1 kullanılarak standart eğri için genel standart sapmayı hesaplar. (Denklem 1)% verim = 100 x 10 (ortalama Ct Değerleri-Intercept) / Eğim. </li><li> PCR termal döngü cihazı yazılımı her standart eğri için eğimi hesaplamak etmezse, eğim ve R istatistik yazılımı kullanılarak regresyon ile 2 değerleri (örneğin Excel, SPSS, ya da SAS) belirler. Buna ek olarak, denklem I aşağıdaki standart eğriler için% verimliliğini hesaplamak </li><li> Ek Tablo 4&#39;te belirtilen kriterlere uygun standart eğrileri dayalı tüm test numuneleri için termal döngü cihazı yazılımı tarafından hesaplanan RNA kopya numarasını kaydedin. Kriterlere uygun ya da yanlış pozitif kontroller yok, standart eğrileri t şapka ile herhangi bir örnekleri yeniden. PCR inhibisyonunu izlemek için bir iç kontrol olarak eklenmiştir kolifajla MS2, Ct değerlerini kontrol edin. </li><li> RNA kopyası p sayısını belirlemekRT-qPCR Reaksiyon için kullanılan RNA (3 uL 5), bu, toplam RNA, yıkama sıvısı hacmi (25 ila 50 uL) oranında adım 7.2 hesaplanan RNA kopya sayısı ile çarpılarak er örneği. Alternatif olarak, analiz nesne yüzey alanı (cm2) toplam RNA kopya sayısına bölünmesi ile RNA yoğunluğunu hesaplamak. </li></ol> Yan yerleştirilmiş geleneksel PCR amplifikasyonu ile gerçek zamanlı RT-PCR pozitif örnek 8. Genotiplendirme <ol><li> RT-PCR testinin her bir primer seti için ana karışımı ilk turda hazırlayın (Ek Tablo 2 ve 5). </li><li> ana karışımı 20 mcL norovirus pozitif RNA 5 mcL ekleyin. </li><li> aşağıdaki koşullar altında, RT-PCR deneyinde (1) içinde oda sıcaklığında 95 ° C&#39;de, Taq polimeraz, 42 ° C (2) aktivasyonu, 15 dakika, 30 dakika boyunca aşama, ve (3) 95 ° C&#39;de 30 saniyelik 40 döngü 50 ° C&#39;de 30 saniye ve 72 ° C&#39;de 60 san. 40 döngü sonrasında, 72 ° C&#39;de ek bir 10 dakika boyunca inkübe edin. </li><li>RT-PCR testinin her bir primer seti (Ek Tablo 2 ve 5) için mater karışımı ikinci tur hazırlayın. </li><li> 23 uL ana karışımı ekleyin ve her tüp (ideal ilk tur ürünü RNaz içermeyen su içinde 1/10 seyreltilmiş olmalıdır) için (ilk turdan) ilk tur RT-PCR ürünlerinin 2 mcL ekleyin. </li><li> Adımı tekrarlayın 8.3. </li><li> (PH 8.3, 40 mM Tris, 20 mM asetik asit ve 1 mM EDTA) 100 mL 1x Tris-asetat EDTA,% 2 agaroz jel hazırlayın. Bir mikrodalga fırında karışımın ısıtılmasıyla agaroz çözüldükten sonra, 60-70 ° C&#39;ye kadar soğutulduktan sonra karışım hazırlanmış jel, 100 ml başına nükleik asit leke 10 mcL jel dökün ve tarak yerleştirin. Jel en az 30 dakika süreyle dinlendiriniz. </li><li> 6x yükleme boyası 3 uL her bir RT-PCR ürünü 15 ul karıştırın. Yük Her numunenin 15 uL ve 1 saat boyunca 100 V&#39;ta agaroz jeli Electrophorese. </li><li> Jel An uygun büyüklükte (GI için 330 bp ve GII 341 bp) tüketim hedefi RT-PCR fragmanlarıticari bir jel özütleme kiti kullanılarak RNA&#39;yı saflaştırmak d. Arıtılmış PCR ürünü, artık Sanger sekanslama için de kullanılabilir. </li></ol>

<ol><li>Isakbaeva, E. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Norovirus+transmission+on+cruise+ship%5BTitle%5D)+AND+%22Emerg.+Infect.+Dis%22%5BJournal%5D)">Norovirus transmission on cruise ship.</a> Emerg. Infect. Dis. 11, 154-158 (2005).</li>
<li>Lopman, B. A., Gastañaduy, P., Park, G. W., Hall, A. J., Parashar, U. D., Vinjé, P. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22440972">Environmental transmission of norovirus gastroenteritis.</a> Curr. Opin. Virol. 2 (1), 1-7 (2011).</li>
<li>Malek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Outbreak+of+norovirus+infection+among+river+rafters+associated+with+packaged+delicatessen+meat%2C+Grand+Canyon%2C+2005%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Outbreak of norovirus infection among river rafters associated with packaged delicatessen meat, Grand Canyon, 2005.</a> Clin Infect Dis. 48 (1), 31-37 (2009).</li>
<li>Atmar, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Norwalk+virus+shedding+after+experimental+human+infection%5BTitle%5D)+AND+%22Emerg.+Infect.+Dis%22%5BJournal%5D)">Norwalk virus shedding after experimental human infection.</a> Emerg. Infect. Dis. 14 (10), 1553-1557 (2008).</li>
<li><a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3880795/">Norovirus gastroenteritis.</a> N. Engl. J. Med. Glass, R. I., Parashar, U. D., Estes, M. K. 361 (18), 1776-1785 (2009).</li>
<li>Park, G. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+a+New+Environmental+Sampling+Protocol+for+Detection+of+Human+Norovirus+on+Inanimate+Surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Evaluation of a New Environmental Sampling Protocol for Detection of Human Norovirus on Inanimate Surfaces.</a> Appl. Environ. Microbiol. 81 (17), 5987-5992 (2015).</li>
<li>Barker, J., Jones, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+potential+spread+of+infection+caused+by+aerosol+contamination+of+surfaces+after+flushing+a+domestic+toilet%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The potential spread of infection caused by aerosol contamination of surfaces after flushing a domestic toilet.</a> J. Appl. Microbiol. 99, 339-347 (2005).</li>
<li>Tung-Thompson, G., Libera, D. A., Koch, K. L., de Los Reyes, F. L., Jaykus, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aerosolization+of+a+Human+Norovirus+Surrogate%2C+Bacteriophage+MS2%2C+during+Simulated+Vomiting%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+one%22%5BJournal%5D)">Aerosolization of a Human Norovirus Surrogate, Bacteriophage MS2, during Simulated Vomiting.</a> PloS one. 10, 0134277(2015).</li>
<li>Atmar, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+the+50%25+human+infectious+dose+for+Norwalk+virus%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Infect.+Dis%22%5BJournal%5D)">Determination of the 50% human infectious dose for Norwalk virus.</a> J. Infect. Dis. 209 (7), 1016-1022 (2014).</li>
<li>Petrignani, M., van Beek, J., Borsboom, G., Richardus, J. H., Koopmans, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Norovirus+introduction+routes+into+nursing+homes+and+risk+factors+for+spread%3A+a+systematic+review+and+meta-analysis+of+observational+studies%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Hosp.+Infect%22%5BJournal%5D)">Norovirus introduction routes into nursing homes and risk factors for spread: a systematic review and meta-analysis of observational studies.</a> J. Hosp. Infect. 89 (3), 163-178 (2015).</li>
<li><a target="_blank" href="https://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml/mm5651a2.htm">Centers for Disease Control Prevention. Norovirus outbreak in an elementary school--District of Columbia, February 2007.</a> MMWR. Morb. Mortal. Wkly. Rep. 56 (51-52), 1340-1343 (2008).</li>
<li>Cheesbrough, J. S., Barkess-Jones, L., Brown, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Possible+prolonged+environmental+survival+of+small+round+structured+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Hosp.+Infect%22%5BJournal%5D)">Possible prolonged environmental survival of small round structured viruses.</a> J. Hosp. Infect. 35, 325-326 (1997).</li>
<li>Julian, T. R., Tamayo, F. J., Leckie, J. O., Boehm, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+surface+sampling+methods+for+virus+recovery+from+fomites%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of surface sampling methods for virus recovery from fomites.</a> Appl. Environ. Microbiol. 77, 6918-6925 (2011).</li>
<li>Taku, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Concentration+and+detection+of+caliciviruses+from+food+contact+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Food.+Prot%22%5BJournal%5D)">Concentration and detection of caliciviruses from food contact surfaces.</a> J. Food. Prot. 65, 999-1004 (2002).</li>
<li>Scherer, K., Ellerbroek, L., Schulenburg, J., Johne, R., Klein, G. <a target="_blank" href="http://link.springer.com/article/10.1007/s12560-008-9007-0">Application of a swab sampling method for the detection of norovirus and rotavirus on artifically contaminated food and environmental surfaces.</a> Food. Environ. Virol. 1 (42), 42-49 (2009).</li>
<li>Herzog, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+sample+recovery+efficiency+for+bacteriophage+P22+on+fomites%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Evaluation of sample recovery efficiency for bacteriophage P22 on fomites.</a> Appl. Environ. Microbiol. 78, 7915-7922 (2012).</li>
<li>Vega, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CaliciNet%3A+A+Novel+Surveillance+Network+for+Norovirus+Gastroenteritis+Outbreaks+in+the+United+States%5BTitle%5D)+AND+%22Emerging+Infectious+Diseases%22%5BJournal%5D)">CaliciNet: A Novel Surveillance Network for Norovirus Gastroenteritis Outbreaks in the United States.</a> Emerging Infectious Diseases. 17 (8), 1389-1395 (2011).</li>
<li>Rolfe, K. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+internally+controlled%2C+one-step%2C+real-time+RT-PCR+assay+for+norovirus+detection+and+genogrouping%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Virol%22%5BJournal%5D)">An internally controlled, one-step, real-time RT-PCR assay for norovirus detection and genogrouping.</a> J Clin Virol. 39 (4), 318-321 (2007).</li>
<li>Kittigul, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Norovirus+GII-4+2006b+variant+circulating+in+patients+with+acute+Thailand+during+a+2006-2007+study%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Virol%22%5BJournal%5D)">Norovirus GII-4 2006b variant circulating in patients with acute Thailand during a 2006-2007 study.</a> J. Med. Virol. 82 (5), 854-860 (2010).</li>
<li>Teunis, P. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Norwalk+virus%3A+how+infectious+is+it%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Virol%22%5BJournal%5D)">Norwalk virus: how infectious is it.</a> J. Med. Virol. 80 (8), 1468-1476 (2008).</li>
<li>Wollants, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+a+norovirus+sampling+method+using+sodium+dodecyl+sulfate%2FEDTA-pretreated+chromatography+paper+strips%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Virol.+Methods%22%5BJournal%5D)">Evaluation of a norovirus sampling method using sodium dodecyl sulfate/EDTA-pretreated chromatography paper strips.</a> J. Virol. Methods. 122, 45-48 (2004).</li>
<li>Weir, M. H., Shibata, T., Masago, Y., Cologgi, D., Rose, J. B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27154208">The Effect of Surface Sampling and Recovery of Viruses and Non-Spore Forming Bacteria on a QMRA Model for Fomites.</a> Environ. Sci. Technol. 50 (11), 5945-5952 (2016).</li>
<li><a target="_blank" href="http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=55382">Microbiology of food and animal feed-Horizontal method for determination of hepatitis A virus and norovirus in food using real-time RT-PCR.</a> International Organization for Standardization (ISO). , Report No. ISO/TS 15216-1:2013(E) (2013).</li>
<li>Huslage, K., Rutala, W. A., Sickbert-Bennett, E., Weber, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+quantitative+approach+to+defining+%22high-touch%22+surfaces+in+hospitals%5BTitle%5D)+AND+%22Infect.+Control.+Hosp.+Epidemiol%22%5BJournal%5D)">A quantitative approach to defining "high-touch" surfaces in hospitals.</a> Infect. Control. Hosp. Epidemiol. 31 (8), 850-853 (2010).</li>
<li>Wu, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+norovirus+outbreak+at+a+long-term-care+facility%3A+the+role+of+environmental+surface+contamination%5BTitle%5D)+AND+%22Infect.+Control.+Hosp.+Epidemiol%22%5BJournal%5D)">A norovirus outbreak at a long-term-care facility: the role of environmental surface contamination.</a> Infect. Control. Hosp. Epidemiol. 26 (10), 802-810 (2005).</li>
<li>Ikner, L. A., Gerba, C. P., Bright, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Concentration+and+recovery+of+viruses+from+water%3A+a+comprehensive+review%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Environ.+Virol%22%5BJournal%5D)">Concentration and recovery of viruses from water: a comprehensive review.</a> Food Environ. Virol. 4 (2), 41-67 (2012).</li>
<li>Gallimore, C. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+monitoring+for+gastroenteric+viruses+in+a+pediatric+primary+immunodeficiency+unit%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Environmental monitoring for gastroenteric viruses in a pediatric primary immunodeficiency unit.</a> J. Clin. Microbiol. 44 (2), 395-399 (2006).</li>
<li>Ganime, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissemination+of+human+adenoviruses+and+rotavirus+species+A+on+fomites+of+hospital+pediatric+units%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Infect+Control%22%5BJournal%5D)">Dissemination of human adenoviruses and rotavirus species A on fomites of hospital pediatric units.</a> Am J Infect Control. , (2016).</li>
<li>Verani, M., Bigazzi, R., Carducci, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+contamination+of+aerosol+and+surfaces+through+toilet+use+in+health+care+and+other+settings%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Infect+Control%22%5BJournal%5D)">Viral contamination of aerosol and surfaces through toilet use in health care and other settings.</a> Am J Infect Control. 42 (7), 758-762 (2014).</li>
</ol>

Yazarların çatışan çıkarları yoktur. Bu rapordaki bulgular ve sonuçlar yazarlara aittir ve Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezlerinin resmi pozisyonunu temsil etmeyebilir.

Noroviruses 18 ve 10 3 virüs parçacıkları 20 arasında% 50 insan bulaşıcı dozu var. Bu nedenle, yüzeylerin bile düşük seviyeli kirlenme bir halk sağlığı riski doğurabilir. iç çıkarma kontrolü olarak taşıma sırasında 1) farklı sürüntü malzemeleri, 2) depolama koşulu bezlerden, 3) viral RNA konsantrasyonu ve 4) kolifaj MS2: çubukla örnekleme protokolünün çeşitli yönleri de dahil olmak üzere değerlendirildi. Yakın zamana kadar, pamuk, polyester, naylon ve benze...

<html> İnsan Noroviruses salgın ve sporadik akut gastroenterit, dünya çapında 1, 2, 3 lider nedenidir. Virüs son derece bulaşıcıdır ve iletim kişi etkileşim ya da dolaylı kirlenmiş yiyecek, su ya da çevresel yüzeylerle temas yoluyla doğrudan kişi aracılığıyla gerçekleşir. Noroviruses uzun süre tutacak ve uzun süreli çevresel yüzeyler üzerinde virüs yaşam 1, 2, 3, belgelenmiştir edilebilir. Pik ağızlık açma işlemi esnasında, virüs partiküllerinin milyarlarca dışkıların gramı başına serbest bırakılır, ve kusmuk da enfeksiyonu 4, 5, 6, 7, 8 neden viral parçacıkların yeterli sayı içerir,ef &quot;&gt; 9, 10. Buna ek olarak, cansız yüzeyler ve insan cilt arasındaki virüsün transferi kolayca oluşabilir 2, 11, 12. Dolayısıyla, çevresel kirlilik izleme salgını soruşturmalarda yardımcı ve temiz-up etkinliğini değerlendirmede olabilir ve dezenfeksiyon işlemleri. Bir çok çevresel numune alma protokolleri rotavirüs saptanması için tarif edilmiştir, kolifaj MS2, kedigiller calicivirüs (FCV) ve bakteriyofaj P22 13, 14, 15, 16. Ancak, hızlı kurumaya (&lt;1 saat) ve küçük yüzey alanları da dahil olmak üzere bu çalışmalarda, açıklanan doğrulama koşulları (25 x 100 cm 2), yeterli alan ayarlarını temsil etmeyebilir. Buna ek olarak, Çevreyi düşük kirlilik seviyeleri tahminnmental yüzeyler çok az virüs partiküllerini tespit edebiliyoruz protokolleri gerektirir. Biz Norovirüs tespiti ve yazmak için bir macrofoam esaslı yüzey örnekleme yöntemi geliştirdi. Bu yöntem, birkaç norovirus salgınlar sırasında valide edilmiştir. protokol içerir 1) (2) nasıl en iyi laboratuvara toplama ve nakliye sırasında numunelerin bütünlüğünü korumak için, ve norovirusa 3) laboratuvar testleri ve yazarak çevresel yüzeylerden sürüntü örnekleri toplamak için nasıl.

<table><tbody><tr><td><güçlü>Kitler için genel isim</güçlü><güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Makro köpük çubuk<></td><td>Önceden nemlendirilmiş EnviroMax Swab kiti&nbsp;</td><td>Püriten</td><td>2588060PFUW</td></tr><tr><td><güçlü>RNA Lizis tamponu&nbsp; </güçlü ></td> <td>CDC UNEX tamponu</td><td>Microbiologics</td><td>Cat No MR0501</td></tr> <tr><td>< güçlü >RNA ekstraksiyon spin kolonu< / güçlü ></td><td>Midi kolon</td><td>Omega Biotek</td><td>Cat No R6664-02</td></tr> <tr><td>< güçlü >RNA saflaştırma spin kolonu< / güçlü ></td> <td>Zymol RNA Temiz ve Yoğunlaştırıcı kiti & nbsp;</td><td>Zymo Araştırma</td><td>Kedisi Hayır R1016</td></tr><tr><td><güçlü>Gerçek zamanlı RT-PCR kiti</td><td>AgPath kiti Tek Adımlı RT-PCR Kiti</td><td>Yaşam Teknolojileri</td><td>Kedi No</td></tr> <tr><td>4387391<güçlü>Konvansiyonel RT-PCR kiti</güçlü></td><td>Qiagen tek adımlı RT-PCR kiti</td><td>Qiagen kiti</td><td>Cat No 210212</td></tr><tr><td><güçlü>Jel ekstraksiyon kiti</güçlü></td><td>Qiagen QIAquick jel ekstraksiyon kiti</td><td>Qiagen kiti</td><td>Kedi No 28704 veya 28706</td></tr><tr><td></td><td>Kolifaj MS2</td><td>ATCC</td><td>Cat No 15597-B1</td></tr><tr><td></td><td>RNA akış transkriptleri</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td>Gerçek zamanlı PCR platformu</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td>Model ABI 7500</td></tr><tr><td></td><td>Optik 96 kuyulu reaksiyon plakası</td><td>Thermo Scientific</td><td>Cat No 4316813</td></tr><tr><td></td><td><a href="http://www.thermofisher.com/order/catalog/en/US/adirect/%20https:/www.thermofisher.com/order/catalog/en/US/adirect/lt?cmd=catProductDetail&amp; showAddButton=true& productID=4306311&_bcs_=H4sIAAAAAAAAAI1RTWvDMAz9Nb4srDg2yXpNW3rZVyHbuRhHSQx2HWwnJf9%2BUkO6scMYGEmWnqX3%0A5Mec8e0p%2BGbUKWZMlFkNYTIa4h%2F5PqWByYqJI57r9bpJPQTnWxPRb7R3mB4jGrig6b0DdD40WOyT%0As9iBCUmHb1MYge78iYi06ZznPEd0ex acF6LkD5h%2BNTr4yg1II0DH5C6rmh6imSA7GuuInsIq5TUy%0AjD6Yf%2FKU1Zav3NBrlZT13cr8s0ajGhNAJ4xsYvKoXcPkAYEHEwer5jrNFuWVdF1ieajNpbPwAhPY%0AvUrQ%2BTAjAt88w4zlm8Ly%2FYRha2yiyeUSUJM35ajHt%2BZiUS0KuWNityrHkLSjuyHUDbkgfuxgbfwx% 0AD9Q0vydo9rrs4te675%2FTKhvpd74AhB0C9yUCAAA%3D& returnURL=http%3A%2F%2Fwww.thermofisher.com%3A80%2Forder%2Fcatalog%2Fen%2FUS%2Fadirect%2Flt%3Fcmd%3DcatDisplayStyle%26catKey%3D101%26filterType%3D1%26OP%3Dfilter%26filter%3Dft_1101%252Ff_2005260*">MicroAmp Şeffaf Yapışkan Film&nbsp; </a></td><td>Thermo Scientific Cat</td><td>No 4306311</td></tr></tbody></table>

yüzeyler İnsan norovirus tespiti sürüntü Örnekleme yöntemi

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

İnsan Noroviruses salgın ve dünya çapında dağınık gastroenteritin önde gelen nedenidir. En enfeksiyonlar ya çevresel yüzeylerde ya da gıda yoluyla dolaylı olarak kişiden kişiye yolla doğrudan yayılır ya, çünkü kirlenen fomitler ve cansız yüzeyler norovirus salgınları sırasında virüsün yayılması için önemli araçlardır. Biz geliştirdik ve algılama ve sert yüzeylerde insan Noroviruses bir tiplemesi için macrofoam bezlerden kullanarak bir protokol değerlendirildi. Fiber uçlu bezlerden veya antistatik mendil ile karşılaştırıldığında, macrofoam bezlerden 700 cm2 klozet yüzeylerinden virüs kurtarma (aralık 1,2-33,6%) izin verir. Protokol spin sütunları kullanılarak viral RNA&#39;nın bezlerden virüsün çıkarma ve bir daha konsantrasyon yapılması adımlarını içerir. norovirus gastroenterit olmuştu yolcu gemileri ve uzun süreli bakım tesislerinde yüzeylerinden toplanan olmuştu 217 sürüntü örneklerinin toplam olarak, 127 (% 58.5)RT-qPCR GII norovirusa için pozitif test bildirildi. Bu 29 (% 22.8) başarıyla genotip olabilir. Sonuç olarak, klinik örnekler mevcut olmadığında virüsün saptanması yanı sıra salgınlar sırasında çevresel kirlilik düzeyinin belirlenmesinde yardımcı olabilir geliştirilen protokolü kullanılarak çevresel yüzeylerde norovirusa tespiti; aynı zamanda iyileştirme stratejilerinin etkinliğinin izlenmesi kolaylaştırabilir.

Şekil 1 sürüntü örnekleme protokolünün bir akış şemasını göstermektedir. Bu protokol dört ana aşamadan oluşmaktadır; 1) numune toplama, 2) örnek depolama ve nakliye, 3) viral RNA arıtma ve konsantrasyon ve 4) RT-qPCR tahlil ve genotiplendirme. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/55205/55205fig1.jpg" /> Şekil 1: norovirusa çevresel yüzey örnekleme için nihai protokolün akış şeması <a...

Çevresel sert yüzeylerde norovirüsün tespiti ve miktarının belirlenmesi için makro köpük tabanlı bir örnekleme metodolojisi geliştirilmiş ve değerlendirilmiştir.

Yüzeyler İnsan Norovirus Tespiti sürüntü Örnekleme Yöntemi

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...

Makroköpük tabanlı yüzey örnekleme yöntemimizin genel amacı, salgın etiyolojisinin belirlenmesi, virüsün çevresel kontaminasyon dinamiklerinin genel değerlendirmesi ve norovirüs için remediasyon stratejilerinin etkinliğinin tespit edilmesidir. Bu protokol, çevresel yüzeylerden sürüntü örneğinin nasıl toplanacağını, bu sürüntülerin nasıl saklanıp taşınması gerektiğini ve bu sürüntülerden norovirüs tespiti ve tiplemesi için hangi laboratuvar protokollerinin önerildiğini detaylandırmaktadır. Norovirüsler için geliştirilen bu çevresel sürüntü protokolünün sağladığı belirgin iyileştirmeler; en uygun sürüntü materyali tipini belirlemiş olmamız, sert yüzeylerden ne kadar norovirüsün geri kazanılabileceğini saptamamız ve protokolün daha geniş yüzey alanlarından örnekleme yapmak için etkili bir şekilde kullanılabilmesidir.Bu videoda, bilimsel personelimden Geun Woo Park ve Preeti Chhabra, norovirüslerin tespiti ve tiplendirilmesi için sürüntü protokolünü uygulamalı olarak gösterecekler. Sürüntü işlemine başlamak için örnekleme alanına gidin ve sürüntü çubuğunu örnekleme alanı üzerinde yatay yönde bir kez, dikey yönde bir kez ve diyagonal yönde bir kez hareket ettirin. Her bir sürüntü çubuğu

swab-sampling-method-for-the-detection-of-human-norovirus-on-surfaces

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Astar ve açık okuma çerçevesi 1 (ORF1)-ORF2 kavşak bölgesidir Norovirüs genomunun en korunmuş bölgeye özgü TaqMan probları kullanan çocuk tabureleri, gelen algılama ve Norovirüs izolatların genogroup belirlenmesi için Tek Adım RT-PCR nitelendirdi. Bir ticari olmayan, maliyet-etkin RNA ekstraksiyon yöntemi ayrıntılı olarak verilmiştir.

Taqman By Çocuk Tabureler gelen Noroviruses tespiti ve Genogrouping Tek aşamalı RT-PCR

Bu video, insan bağırsak bakterilerine bağlanan insan norovirüs virüsü benzeri parçacıkların (VLP'ler) miktarını belirlemek için bir testi göstermektedir. Bakteriyel süspansiyonlar VLP'lerle karıştırılır ve VLP-bakteri komplekslerinin oluşumuna izin vermek için inkübe edilir. Kompleksler daha sonra florofor etiketli VLP'ye özgü antikorlarla etiketlenir, ardından VLP'ye bağlı bakterilerin yüzdesini belirlemek için akış sitometrisi tabanlı görselleştirme ve miktar tayini yapılır.

İnsan Norovirüs VLP'lerinin Bağırsak Bakterilerine Bağlanmasını Ölçmek İçin Bir Test

EPA Metod 1615, çevre ve içme sularındaki enterovirüsleri ve norovirüsleri konsantre etmek için elektropozitif bir filtre kullanır. Bu el yazması, Yöntem 1615 analizleri için numune toplama prosedürünü açıklamaktadır.

Enterovirus Kültür ve RT-qPCR Su Norovirüs Oluşum EPA Metot 1615 Ölçüm. Virüs Örneklerinin I. Koleksiyonu

Burada, Buffalo Green Monkey böbrek hücresi hattını kullanarak toplam kültürlenebilir virüsleri ölçmek için bir prosedür sunuyoruz. Prosedür, çevresel ve içme sularında bulaşıcı virüslerin oluşumunu ölçmek için standartlaştırılmış bir araç sağlar.

Enterovirus Kültür ve RT-qPCR Su Norovirus Oluşum EPA Metot 1615 ölçülmesi. II. Toplam kültürlenebilir virüs Deneyi

Burada, ters transkripsiyon-kantitatif PCR kullanarak çevresel ve içme sularında enterovirüs ve norovirüsü ölçmek için bir prosedür sunuyoruz. EPA Metodu 1615'ten alınan bu standardize prosedürle yeraltı sularından ortalama virüs geri kazanımı, poliovirüs için %20 ve murin norovirüsü için %30 idi.

Enterovirüs Kültür ve RT-qPCR Su Norovirus Oluşum EPA Method 1615 Ölçümü. Bölüm III. RT-qPCR Virüs Algılama

Viral genom amplifikasyon kullanan rutin algılama yöntemleri bulaşıcı olmayan parçacıklar bulaşıcı ayırımcılık için kendi yetersizlik tarafından sınırlıdır. Bu makalenin amacı, aptamer bağlama, dinamik ışık saçılma ve transmisyon elektron mikroskobu kullanılarak bulaşıcı norovirus parçacıkların ayrımcılık yardım etmek alternatif yöntemler detaylı protokollerde sağlamaktır.

Viral kapsid yapısal bütünlük belirlenmesi için alternatif Vitro yöntemleri

Bu protokolün amacı ökaryotik patojen insan norovirüsünün bakterilere bağlanmasını ölçmektir. İlk virüs-bakteri eki testi yaptıktan sonra, akış sitometrisi popülasyon içinde viral bağlı bakterileri tespit etmek için kullanılır.

Akış Sitometrikullanarak Commensal Bakterilere Bağlanan İnsan Norovirüs Benzeri Partiküllerin Ölçülmesi

Sars-CoV-2 için çevre örnekleri toplamak üzere San Diego sakinlerini işe almak için bir vatandaş bilimi projesi tasarlandı. Kullanıcı dostu bir mobil cihaz arayüzü kullanılarak veri gönderimi için çok dilli bir web tabanlı platform oluşturuldu. Laboratuvar bilgi yönetim sistemi, gerçek zamanlı sonuç takibi ile binlerce coğrafi çeşitlilikte numunenin toplanmasını kolaylaştıran bir sistemdir.

Kentsel Çevrenin Taranması - Çevre Rezervuarlarından SARS-CoV-2'nin Örneklemesi ve Tespiti için Bir Boru Hattı

Bu protokol, ardından hızlı bir şekilde tüm hücre algılama, domates ve diğer taze ürün yüzeyler örnekleme için basit bir yapışkan bant tabanlı yaklaşım,...

Yapışkan bant tabanlı Örnekleme ve Floresans kombinasyonu In situ</emHızlı Algılama> Hibridizasyon Salmonella Taze üretin

Egzersiz immün hücrelerinde apopitoz indükleyen yeteneğine sahiptir. Özellikle önce değerlendirilmesi için kan örneği izole etmek ve tedavi etmek için gerekli süreyi ile ilgili çeşitli ölçüm sınırlamaları vardır. Göstermiştir egzersize bağlı lenfosit apoptozis analizi için hızlı ve minimal invaziv bir işlemdir.

Egzersizle indüklenen Lenfosit Apoptoz belirlenmesi için parmak sopa Kan Örnekleme Metodolojisi

Öğrenin, yüzeylerden insan norovirus tespiti için makrofoam temelli sürüntü örnekleme yöntemini. Bu protokol, salgın etiyolojisini belirleme ve çevresel kontaminasyon dinamiklerini değerlendirme amacı taşır.

Yüzeyler İnsan Norovirus Tespiti sürüntü Örnekleme Yöntemi

Daha fazla video keşfet