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次世代シークエンシングに適した植物オルガネラDNA濃縮法の最適化と比較分析

JoVE 신문
유전학

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JoVE 신문 유전학

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

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次世代シークエンシングに適した植物オルガネラDNA濃縮法の最適化と比較分析

DOI:

10.3791/55528-v

•

12:33 min

•

July 28, 2017

•

Marisa E. Miller*^1,2, Katie L. Liberatore*^1,3, Shahryar F. Kianian³

¹Cereal Disease Laboratory,United States Department of Agriculture-Agricultural Research Service, ²Department of Horticultural Science,University of Minnesota, ³Department of Plant Pathology,University of Minnesota

Chapters

00:05Title
00:49Growing Wheat Plants
01:51Organellar DNA Enrichment by Differential Centrifugation (DC)
07:31Organellar DNA Enrichment by Methyl-fractionation (MF)
09:44Results: Both Enrichment Methods Yield Sufficient DNA Highly Enriched for Organellar Sequences and Suitable for NGS
11:33Conclusion

Summary

자동 번역

2つの植物細胞小器官DNA濃縮方法の比較および最適化が提示される：従来の分画遠心分離およびメチル化状態に基づく全gDNAの分画。得られたDNAの量と品質を評価し、短期間の次世代シーケンシングでの性能を実証し、長時間読み取り単一分子シークエンシングで使用する可能性について検討します。

Tags

Plant Organelle DNA Enrichment Next-generation Sequencing Differential Centrifugation Meta Fractionation Wheat Seedling Organelle Isolation STE Buffer Filtration

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