Denne protokol beskriver adskillelsen af funktionelle mitokondrieelektrontransportkædekomplekser (Cx) IV og superkomplekser deraf ved anvendelse af nativ elektroforese for at afsløre information om deres samling og struktur. Den native gel kan underkastes immunoblotting, in-gel assays og oprensning ved elektroeluering for yderligere at karakterisere individuelle komplekser.