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Analisi completa della metilazione del DNA usando un metodo basato sulla cattura di dominio di metile-CpG in pazienti con leucemia linfocitica cronica
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Comprehensive DNA Methylation Analysis Using a Methyl-CpG-binding Domain Capture-based Method in Chronic Lymphocytic Leukemia Patients
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Analisi completa della metilazione del DNA usando un metodo basato sulla cattura di dominio di metile-CpG in pazienti con leucemia linfocitica cronica

DOI:
10.3791/55773-v

•

13:21 min

•

June 16, 2017

•

,
1Department of Medical Genetics, Institute of Biomedicine,Gothenburg University, 2Department of Clinical Chemistry and Transfusion Medicine, Institute of Biomedicine,Gothenburg University

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:49Genomic DNA Extraction and Sonication
  • 02:06Bead Preparation Prior to Binding with Methyl-CpG-binding Domain (MBD)-biotin Protein
  • 03:35Binding the MBD-biotin Protein to the Washed Beads
  • 04:59Binding MBD-biotin Beads with Fragmented Genomic DNA
  • 06:22Removing the Unbound DNA and Eluting the Methylated DNA from the Beads
  • 08:10Ethanol Precipitation and the Enrichment of Methylated DNA
  • 10:09Results: Identification of Differentially Methylated CpG Rich Regions in Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) Samples
  • 11:26Conclusion

Summary

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Questo lavoro descrive un protocollo di sequenziamento del dominio di binding di metil-CpG (MBD) ottimizzato e una pipeline computazionale per identificare le regioni ricche di CpG riccamente differenziate in pazienti con leucemia linfocitaria cronica (CLL).

Tags

DNA MethylationMethyl-CpG-binding DomainCapture-based MethodChronic Lymphocytic LeukemiaNext-generation SequencingGlobal Methylation ProfilingDifferentially Methylated CpG-rich RegionsCLL-specific Signature GenesDisease PathogenesisPrognosisGenomic DNA ExtractionSonicationMagnetic Streptavidin BeadsMBD-biotin Protein

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