Vi leverer en trinvis protokol for split-BioID, en protein fragmenter-komplementering analyse baseret på den nærhed-mærkning teknik BioID. Aktiveret på samspillet mellem to givne proteiner, tillader det proteomics analysen af kontekst-afhængige proteinkomplekser i deres native cellulære miljø. Metoden er enkel, omkostningseffektiv og kræver kun almindeligt laboratorieudstyr.