Identifying Transcription Factor Olig2 Genomic Binding Sites in Acutely Purified PDGFR&#945;+ Cells by Low-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Analysis

Xiaomin Dong; Raquel Cuevas-Diaz Duran; Yanan You; Jia Qian Wu

doi:10.3791/57547

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Identificar sitios de transcripción Factor Olig2 Unión genómica en agudo purificada PDGFRα + células por inmunoprecipitación de cromatina celular bajo análisis de la secuencia

JoVE 신문
신경과학

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Identifying Transcription Factor Olig2 Genomic Binding Sites in Acutely Purified PDGFRα+ Cells by Low-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Analysis

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Identificar sitios de transcripción Factor Olig2 Unión genómica en agudo purificada PDGFRα + células por inmunoprecipitación de cromatina celular bajo análisis de la secuencia

DOI:

10.3791/57547-v

•

12:29 min

•

April 16, 2018

•

Xiaomin Dong, Raquel Cuevas-Diaz Duran, Yanan You, Jia Qian Wu

¹The Vivian L. Smith Department of Neurosurgery, Center for Stem Cell and Regenerative Medicine,University of Texas Health Science Center

Chapters

00:04Title
01:10Purification of PDGFRα Positive Oligodendrocyte Lineage Cells from Mouse
05:03Low-cell ChIP Preparation and ChIP Library Construction for High-throughput Sequencing
09:41Results: Use of ChIP Analysis to Study Genome-wide Binding of the Olig2 in OPCs
11:42Conclusion

Summary

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Aquí presentamos un protocolo que está diseñado para analizar la Unión de todo el genoma del oligodendrocyte del factor de transcripción 2 (Olig2) en células de cerebro agudo purificada oligodendrocyte precursoras (OPC) por la realización de inmunoprecipitación de cromatina baja-celular (ChIP) , preparación de biblioteca, alto rendimiento secuenciación y análisis Bioinformático de los datos.

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La transfección de células de ratón del ganglio de la retina por In vivo La electroporación

Células vivas imágenes de células de los órganos sensoriales Precursor en Intacto Drosophila Las pupas

Inmunoprecipitación de la cromatina de los tejidos ganglios de la raíz dorsal después de una lesión axonal

La detección de palmitoilación proteínas en neuronas del hipocampo cultivadas por inmunoprecipitación e Intercambio Acyl-Biotina (ABE)

Extracelularmente Identificar las neuronas motoras de un músculo en la piscina Motor<em> Aplysia californica</em

La inyección intracerebroventricular de péptidos beta-amiloide en ratones normales para inducir de forma aguda déficits cognitivos como la enfermedad de Alzheimer,

Evaluación de la Homeostasis dopaminérgica en ratones por medio de análisis de cromatografía líquida de alto rendimiento y absorción de la dopamina Synaptosomal

Aislamiento y cultivo de progenitores neuronales seguido por inmunoprecipitación de cromatina de histona 3 lisina 79 dimetilación marca

Aislamiento de núcleos de adultos de la médula espinal para secuenciación masivamente paralela solo núcleo ARN

Secuenciación de ARN unicelular de las neuronas de ratón fluorescencia etiquetada con clasificación Manual y doble transcripción In Vitro con recuentos absolutos secuenciación (DIVA-Seq)

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Células vivas imágenes de células de los órganos sensoriales Precursor en Intacto Drosophila Las pupas

Inmunoprecipitación de la cromatina de los tejidos ganglios de la raíz dorsal después de una lesión axonal

La detección de palmitoilación proteínas en neuronas del hipocampo cultivadas por inmunoprecipitación e Intercambio Acyl-Biotina (ABE)

Extracelularmente Identificar las neuronas motoras de un músculo en la piscina Motor<em> Aplysia californica</em

La inyección intracerebroventricular de péptidos beta-amiloide en ratones normales para inducir de forma aguda déficits cognitivos como la enfermedad de Alzheimer,

Evaluación de la Homeostasis dopaminérgica en ratones por medio de análisis de cromatografía líquida de alto rendimiento y absorción de la dopamina Synaptosomal

Aislamiento y cultivo de progenitores neuronales seguido por inmunoprecipitación de cromatina de histona 3 lisina 79 dimetilación marca

Aislamiento de núcleos de adultos de la médula espinal para secuenciación masivamente paralela solo núcleo ARN

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