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유전학

Sorveglianza di genoma di errori di trascrizione in organismi eucarioti

JoVE 신문
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JoVE 신문 유전학

Genome-wide Surveillance of Transcription Errors in Eukaryotic Organisms

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Sorveglianza di genoma di errori di trascrizione in organismi eucarioti

DOI:

10.3791/57731-v

•

09:30 min

•

September 13, 2018

•

Clark Fritsch², Jean-Francois Pierre Gout⁴, Marc Vermulst

¹Center for Mitochondrial and Epigenomic Medicine,Children’s Hospital of Philadelphia, ²Department of Cellular and Molecular Biology,University of Pennsylvania, ³Department of Biological Sciences,Mississippi State University, ⁴Center for Mechanisms of Evolution, Biodesign Institute,Arizona State University

Chapters

00:04Title
00:38RNA Circularization and Rolling Circle Reverse Transcription
02:51Second Strand cDNA Synthesis and Repair
03:45Adapter Ligation and Size Selection
06:21PCR Amplification and Final Bead Purification
07:53Results: Quality Control, Bio-Informatic Analysis, and Expected Results from the C-seq Assay
08:54Conclusion

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Questo protocollo fornisce ai ricercatori con un nuovo strumento per monitorare la fedeltà della trascrizione in molteplici organismi di modello.

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In vitro trascrizione saggi e la loro applicazione in Drug Discovery

Utilizzare risorse CyVerse per<em> De Novo</em> Transcriptomics comparativi degli organismi non sottoposti a modellazione (non modello)

Determinazione genoma a livello di timing di replicazione del DNA dei mammiferi da contenuti di misura

Analisi di terminazione della trascrizione Utilizzando BrUTP-strand-specifici Trascrizione Run-on (TRO) Approccio

Mappatura di interazioni proteine-DNA con ChEC-seq nel gene-wide<em> Saccharomyces cerevisiae</em

Mappatura del genoma della cromatina accessibile in linfociti T umani primari da ATAC-Seq

Determinazione dei tassi di decadimento di trascrizione del genoma in fibroblasti umani proliferanti e quiescenti

In tempo reale analisi del fattore di trascrizione associazione, trascrizione, traduzione e fatturato per visualizzare eventi globali durante l'attivazione cellulare

Sorveglianza di genoma di errori di trascrizione in organismi eucarioti

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Analisi di terminazione della trascrizione Utilizzando BrUTP-strand-specifici Trascrizione Run-on (TRO) Approccio

Mappatura di interazioni proteine-DNA con ChEC-seq nel gene-wide<em> Saccharomyces cerevisiae</em

Mappatura del genoma della cromatina accessibile in linfociti T umani primari da ATAC-Seq

Determinazione dei tassi di decadimento di trascrizione del genoma in fibroblasti umani proliferanti e quiescenti

In tempo reale analisi del fattore di trascrizione associazione, trascrizione, traduzione e fatturato per visualizzare eventi globali durante l'attivazione cellulare

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