Her presenterer vi en protokoll for å tillate nøyaktige kvantifisering av Mitokondrielt DNA (mtDNA) metylering. I denne protokollen beskriver vi en enzymatisk fordøyelsen av DNA med BamHI kombinert med en bioinformatic analyse rørledning hvilke kan brukes å unngå overvurdering av mtDNA metylering nivåer forårsaket av sekundære strukturen i mtDNA.