Her, vi beskriver en metode til at rense intakt grønkorn fra Arabidopsis blade og deres tre vigtigste sub rum (kuvert, stroma og tylakoiderne), ved hjælp af en kombination af differentieret centrifugations, kontinuerlig Percoll forløb, og diskontinuerlig saccharose forløb. Metoden er værdifuld for subplastidial og subcellulært lokalisering af proteiner af immunoblotting og proteomics.