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Scoperta di romanzo sequenza genomica sottrattiva
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JoVE 신문 유전학
Novel Sequence Discovery by Subtractive Genomics
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Scoperta di romanzo sequenza genomica sottrattiva

DOI:
10.3791/58877-v

•

09:40 min

•

January 25, 2019

•

, ,
1Biology Department,American University

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:08De novo Assemble Starting Sequence
  • 02:03BLAST the Assembly Against the Reference Sequence
  • 04:44Design Primers for the Sequence that Remains
  • 06:25qPCR Validation of the Remaining Sequence
  • 07:51Results: Example Data of qPCR Results Including Negative and Positive Outcomes
  • 08:53Conclusion

Summary

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Lo scopo del presente protocollo è quello di utilizzare una combinazione di computazionale e panca ricerca per trovare nuove sequenze che non possono essere facilmente separate da una sequenza co-purificante, che può essere conosciuta solo parzialmente.

Tags

Keywords: Novel Sequence DiscoverySubtractive GenomicsGenomic SequencesInexpensiveFlexibleBacterial Vaccine TargetsVirus IdentificationUnknown SeparationReference SequenceTrimmomaticPearReptileTrinityBlastTransdeckorTblastn

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