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Erkundung des Sequenzraums zur Identifizierung von Bindungsstellen für regulatorische RNA-bindende Proteine
JoVE 신문
유전학
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JoVE 신문 유전학
Exploring Sequence Space to Identify Binding Sites for Regulatory RNA-Binding Proteins
DOI:

11:34 min

August 09, 2019

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:11Generation of DNA Random Library Pool
  • 02:14Synthesis of Pool 0 RNA
  • 04:58RNA-Protein Binding Reaction and Separation of Bound RNA
  • 08:35Reverse Transcription, PCR Amplification, and Protein Binding
  • 09:47Results: Enrichment of PTB-binding RNAs and Splice Site Switching Assay
  • 10:50Conclusion

Summary

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Sequenzspezifität ist entscheidend für die Genregulation. Regulatorische Proteine, die bestimmte Sequenzen erkennen, sind wichtig für die Genregulation. Die Definition funktioneller Bindungsstellen für solche Proteine ist ein schwieriges biologisches Problem. Ein iterativer Ansatz zur Identifizierung einer Bindungsstelle für ein RNA-bindendes Protein wird hier beschrieben und ist auf alle RNA-bindenden Proteine anwendbar.

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