Journal
/
유전학
/
RNA nästa generations sekvensering och en bioinformatik pipeline för att identifiera uttryckta LINE-1s på Locus-specifik nivå
JoVE 신문
유전학
This content is Free Access.
JoVE 신문 유전학
RNA Next-Generation Sequencing and a Bioinformatics Pipeline to Identify Expressed LINE-1s at the Locus-Specific Level
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

RNA nästa generations sekvensering och en bioinformatik pipeline för att identifiera uttryckta LINE-1s på Locus-specifik nivå

DOI:
10.3791/59771-v

•

11:04 min

•

May 19, 2019

•

, , , , ,
1Tulane Cancer Center,Tulane University, 2Department of Pathology,Tulane University, 3Department of Structural and Cellular Biology,Tulane University, 4Department of Epidemiology,Tulane University

Chapters

  • 00:04Title
  • 00:52Read Alignment Pipeline to Identify Expressed L1s
  • 02:48Manual Curation
  • 07:48Assess Mappability of Each L1 Loci to Factor in a Transcription Level Correction Score
  • 08:42Results: Identification of Full-length L1 Retroelements in the Human Prostate Tumor Cell Line, DU145
  • 10:01Conclusion

Summary

자동 번역

자동 번역

Här presenterar vi en Bioinformatisk strategi och analyser för att identifiera LINE-1 uttryck på Locus specifika nivå.

Tags

RNA-sequencingNext-generation SequencingBioinformatics PipelineLINE-1Mobile ElementsGenetic InstabilityL1 TranscriptsCytoplasmic RNAPolyadenylated TranscriptsAlignment StrategyStrand SeparationRead CountsL1 Loci

Article

Embed

플레이리스트에 추가

Usage Statistics

Related Videos

Detektion av Copy Number Ändringar Använda Single Cell Sequencing

Optimering och jämförande analys av organellära DNA-berikningsmetoder lämpliga för nästa generations sekvensering

Riktade nästa generations sekvensering och bioinformatik Pipeline för att utvärdera genetiska determinanter av konstitutionella sjukdom

RNA Pull-down förfarande att identifiera RNA mål av en lång icke-kodande RNA

Förstärkning av nära fullängds HIV-1 Proviruses för nästa generations sekvensering

Hög genomströmning identifiering av reglerande gensekvenser som använder nästa generations sekvensering av cirkulär kromosom konformation fånga (4C-seq)

Förbättrad jäst en-hybrid skärmar att identifiera transkriptionsfaktor som binder till humant DNA sekvenser

Utforska Sekvensutrymme för att identifiera bindnings platser för regulatoriska RNA-bindande proteiner

En bioinformatik pipeline för att noggrant och effektivt analysera MicroRNA Transcriptomes i växter

En komplett pipeline för att isolera och sekvensera mikroRNAs, och analysera dem med hjälp av Open source-verktyg

Read Article