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Cartographier les variantes de la maladie d'Alzheimer à leurs gènes cibles à l'aide de l'analyse computationnelle de la configuration de la chromatine
JoVE 신문
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Mapping Alzheimer’s Disease Variants to Their Target Genes Using Computational Analysis of Chromatin Configuration
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Cartographier les variantes de la maladie d'Alzheimer à leurs gènes cibles à l'aide de l'analyse computationnelle de la configuration de la chromatine

DOI:
10.3791/60428-v

•

04:41 min

•

January 09, 2020

•

, , ,
1Department of Genetics,University of North Carolina, 2Neuroscience Center,University of North Carolina, 3Thurston Arthritis Research Center,University of North Carolina, 4Department of Cell Biology and Physiology,University of North Carolina

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:00Generation of a Granges Object for Credible SNPs and Positional Mapping
  • 01:53Developmental Expression Trajectories
  • 02:18Cell-type Expression Profiles and Gene Annotation Enrichment Analysis
  • 02:46Results: Determination and Characterization of Putative Target Genes of AD GWS Loci
  • 03:52Conclusion

Summary

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Nous présentons un protocole pour identifier les implications fonctionnelles des variantes non codantes identifiées par des études d'association à l'échelle du génome (GWAS) utilisant des interactions tridimensionnelles de chromatine.

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Keywords: Alzheimer’s DiseaseGWASChromatin ConfigurationComputational AnalysisTarget GenesSNPsHi-CGene ExpressionCell-type ExpressionGene Annotation Enrichment

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