I denne protokol præsenterer vi et eksperimentelt design ved hjælp af et betinget knockdown-system og en tilpasset kugledannelsesanalyse for at undersøge klyngeins indvirkning på stænglen af patientudledte GCSE'er. Protokollen kan let tilpasses til at studere både in vitro og in vivo funktion af stængel-associerede gener i forskellige typer af CSC'er.