Validating Whole Genome Nanopore Sequencing, using Usutu Virus as an Example

Bas  B. Oude Munnink; David  F. Nieuwenhuijse; Reina  S. Sikkema; Marion Koopmans

doi:10.3791/60906

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Valider le séquençage des nanopores du génome entier, en utilisant le virus Usutu comme exemple

JoVE 신문
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Validating Whole Genome Nanopore Sequencing, using Usutu Virus as an Example

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Valider le séquençage des nanopores du génome entier, en utilisant le virus Usutu comme exemple

DOI:

10.3791/60906-v

•

05:45 min

•

March 11, 2020

•

Bas B. Oude Munnink, David F. Nieuwenhuijse, Reina S. Sikkema, Marion Koopmans

¹ErasmusMC, Department of Viroscience, WHO Collaborating Centre for Arbovirus and Viral Hemorrhagic Fever Reference and Research,Erasmus University Medical Center

Chapters

00:04Introduction
00:59Nanopore Data Consensus Sequence Generation
02:33Nanopore Sequencing Error Profile Compensation
03:54Results: Representative Nanopore Sequencing Error Rate Overview
04:58Conclusion

Summary

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Nous avons précédemment validé un protocole pour le séquençage du virus Usutu (USUV) à base d’amplicon sur une plate-forme de séquençage des nanopores. Ici, nous décrivons les méthodes utilisées plus en détail et déterminons le taux d’erreur de la cellule d’écoulement nanopore R10.

Valider le séquençage des nanopores du génome entier, en utilisant le virus Usutu comme exemple

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