Her beskriver vi en detaljeret og reproducerbar flow cytometri protokol til at identificere monocyt / makrofag og T-celle delmængder ved hjælp af både ekstra- og intracellulære farvning assays inden for murine milten, knoglemarv, lymfeknuder og synovialvæv, ved hjælp af en etableret kirurgisk model af murin slidgigt.