Här beskriver vi en detaljerad och reproducerbara flöde cytometry protokollet för att identifiera monocyte/macrophage och T-cells delmängder med hjälp av både extra- och intracellulära färgning assays inom murine mjälte, benmärg, lymfkörtlar och synovial vävnad, utnyttja en etablerad kirurgisk modell av murine artros.