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Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Redressening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans
JoVE 신문
생물학
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JoVE 신문 생물학
Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans
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Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Redressening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

DOI:
10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

, , , ,
1Babraham Institute

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
  • 02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
  • 06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
  • 08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
  • 09:50Conclusion

Summary

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Worm-align/Worm_CP est un flux de travail simple FIJI/CellProfiler qui peut être utilisé pour redresser et aligner les échantillons de Caenorhabditis elegans et pour marquer des analyses basées sur l’image de vers entiers sans avoir besoin d’étapes de formation préalables. Nous avons appliqué worm-align/Worm_CP à la quantification de l’expression induite par le choc thermique chez les animaux vivants ou les gouttelettes lipidiques dans des échantillons fixes.

Tags

Keywords: Worm-alignWorm CPCaenorhabditis ElegansFluorescence Image DataStraighteningQuantificationFijiCellProfilerMouth MicropipetteMounting MediumAgarose PadLevamisoleImage Analysis

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