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Linha de worm e Worm_CP, dois gasodutos de código aberto para endireitar e quantificação de dados de imagem fluorescência obtidos de elegans caenorhabditis
JoVE 신문
생물학
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JoVE 신문 생물학
Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Linha de worm e Worm_CP, dois gasodutos de código aberto para endireitar e quantificação de dados de imagem fluorescência obtidos de elegans caenorhabditis

DOI:
10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

, , , ,
1Babraham Institute

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
  • 02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
  • 06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
  • 08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
  • 09:50Conclusion

Summary

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Worm-align/Worm_CP é um simples fluxo de trabalho FIJI/CellProfiler que pode ser usado para endireitar e alinhar amostras de elegans de Caenorhabditis e para marcar ensaios baseados em imagens de vermes inteiros sem a necessidade de etapas de treinamento prévias. Aplicamos o alinhamento/Worm_CP de vermes à quantificação da expressão induzida por choque de calor em animais vivos ou gotículas lipídicas em amostras fixas.

Tags

Keywords: Worm-alignWorm CPCaenorhabditis ElegansFluorescence Image DataStraighteningQuantificationFijiCellProfilerMouth MicropipetteMounting MediumAgarose PadLevamisoleImage Analysis

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